Informacija

NCBI EUtils. Gaukite „Homolog“ informaciją naudodami „Gene ID“

NCBI EUtils. Gaukite „Homolog“ informaciją naudodami „Gene ID“


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Kaip gauti informaciją apie homologus xml arba json formatu iš NCBI naudojant geno ID?

Išbandžiau vieną URL:

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=homologene&geneid=9&WebEnv=???&query_key=???

Nežinau, ką pridėti prie klaustukų regionų


Iš „Entrez“ programavimo paslaugų pagalbos [internetas]:

Įvestis: bet kokia Entrez teksto užklausa (& term); „Entrez“ duomenų bazė (& db); &usehistory=y; Esama žiniatinklio aplinka (& WebEnv) iš ankstesnio el. Paslaugų skambučio

Kad būtų išvengta klaidų pranešimų, žiniatinklis1 ir raktas1 gali būti naudojami kaip terminai (dažniausiai jie naudojami susieti su kitomis paieškomis), tačiau tai nepateikia jokių duomenų, tikriausiai todėl, kad jūsų pateiktas ID buvo tiesiog „9“ ir jis lieka neaiškus. tiksliai tai, ko ieškote kitų užklausų kontekste.

Pavyzdžiui:

esearch.fcgi? db =& terminas =& usehistory = y # esearch sukuria „WebEnv“ vertę ($ web1) ir „QueryKey“ reikšmę ($ key1) esummary.fcgi? db =&query_key=$key1&WebEnv=$web1

Taigi, kolperžiūros šaltinis: eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi? db = homologene & geneid = 9 & WebEnv = web1 & query_key = key1yra teisinga užklausa, ji nieko nenurodo.


Protokolas, skirtas žinių papildymui Vikiduomenyse: išteklių suderinimas su žmogaus koronavirusais

Pandemijos, netgi labiau nei kitos medicininės problemos, reikalauja greito žinių integravimo. Sukėlus naują virusą, suprasti pagrindinę biologiją gali padėti rasti sprendimus. Aplinkoje, kurioje yra daug laisvai susijusių projektų ir iniciatyvų, mums reikia bendro pagrindo, dar vadinamo „bendrumu“. „Wikidata“, viešųjų žinių grafikas, suderintas su „Wikipedia“, yra toks bendras ir naudoja unikalius identifikatorius, kad susietų žinias su kitomis žinių bazėmis. Tačiau Vikiduomenys ne visada gali turėti tinkamą schemą skubiems klausimams spręsti. Šiame darbe mes sprendžiame šią problemą parodydami, kaip integracijai reikalinga duomenų schema gali būti modeliuojama naudojant objektų schemas, kurias vaizduoja formos išraiškos.

Rezultatai

Kaip pavyzdingą pavyzdį aprašome SARS-CoV-2 viruso ir susijusių virusų genomų ir proteomų išteklių derinimo procesą, taip pat tai, kaip galima apibrėžti „Wikidata“ formos išraiškas, kad būtų galima modeliuoti žinias ir padėti kitiems, tiriantiems SARS. CoV-2 pandemija. Kaip šis modelis gali būti naudojamas, kad duomenys tarp įvairių išteklių būtų sąveikūs, parodyta integruojant duomenis iš NCBI (Nacionalinio biotechnologijos informacijos centro) taksonomijos, NCBI genų, UniProt ir WikiPathways. Remiantis šiuo modeliu, buvo sukurtas automatinių programų arba robotų rinkinys, skirtas reguliariai atnaujinti šiuos šaltinius Wikidata ir pridėti prie platformos, kuri automatiškai paleidžia šiuos naujinimus.

Išvados

Nors ši darbo eiga sukurta ir taikoma COVID-19 pandemijos kontekste, siekiant parodyti platesnį jos pritaikomumą, ji buvo pritaikyta ir kitiems žmogaus koronavirusams (MERS, SARS, žmogaus koronavirusui NL63, žmogaus koronavirusui 229E, žmogaus koronavirusui HKU1, žmogaus koronavirusui OC4). ).


The GEOmetadb paketas - tai bandymas palengvinti ir padaryti galingesnį užklausą dėl metaduomenų, apibūdinančių „microarray“ eksperimentus, platformas ir duomenų rinkinius. Širdyje GEOmetadb yra SQLite duomenų bazė, kurioje saugomi beveik visi metaduomenys, susiję su visais GEO duomenų tipais, įskaitant GEO pavyzdžius (GSM), GEO platformas (GPL), GEO duomenų serijas (GSE) ir kuruojamus GEO duomenų rinkinius (GDS), taip pat ryšius tarp šių duomenų tipų. Šią duomenų bazę sugeneruoja mūsų serveris, analizuodamas visus GEO įrašus ir ją reikia atsisiųsti naudojant paprastą pagalbinę funkciją į vartotojo vietinį kompiuterį prieš GEOmetadb yra naudinga. Kai tai bus padaryta, visa GEO duomenų bazė bus pasiekiama naudojant paprastas SQL užklausas. Naudojant GEOmetadb duomenų bazę, užklausos, kurių tiesiog neįmanoma atlikti naudojant NCBI įrankius ar tinklalapius, dažnai yra gana paprastos.

Santykiai tarp lentelių GEOmetadb SQLite duomenų bazėje matomi toliau esybės santykių diagrama.


Geriausias būdas gauti SNP sąrašą pagal geno ID?

Turiu ilgą genų duomenų bazę ir įvairių formų ID (pvz., OMIM, Ensembl, Genatlas). Noriu gauti visų SNP, susijusių su kiekvienu genu, sąrašą. (Tai yra atvirkštinis klausimas.)

Iki šiol geriausias mano rastas sprendimas yra naudoti biomaRt paketas (biolaidininkas). Čia yra pavyzdys, kaip man reikia atlikti paiešką. Pritaikytas mano tikslams, čia yra mano kodas:

Tai duoda duomenų rėmelį, kuris prasideda taip:

Kodas veikia, tačiau veikimo laikas itin ilgas. Pirmiau minėtiems veiksmams tai užtrunka apie 45 sekundes. Pagalvojau, kad galbūt tai susiję su alelių dažniais, kuriuos serveris galbūt apskaičiavo. Tačiau SNP rs ID paieška užtrunka maždaug 25 sekundes. Turiu kelis tūkstančius genų, todėl tai užtruktų visą dieną (darant prielaidą, kad nėra skirtojo laiko ar kitų klaidų). Tai negali būti teisinga. Mano interneto ryšys nėra lėtas (20-30 mbit).

Vienoje užklausoje bandžiau ieškoti daugiau genų. Tai padėjo taškas. Ieškoti 10 genų vienu metu yra maždaug 10 kartų lėčiau nei ieškoti vieno geno.

Koks yra geriausias būdas gauti SNP vektorių, susietą su genų ID vektoriumi?


Įrašų versijos

Prisijungimo versija atliekama pridedant tašką, po kurio eina versijos numeris, pvz. Q12345.1 arba Q12345.2 būtų dvi skirtingos to paties įrašo versijos. Versija reiškia įrašų atnaujinimus, paprastai kai atsiranda naujos informacijos.

Vienas iš galimų problemų šaltinių yra tas, kad NCBI įrašuose, gautuose tiesiogiai per eUtils sąsają (priešingai nei per svetainę), nėra jokios informacijos apie susijusias versijas. Tai reiškia, kad genijus taip pat negali pateikti šios informacijos.

Pateikus užklausą dėl neversijuoto prisijungimo (pvz., Q12345 arba NP_1234567), bus pateiktas naujausias su tuo prisijungimu susietas įrašas, o užklausus dėl versijos vertės (Q12345.3 arba NP_1234567.5) bus pateikta ta konkreti versija. Tačiau neįmanoma sužinoti, ar koks nors konkretus įrašas su versijomis yra naujausias įrašas, arba pasiekti ankstesnius įrašus. Tai nėra būtinai problema, tiesiog verta žinoti, kad jei užklausos nurodysite aiškius versijos numerius, tai gali būti ne pati naujausia versija.

Atkreipkite dėmesį, kad kiekvienos skirtingos versijos GI numeriai yra unikalūs, todėl versijas vertinkite skirtingai. Čia pateiktas versijos numeris nurodo ne GN prisijungimo versiją, jei tokia yra. Jei nėra aiškios versijos, manome, kad versija yra 1.


1. Įvadas

Didėjant biologinių duomenų prieinamumui, atsirado ne tik daugybė genomo sekos duomenų, bet ir žymiai padidėjo pridedamų metaduomenų kiekis, įskaitant filogenijas, mėginių ėmimo sąlygas ir vietas bei genų ontologijas. Norint naudoti tokius duomenis biologinės analizės dujotiekyje, reikalingas programinis metodas, skirtas duomenų užklausoms iš šių duomenų bazių gauti ir gauti. Nacionalinis biotechnologijų informacijos centras (NCBI) yra viena didžiausių tokių saugyklų ir kuria bei prižiūri Entrez duomenų bazes, kurias šiuo metu sudaro 37 individualios duomenų bazės, kuriose saugoma 2,1 milijardo įrašų, susijusių su gyvybės mokslais (NCBI Resource Coordinators, 2016).

NCBI siūlo du būdus, kaip programiškai sąveikauti su savo „Entrez“ duomenų bazėmis: konkrečius vienodus išteklių identifikatorius (URI). „Entrez“ duomenų bazes galima pasiekti naudojant URI, apibūdinantį funkciją ir jos parametrus, pvz., Paiešką duomenų bazėje su konkrečiu terminu ir (ii) „Entrez Direct“ - galingą „Perl“ programą, kuri leidžia ad hoc prieiga prie NCBI duomenų bazių per komandinės eilutės sąsają (Kans, 2016, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288). „E-Utilities“ siūlo žemo lygio sąsają su „Entrez“ duomenų bazėmis per „Entrez Direct“. Tačiau „Entrez Direct“ sukurtas kaip komandų eilutės įrankis, todėl pirmiausia įtraukiamas į analizės vamzdynus per „Shell“, pvz., „Bash“, bet nėra sukurtas kaip biblioteka. Nors „Python“ vis dažniau naudoja biologai, norint įtraukti „Entrez Direct“ į „Python“ dujotiekius, reikia naudoti naujus procesus už „Python“ ribų, pridedant papildomo sudėtingumo sluoksnio.

Čia pristatome „Entrezpy“. Mūsų žiniomis, tai yra pirmoji Python biblioteka, siūlanti tokias pačias funkcijas kaip ir Entrez Direct, bet kaip Python biblioteka. Esamos bibliotekos, tokios kaip „Biopython“ (Gaidys ir kt., 2009) arba ETE 3 (Huerta-Cepas ir kt., 2016), siūlo elementarią arba labai siaurą sąveiką su el. „Biopython“ neapdoroja visų užklausų, todėl vartotojas gali įdiegti logiką, kad gautų dideles užklausas, o ETE yra biblioteka, orientuota tik į filogenetiką. Priešingai, „Entrezpy“ yra specialiai sukurta sąveikai su „E-Utilities“. Jis siūlo smulkų duomenų valdymą ir gali talpinti rezultatus vietoje, kad juos būtų galima greitai atkurti. Tai leidžia atlikti užklausas ir atsisiųsti duomenis iš „Entrez“ duomenų bazių kaip neatskiriamą analizės proceso dalį. „Entrezpy“ automatiškai sukonfigūruoja nuskaityti didelius duomenų rinkinius pagal įdiegtą „E-Utility“ funkciją ir NCBI nustatytas ribas.

„Entrezpy“ apima pagalbinę klasę, vadinamą „Conduit“, kuri palengvina užklausų vamzdynų kūrimą ir vykdymą, ty kelias iš eilės užklausas, kurios gali priklausyti nuo ankstesnių užklausų su galimomis priklausomybėmis, ir galimybę pakartotinai naudoti anksčiau gautus rezultatus. „Entrezpy“ yra licencijuota pagal „GNU Lesser General Public License“ ir yra supakuota „PyPi“ (https://pypi.org/project/entrezpy/) arba ją galima įsigyti iš https://gitlab.com/ncbipy/entrezpy. „Entrezpy“ šaltinio kodas dokumentuojamas naudojant „Sphinx“ (http://www.sphinx-doc.org/en/stable/index.html), o dokumentaciją, įskaitant naudojimo pavyzdžius, galima rasti adresu https://entrezpy.readthedocs.io/ .


BŪSIMOSIOS KRYPTYS

Įrašų skaičius Entrez gene toliau didės, nes sekos nustatomos naujoms rūšims ir nustatomi genai. 2011 m. Skiltys bus pridėtos prie žiniatinklio sąsajos ir (arba) patobulintas turinys, kad vartotojai galėtų gauti daugiau informacijos išsamioje ataskaitoje prieš naršydami į susijusias NCBI svetaines. Šis perėjimas buvo pradėtas 2010 m., Pridedant fenotipo skyrių. Galiausiai, kai NCBI diegiamos naujos duomenų bazės su specifiniu geno turiniu, turinys ir (arba) nuorodos bus įtrauktos į „Entrez Gene“.


Naviko sekos įvertinimas kaip pakaitalas Lyncho sindromo atrankai ir dabartiniai molekuliniai tyrimai pacientams, sergantiems storosios žarnos vėžiu

Svarba: Rekomenduojama atlikti visuotinį naviko tyrimą dėl Lynch sindromo (LS) sergant gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžiu (CRC) ir apimti iki 6 nuoseklių testų. Somatinių genų tyrimai atliekami IV stadijos CRC gydymui nustatyti. Pacientų, sergančių CRC, diagnostinį darbą būtų galima supaprastinti ir patobulinti naudojant vieną ankstesnio naviko naujos kartos sekos testą, jei jo jautrumas ir specifiškumas yra didesni nei dabartinio atrankos protokolo.

Tikslas: Norėdami nustatyti, ar išankstinis naviko sekos nustatymas (TS) galėtų pakeisti dabartinį kelių nuoseklių bandymų metodą, skirtą visuotiniam naviko atrankai LS.

Dizainas, nustatymas ir dalyviai: Naviko DNR iš 419 iš eilės CRC atvejų, kuriems buvo atliktas standartinis visuotinis naviko patikrinimas ir lytinių ląstelių genetinis tyrimas, kai nuo 2015 m. Spalio mėn. Iki 2016 m. Vasario mėn. Buvo nurodyta kaip daugiacentrinė, populiacija pagrįsta Ohajo storosios žarnos vėžio prevencijos iniciatyva (būsimoji kohorta) ir 46 pacientai, sergantys CRC sergate LS dėl gemalo linijos mutacijos neatitikimo taisymo gene nuo 2013 m. sausio iki 2015 m. rugsėjo mėn. (patvirtinimo grupė) buvo apakinta TS.

Pagrindiniai rezultatai ir priemonės: TS jautrumas, palyginti su mikrosatelito nestabilumo (MSI) tyrimu ir imunohistocheminiu (IHC) dažymu, siekiant nustatyti LS.

Rezultatai: 465 pacientų vidutinis amžius diagnozuojant buvo 59,9 metų (20–96 metų intervalas), o 241 (51,8%)-moterys. Naviko sekos nustatymas nustatė visus 46 žinomus LS atvejus iš patvirtinimo grupės ir dar 12 LS atvejų iš 419 narių būsimos grupės. Bandymas naudojant MSI arba IHC, po to atliktas BRAF p.V600E tyrimas, atitinkamai praleistas 5 ir 6 LS atvejai. Vien tik naviko sekos jautrumas buvo geresnis (100% 95% PI, 93,8% -100%) nei IHC plius BRAF (89,7% 95% PI, 78,8% -96,1% P = .04) ir MSI plius BRAF (91,4% 95% PI) , 81,0% –97,1% P = .07). Auglio sekos nustatymas buvo vienodas (95,3 % 95 % PI, 92,6 % - 97,2 %), kaip IHC plius BRAF (94,6 % 95 % PI, 91,9 % - 96,6 % P > 0,99) ir MSI ir BRAF (94,8 % 95 % PI, 92,2% -96,8% P = 0,88). Atliekant naviko seką, 284 atvejai buvo nustatyti su KRAS, NRAS arba BRAF mutacijomis, kurios gali turėti įtakos IV stadijos CRC gydymui, vengiant kito tyrimo. Galiausiai, TS nustatė 8 pacientus, turinčius gemalo linijos DPYD mutacijas, kurios sukelia toksiškumą fluorouracilo chemoterapijai, o tai taip pat gali būti naudinga pasirenkant gydymą.

Išvados ir aktualumas: Išankstinė TS CRC yra paprastesnė ir pasižymi didesniu jautrumu dabartiniams kelių testų LS atrankos metodams, tuo pat metu teikiant svarbią informaciją gydymo pasirinkimui.

Interesų konflikto pareiškimas

Interesų konflikto atskleidimas: M. Hampel atskleidžia konsultavimo ar patarėjo vaidmenį įmonėse „Invitae“ ir „Genome Medical“ bei „Genome Medical“ atsargas. Dr. Paskett turi mokslinių tyrimų stipendiją (institucijai) iš Merck fondo ir akcijų Pfizer. Dr de la Chapelle atskleidžia patentą arba intelektinės nuosavybės interesus su Genzyme ir Ipsogen. Jokio kito atskleidimo nepateikiama.

Skaičiai

1 pav. Dabartinė universalaus naviko paradigma...

1 paveikslas .. Dabartinė universalaus naviko patikros, skirtos Lyncho sindromui, paradigma pacientams, sergantiems kolorektaline žarna ...

2 paveikslas .. Siūlomas universalus naviko tikrinimo kelias ...

2 paveikslas .. Siūlomas universalus naviko tikrinimo būdas naudojant naviko seką visiems pacientams, sergantiems storosios žarnos…


CCDC151 mutacijos sukelia pirminę ciliarinę diskineziją, sutrikdydamos išorinio dyneino rankos prijungimo komplekso susidarymą

Įvairi citoskeleto dyneino variklių šeima maitina įvairias ląstelių transportavimo sistemas, įskaitant aksoneminius dineinus, sukuriančius jėgą ciliariniam ir žvyneliniam plakimui, būtinu tarpląsteliniams skysčiams ir ląstelėms judėti skysčiu. Kelių subvienetų išorinės dyneino rankos (ODA) variklio kompleksai, pagaminti ir iš anksto sumontuoti citozolyje, per ODA prijungimo komplekso (ODA-DC) sistemą perkeliami į ciliarinį arba žvynelinį skyrių ir pritvirtinami prie aksoneminio mikrovamzdelio karkaso. Žmonėms ODA surinkimo defektai yra pagrindinė pirminės ciliarinės diskinezijos (PKD) priežastis, paveldima blakstienų ir žandikaulių dismotilumo sutrikimas, kuriam būdingos lėtinės viršutinių ir apatinių kvėpavimo takų infekcijos bei šoniniai defektai. Čia, derindami didelio našumo kartografavimą ir seką, mes nustatėme CCDC151 funkcijų praradimo mutacijas penkiems paveiktiems asmenims iš trijų nepriklausomų šeimų, kurių blakstienos visiškai prarado OVP ir labai sutriko ciliarinis plakimas. Atsižvelgdami į šiems asmenims pastebėtus šoninius defektus, mes nustatėme, kad Ccdc151 išreikštas stuburinių kairiųjų ir dešiniųjų organizatoriais. Homozigotiniai zebriniai žuvys ccdc151 (ts272a) ir pelės Ccdc151 (Snbl) mutantai turi daugybę trūkumų, susijusių su sudėtingais širdies defektais. Mes parodome, kad CCDC151 koduoja aksoneminį susuktą ritės baltymą, mutacijas, kurios panaikina CCDC151 surinkimą į kvėpavimo blakstienas ir sukelia ODA komponento DNAH5 ir su ODA-DC susijusių komponentų CCDC114 ir ARMC4 aksoneminio surinkimo gedimą. CCDC151 trūkumas zebrafish, planarija ir pelės taip pat rodo ciliarinį judrumą kartu su ODA praradimu. Be to, CCDC151 kartu nusodina CCDC114, todėl atrodo, kad tai labai evoliuciškai konservuotas su ODA-DC susijęs baltymas, dalyvaujantis tarpininkaujant tiek ODA, tiek jų aksoneminio prijungimo mechanizmams ant ciliarinių mikrotubulių.

Autorių teisės © 2014 Autoriai. Išleido Elsevier Inc. Visos teisės saugomos.

Skaičiai

Zebrafish ccdc151 Išreiškiamas…

Zebrafish ccdc151 Išreiškiamas ciliariniuose audiniuose ir reikalingas nuo ciliarinio judrumo priklausomiems procesams...

CCDC151 yra lokalizuotas kvėpavimo takuose…

CCDC151 yra lokalizuotas kvėpavimo takų žarnyno ašyse (A) ...

Mutacijos viduje CCDC151 Paveikti…

Mutacijos viduje CCDC151 Įtakoja lokalizavimą su ODA mikrotubulų prijungimo komplekso komponentais CCDC114 ir ARMC4…


Ketosintezės homologas naudoja malonilo vienetus, kad susidarytų esteriai cervimicino biosintezėje

Ketosintezės sukuria daugelio biologiškai aktyvių poliketidų anglies stuburą, katalizuodami aktyvuotų acilo ir malonilo statybinių blokų Claisen kondensaciją. Čia mes pranešame, kad ketosintezės homologas iš Streptomyces tendae, CerJ, netikėtai suformuoja maloniilo esterius cervimicino, glikozidinio antibiotiko prieš atsparų meticilinui, biosintezės metu Staphylococcus aureus (MRSA). Ištrynimas cerJ gautas žymiai aktyvesnis cervimicino variantas, neturintis malonilo šoninės grandinės, ir in vitro biotransformacijos atskleidė, kad CerJ gali perkelti malonilo, metilmalonilo ir dimetilmalonilo vienetus į glikozidą. Remiantis filogenetinėmis analizėmis ir kristalinės struktūros išaiškinimu, CerJ yra funkciškai ir struktūriškai išdėstytas tarp ketosintezės katalizuojančių Claisen kondensacijų ir acil-ACP jungiklių, ir turi nekanoninę katalizinę triadą. Vietos nukreipta mutagenezė ir CerJ struktūros komplekse su substratais ne tik leido mums sukurti reakcijos mechanizmo modelį, bet ir suteikė įžvalgų apie šio svarbaus tiolazės superšeimos poklasio raidą.