Informacija

Ar yra būdas atsisiųsti partiją visiems genų keliams?

Ar yra būdas atsisiųsti partiją visiems genų keliams?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Norėčiau atsisiųsti visus kiekvieno kelio genų kelius ir genus. Pageidautina ir kiekvieno geno geno ilgis. Būtų daug patogiau, jei būtų R paketas.


Pabandykite naudoti KEGG REST.

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa ## visų žmonių genų ir kelių sąrašas


Jei dirbate su „BioCyc“ keliais, galite naudoti jų REST API, kad būtų galima atsisiųsti visus jų kelių genus. Galite vykdyti įvairias užklausas, įskaitant „BioVelo“ užklausas visiems genams/junginiams nurodytame kelyje, visiems organizmo keliams ir pan. Visų B. subtilis kelių užklausa atrodytų taip:

http://biocyc.org/xmlquery?[x:x%3C-bsub^^pathways]

Kur gausite XML su Cyc-ID takams, kuriuos galima naudoti ieškant genų. Tada visų genų, esančių B. subtilis arginino sintezės kelyje, užklausa atrodytų taip:

http://biocyc.org/xmlquery?[x:y:=bsub~argsyn-pwy,x%3C-%28genes-of-pathway%20y%29]&detail=full

Kuris grąžina XML su informacija apie genus, pradžios ir pabaigos vietas, įskaitant (ty geno ilgį). Kadangi aš nelabai dirbu R, aš nežinau, ar yra R paketas. Tačiau labai paprasta parašyti „Python“ scenarijus atsisiųsti ir XML analizuoti.