Informacija

Naujos GO sąlygos po „TopGO“ praturtėjimo?

Naujos GO sąlygos po „TopGO“ praturtėjimo?

We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Jf KQ by BV nk ZD jg gy zW lj HU Sl lU uZ ts bO xm CW

Naudodamas TopGO atlikau praturtinimo analizę su pasirinktinėmis anotacijomis ir stebėtinai gavau naujus GO terminus, esančius svarbiuose GO terminuose.

Ar tai įmanoma? Vienintelė priežastis, dėl kurios galiu įsivaizduoti, kad tai įmanoma, yra ta, kad TopGO prideda naujų GO terminų pagal įvestus GO terminus, nes GO ontologija yra struktūrizuota hierarchiškai.

Praneškite man, jei jums reikia daugiau išsamios informacijos apie eksperimentą.

Kodas:

https://drive.google.com/file/d/0B8-ZAuZe8jldbjNuTHhNeXRVX00/edit?usp=sharing

„TopGO“ išvestis:

https://drive.google.com/file/d/0B8-ZAuZe8jldZnlYUzlxZ3psMWc/edit?usp=sharing

Ačiū, Bernardo


Atrodo, kad šie nauji GO terminai yra mano pirminiame duomenų rinkinyje esančių GO terminų pirminiai.


Pažvelgęs į jūsų kodą matau, kad naudojate Fisher tikslų testą (FET). Kai tikrinant genų rinkinius pagal GO anotaciją (cituojama), kai kurios FET prielaidos neatitinka. Jei tai yra mokyklos projektas, AKT yra pakankamai geras. Tačiau jei šis duomenų rinkinys skirtas publikuoti, rekomenduočiau naudoti kitą analizę. Nežinau, kaip atrodo jūsų duomenys ir į klausimus, į kuriuos bandote atsakyti, bet pradėsiu žiūrėdamas į šiuos dalykus: apžvalga, fotoaparatas (Wu 2012), ROAST (Wu 2010) ir pirmasis straipsnis, kurį susiejau.