We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
Norėčiau atsisiųsti visus kiekvieno kelio genų kelius ir genus. Pageidautina ir kiekvieno geno geno ilgis. Būtų daug patogiau, jei būtų R paketas.
Pabandykite naudoti KEGG REST.
http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa ## visų žmonių genų ir kelių sąrašas
Jei dirbate su „BioCyc“ keliais, galite naudoti jų REST API, kad būtų galima atsisiųsti visus jų kelių genus. Galite vykdyti įvairias užklausas, įskaitant „BioVelo“ užklausas visiems genams/junginiams nurodytame kelyje, visiems organizmo keliams ir pan. Visų B. subtilis kelių užklausa atrodytų taip:
http://biocyc.org/xmlquery?[x:x%3C-bsub^^pathways]
Kur gausite XML su Cyc-ID takams, kuriuos galima naudoti ieškant genų. Tada visų genų, esančių B. subtilis arginino sintezės kelyje, užklausa atrodytų taip:
http://biocyc.org/xmlquery?[x:y:=bsub~argsyn-pwy,x%3C-%28genes-of-pathway%20y%29]&detail=full
Kuris grąžina XML su informacija apie genus, pradžios ir pabaigos vietas, įskaitant (ty geno ilgį). Kadangi aš nelabai dirbu R, aš nežinau, ar yra R paketas. Tačiau labai paprasta parašyti „Python“ scenarijus atsisiųsti ir XML analizuoti.
