Informacija

Kodėl statistinė mechanika yra svarbi RNR ir baltymų lankstymui?

Kodėl statistinė mechanika yra svarbi RNR ir baltymų lankstymui?

We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

DB dP vS GW RC Kj zS WO px hx Qi DF Pc oI Ow

Tai labai naivus klausimas. Kiek suprantu, molekulės sulankstymą valdo elektromagnetinės jėgos tarp jos atomų, taip pat tarp jos atomų ir supančios aplinkos atomų (taigi iš esmės daugelio kūno problemų). Taigi aš nesuprantu, kaip veikia statistinė mechanika, pavyzdžiui, Boltzmanno dėsnis.

Mano žiniomis, statistinė mechanika ir termodinamika egzistuoja, kai turime dalelių ansamblį, pavyzdžiui, skystyje ar dujose. Taigi, koks šis ansamblis skirtas RNR arba baltymų lankstymo problemai?


Aš nesu fizikas, bet jūsų teiginys „Mano žiniomis, statistinė mechanika ir termodinamika egzistuoja, kai turime dalelių ansamblį, pavyzdžiui, skystyje ar dujose“, tikrai yra neteisingas. Baltymų lankstymo problema yra viena iš termodinamikos – mažiausios laisvosios energijos struktūros ir kelio, kuriuo ji pasiekiama, radimas iš atsitiktinės ritės.

Vienas iš sunkumų, susijusių su keliu, yra „užstrigimas“ energetinio kraštovaizdžio padėtyje, iš kurios baltymas negali ištrūkti. Tai vadinama „frustracija“ ir, matyt, yra kiekybinis „minimalaus nusivylimo“ traktavimas, naudojant statistinę sukimosi dujų mechaniką. Tai paminėta Onuchic ir Wolynes apžvalgoje, kurią galima rasti internete, kurią tikriausiai galėsite suprasti geriau nei aš.


Jei norite susieti statistinę mechaniką su RNR ir baltymų lankstymu, su ansambliais esate teisingame kelyje. Makromolekulės yra labai dinamiškos ir egzistuoja daugelyje fizinių būsenų. Šios makrobūsenos yra tai, ką Davidas apibūdino energijos kraštovaizdyje. Makrobūsenos gali būti toliau suskirstytos į mikrobūsenas, kurios yra glaudžiai susiję makrobūsenų judėjimai. Tai priklauso nuo to, kiek konkrečiai norite gauti aprašydami savo sistemą. Apibūdinant makromolekulių populiacijas skirtingose ​​​​makrobūsenose, naudojama statistika. Paprastai labiausiai apgyvendinta makrovalstybė, kurios energijos konformacija yra palankiausia.


Atrodo, kad supainiojote du skirtingus būdus aptarti dalyką su dviem skirtingais dalykais. Elektromechanika visada taikoma, nesvarbu, ar kalbame apie skysčius ar dujas, ar apie ką jūs. Visos molekulės yra veikiamos elektromagnetinių jėgų. Ir visa materija turi molekulių populiacijas, apie kurias galime kalbėti su statistine mechanika. Statistinėje mechanikoje mes abstrahuojame kai kurias elektromechanikos detales ir jas traktuojame statistiškai, lygiai taip pat, kaip ekonomikoje abstrahuojame kai kurias individualios psichologijos detales. Taigi kiekvienu atveju galioja abu. Problema ta, kad RNR lankstymas yra ypač sudėtinga fizinė sistema, todėl ją pašalinti naudojant statistinę mechaniką yra daug sunkiau, nei būtų, pavyzdžiui, tauriosios dujos.


RNR antrinės struktūros statistikos koreliacija su termodinaminiu stabilumu ir lankstymo pritaikymas

b Kompiuterinės biologijos ir bioinformatikos centras, Biologijos mokslų mokyklos Integracinės biologijos skyrius ir Teksaso universiteto Ląstelės ir molekulinės biologijos institutas Ostine, 2401 Speedway, Austin, TX 78712, JAV

Stiuartas Ozeris

c Microsoft, 1 Microsoft Way, Redmond, WA 98052

Robinas R. Gutelis

b Kompiuterinės biologijos ir bioinformatikos centras, Biologijos mokslų mokyklos Integracinės biologijos skyrius ir Teksaso universiteto Ląstelės ir molekulinės biologijos institutas Ostine, 2401 Speedway, Austin, TX 78712, JAV

Pengyu Ren

a Biomedicininės inžinerijos katedra, Teksaso universitetas, Ostinas, Ostinas, Teksasas 78712-1062


Susiję duomenys

RNR yra tiesiogiai susijusi su vis daugiau funkcijų ląstelėje. Tikslus skirtingų RNR aukštesnės eilės struktūrų numatymas iš jų nukleorūgščių sekų leis suprasti jų funkcijas ir molekulinę mechaniką. Nustatėme statistinius potencialus konstrukcinių elementų rinkiniui, kuris yra didesnis nei struktūrinių elementų skaičius, nustatytas eksperimentiškai nustatytomis energetinėmis vertėmis. Eksperimentiškai išvestos laisvosios energijos ir kanoninių bazinių porų kaminų statistiniai potencialai yra analogiški, tai rodo, kad statistiniai potencialai, gauti iš lyginamųjų duomenų, gali būti naudojami kaip alternatyvus energetinis parametras. Buvo sukurta nauja skaičiavimo infrastruktūra – RNR lyginamosios analizės duomenų bazė (rCAD), kuri naudoja reliacinę duomenų bazę, kad būtų galima manipuliuoti ir analizuoti labai didelius sekų derinius ir antrinės struktūros duomenų rinkinius. Naudojant rCAD, buvo nustatytas turtingesnis RNR pagrindinių struktūrinių elementų, įskaitant plaukų segtuką ir vidines kilpas, energetinių parametrų rinkinys. Siekiant panaudoti šiuos statistinius potencialus, buvo sukurta nauja RNAfold versija. Apskritai šie nauji statistiniai plaukų segtukų ir vidinių kilpų potencialai, integruoti į naują RNAfold versiją, parodė reikšmingą RNR antrinės struktūros numatymo tikslumo pagerėjimą.


Šeštas skyrius – Kvantinis baltymų lankstymas ☆

Siekiant sukurti pagrindinį pagrindą suprasti biomolekules pagal pirmąjį kvantinės mechanikos principą, rankraštyje apžvelgiamas autorių grupės darbas baltymų ir RNR lankstymo klausimais, siekiant parodyti, kad biomolekulių konformaciniame perėjime egzistuoja bendras kvantinis mechanizmas. Remiantis bendra konformacijos-pereinamojo greičio lygtimi, išvedami keli teoriniai rezultatai, kurie bioinformatikos metodais palyginami su eksperimentiniais duomenimis. Pagrindiniai rezultatai, kuriuos gavome, yra šie: Išvestos baltymų lankstymo greičio priklausomybės nuo temperatūros ir denatūranto koncentracijos priklausomybės ir palygintos su eksperimentiniais duomenimis. Išvedamas kiekybinis baltymų lankstymo greičio ir sukimo režimo skaičiaus (arba grandinės ilgio) ryšys ir gautą formulę galima pritaikyti ir RNR lankstymui. Dviejų būsenų baltymo kvantinio perėjimo teorija sėkmingai apibendrinta iki kelių būsenų baltymų lankstymo. Tada aptariama, kaip atlikti tiesioginius eksperimentinius biomolekulės konformacinio perėjimo kvantinės savybės tyrimus, kurie apima baltymų foto sulankstymo tyrimą ir fluorescencijos intensyvumo svyravimo stebėjimą, skleidžiamą baltymų sulankstymo / išsiskleidimo įvykio metu. Aukščiau pateikti rezultatai rodo, kad kvantinė mechanika yra vienijantis ir logiškai paprastas teorinis atspirties taškas tiriant biologinių makromolekulių konformacinius pokyčius. Tikimasi toli siekiančių rezultatų taikant teoriją praktikoje.


Raktažodžiai

Papildomą medžiagą, kurią sudaro viena lentelė, galima gauti iš DOI:10.1006/jmbi.1997.0889

Redagavo D. E. Draper

Dabartiniai adresai: R. Gutell, Chemijos ir biochemijos katedra, Campus Box 215, University of Colorado Boulder, CO 80309-0215, JAV: D. Konings, Mikrobiologijos katedra, Pietų Ilinojaus universitetas, Carbondale, Carbondale, IL 62901, JAV: M. Huynen, Biocomputing, EMBL, Meyerhofstrasse 1, 6900 Heidelberg, Vokietija


Kodėl statistinė mechanika yra svarbi RNR ir baltymų lankstymui? – Biologija

Taikomoji M ath & S statistika
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
Chemija
(Kreditai / skyrius / kurso Nr. / tema)
Fizika
(Kreditai / skyrius / kurso Nr. / tema)
3 AMS 533 Num Methd Algs CompBio 3 AMS 533 Num Methd Algs Comp Bio (elektrinis) 0-2 PHY 600 Mokymas
3 XXX XXX Pasirenkamasis 3 CHE 523 Cheminis termosas (elektrinis) 0-3 PHY 540 Stat Mech
3 AMS 599 Tyrimas 3 CHE 536 Molec Modeling Biomol
3 PHY 512 Quantum Mech 2
3 AMS 537 Biology Dyn ir tinklas* 3 CHE 559 Biology Dyn ir tinklas 3 PHY 559 Biology Dyn ir tinklas
0-3 AMS 531 Lab Rot* 0-3 AMS 531 Lab Rot 0-1 PHY 665 J klubas (įskaitant etiką)
0-1 AMS 532 J klubas (įskaitant etiką)* 0-1 AMS 532 J klubas (įskaitant etiką)
0-1 PHY 561 iBIO-Intro Biology
0-1 PHY 561 iBIO-Intro Bio 0-1 PHY 561 iBIO-Intro Bio
B iochemija ir struktūrinė B iologija
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
Molekulinė ir ląstelinė B iologija
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
B io m edikos inžinierius
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
2 BSB 512 Strc Bio & amp Spektroskopija 2 BSB 512 Strc Bio & amp Spektroskopija 3 BME 502 Adv Skaitmeniniai metodai
1 BSB 602 Biochemijos koliokviumas 1 MCB 602 Kolokviumas Mol Cell Bio 3 BME 509 Fundam Biosci Industry
1-6 BSB 510 Lab Rot 1-4 MCB 510 Lab Rot 3 BME 521 Lab Rot
1 BSB 532 J klubas X MCB 532 Seminaras Mol Cell Bio- J Club 3 BME XXX Technologijos pasirenkamasis
0 BIO 600 Mokymas 0 BIO 600 Mokymas
1-4 MCB 656 Ląstelių biologija (arba elektrinė) 4 MCB 656 Ląstelių biologija
1-12 MCB 599 Tyrimas
0 MCB 604 GRD Student Res seminaras

Taikomoji M ath & amp S statistika
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
Chemija
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
Fizika
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
3 AMS 507 Tikimybė 3 XXX XXX Pasirenkamasis 0-3 PHY 584 Lab Rot
3 PHY 558 Phys Chem & Bio (išrinkta) 3 XXX XXX Pasirenkamasis 3 PHY 558 Phys Chem & Bio
3 CHE 541 Biochemija 3 CHE 558 Phys Chem & Bio
3 CHE 541 Biochemija
0-1 AMS 532 J klubas* 0-1 AMS 532 J klubas
0-1 PHY 665 J klubas
B iochemija ir struktūrinė B iologija
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
Molekulinė ir ląstelinė B iologija
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
B io m edikos inžinierius
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
1 BSB 601 Biochemijos koliokviumas 3 MCB 657 Kūrimo principai (1)* 3 BME 526 Biologinės sistemos inž
1-12 BSB 599 Tyrimas 3 HPH 533 GRD imunologija 3 BME 599 Tyrimas
0 BIO 600 Mokymas 1 MCB 531 Sem Mol Cell Bio-J Club(1,2)* 3 XXX XXX Pasirenkamasis
3 MCB 503 Mol Genetics (arba elekt.) 1 HPH 691 J klubas(3)* 3 CHE 558 Phys Chem & Bio
1 JRN 503 iCOMl-Improv for Sci** 1 MCB 601 Kolokviumas Mol Cell Bio
3 CHE 558 Phys Chem & Bio (išrinkta) 1-12 MCB 599 Tyrimas

Taikomoji M ath & S statistika
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
Chemija
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
Fizika
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
3 AMS 699 Tyrimas X CHE 694 Seminaras 0-3 PHY 584 Lab Rot
X XXX XXX Pasirenkamasis X XXX XXX Pasirenkamasis X XXX XXX Pasirenkamasis
X XXX XXX Pasirenkamasis X XXX XXX Pasirenkamasis X XXX XXX Pasirenkamasis
3 JRN 565 Perduokite savo mokslą 3 JRN 565 Perduokite savo mokslą 3 JRN 565 Perduokite savo mokslą
B iochemija ir struktūrinė B iologija
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
Molekulinė ir ląstelinė B iologija
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
B io m edikos inžinierius
(Kreditai / skyrius / kurso numeris / tema)
1 BSB 602 Biochemijos koliokviumas 3 HBP 531 Bendroji biologija (3)* 3 BME 572 Biomolekulinė analizė
1-12 BSB 599 Tyrimas 1 MCB 532 Sem Mol Cell Bio-J Club(1,2)* 6 BME 599 Tyrimas
1 BSB 532 J klubas 1-12 MCB 599 Tyrimas
1-3 XXX XXX Pasirenkamasis 1 MCB 602 Kolokviumas Mol Cell Bio
0 GRD 500 RCR (arba seminaro etika) 0-1 GRD 500 RCR (etika)
3 CHE 559 Biologijos dinaminis tinklas ir tinklas (elektrinis)
3 CHE 559 Biology Dyn & Network (4, elekt.)
1 JRN 501 iCOM2 – distiliuokite savo pranešimą** 1-3 XXX XXX Pasirenkamasis (1,2)*
1 JRN 502 iCOM2 – rašymo mokslas*** 3 JRN 565 Perduokite savo mokslą (4)
3 XXX XXX Pasirenkamasis 3 XXX XXX Pasirenkamasis
Pasirenkamieji dalykai: žr. BSB vadovą Pasirenkamieji dalykai: žr. MCB vadovą Pasirenkamieji dalykai: iš viso 6 pasirenkamieji dalykai, iš kurių 3 turi būti BME

*AMS 531 x įtrauktas į PHY 584 sąrašą

*AMS 532 x įtrauktas į sąrašą su PHY 665

*AMS 535 x įtrauktas į CHE 535 sąrašą

*AMS 537 x įtrauktas į sąrašą su CHE 559 ir PHY 559

*Pateikti AMS 539 dokumentai

Fizikos studentai laboratorijų rotacijas pradeda tik antrame kurse.

Kursų aprašymai

AMS 507: Tikimybių įvadas

Temos apima imties erdves, tikimybių aksiomas, sąlyginę tikimybę ir nepriklausomybę, diskretuosius ir ištisinius atsitiktinius dydžius, bendrai paskirstytus atsitiktinius dydžius, atsitiktinių dydžių charakteristikas, didelių skaičių dėsnį ir centrinę ribinę teoremą, Markovo grandines.

AMS 510: Analitiniai taikomosios matematikos ir statistikos metodai

Daugiamatių skaičiavimų, konvergencijos ir ribų, matricos analizės, vektorinės erdvės pagrindų ir Lagrando daugiklių apžvalga.

Būtina sąlyga: Tiesinės algebros ir daugiamačio skaičiavimo kursas

Ruduo, 3 kreditai, Laiško įvertinimas

AMS 530: Lygiagrečiojo skaičiavimo principai

Šis kursas skirtas tiek akademiniams, tiek pramonės mokslininkams, besidomintiems lygiagrečia kompiuterija ir jos pritaikymu didelėms mokslo ir inžinerinėms problemoms spręsti. Jame pagrindinis dėmesys skiriamas trims pagrindinėms lygiagrečiojo skaičiavimo problemoms: lygiagrečios aparatinės ir programinės įrangos sistemų analizei, lygiagrečių algoritmų projektavimui ir įgyvendinimui bei lygiagrečiojo skaičiavimo taikymui pasirinktoms fizikos ir inžinerijos problemoms spręsti. Kurse pabrėžiama praktinė praktika ir lygiagretaus skaičiavimo algoritminių sąvokų supratimas.

Būtina sąlyga: Informatikos pagrindinių dalykų, tokių kaip operacinės sistemos ar architektūros, kursas arba tam tikra programavimo patirtis.

Pavasaris, 3 kreditai, raidės įvertinimas

AMS 531: Kompiuterinės biologijos laboratorijų rotacijos ir žurnalų klubas

Tai dviejų semestrų kursas, kuriame pirmųjų metų Ph. studentai praleidžia mažiausiai 8 savaites kiekvienoje iš trijų skirtingų laboratorijų, aktyviai dalyvaujančių dalyvaujančio Kompiuterinės biologijos fakulteto tyrimuose. Kiekvienos rotacijos pabaigoje studentai pristato savo laboratorijos veiklą ir pasiekimus. Pagrindinis rotacijos tikslas yra padėti studentams pasirinkti mokslinį patarėją ir padėti fakulteto nariams pasirinkti studentus. Studentai registruojasi į AMS 531 pirmųjų metų rudens ir pavasario semestrus.

0-3 kreditai, S/U įvertinimas, gali būti kartojamas įskaitai.

AMS 532: Kompiuterinės biologijos laboratorijų rotacijos ir žurnalų klubas

Šio kurso tikslas yra, kad studentai patobulintų kritinio skaitymo ir analitinius įgūdžius diskutuodami apie literatūrą kompiuterinės biologijos srityje. Dalyviai paeiliui tampa „diskusijų lyderiais“, kurie neformaliai veda grupę per recenzuojamą rankraštį, kurį visi „Journal Club“ nariai turės perskaityti prieš susitikimą. Pavasario semestro susitikimai apims atsakingą tyrimų ir stipendijų vykdymo (RCRS) asmenų mokymą (IPT) temomis, kurios apima (1) sąžiningumą stipendijoje, (2) netinkamą mokslinį elgesį, (3) kuravimą, (4) nuosavybę ir Autorystė, (5) plagiatas, (6) duomenų valdymas, (7) žurnalistika ir mokslas, (8) žmonės ir (9) laboratoriniai gyvūnai.

0-1 kreditas, S/U įvertinimas, gali būti kartojamas įskaitai.

AMS 533: Algoritmai ir modelių kūrimas

Išsamus daugelio pagrindinių metodų, naudojamų įvairiuose skaičiavimo biologijos aspektuose, tyrimas. Pagrindinis šios klasės dėmesys skiriamas tam, kaip sėkmingai suformuluoti sprendžiamos problemos teiginį ir kaip ta formuluotė gali padėti pasirinkti tinkamiausią skaičiavimo metodą. Pavyzdžiai bus paimti iš įvairių biologijos problemų, įskaitant molekulinį modeliavimą, biocheminių reakcijų tinklus, mikroskopiją ir sistemų biologiją. Išankstinių biologijos žinių nereikia.

AMS 534: Įvadas į sistemų biologiją

Šis kursas yra skirtas pagrindinių sistemų biologijos sąvokų ir skaičiavimo įgūdžių mokymui. Kursas sutelktas į dvi pagrindines programavimo kalbas: „Matlab“ programoms modeliuoti ir R kalbą, skirtą statistinei analizei ir sekų manipuliavimui.

Pavasaris, 3 kreditai, raidės įvertinimas

AMS/CHE 535: Kompiuterinė struktūrinė biologija

Šis kursas supažindins su skaičiavimo struktūrine biologija ir taikys vaistų projektavimą. Bus akcentuojami metodai ir taikymai, kurie naudoja skaičiavimą, kad modeliuotų biologines sistemas, susijusias su žmogaus ligomis. Kurso tikslas – skatinti mokymąsi bendradarbiaujant ir jį sudarys dėstytojo, kviestinių dėstytojų ir kurso dalyvių pranešimai, kurių tikslas – apibendrinti pagrindinius metodus, temas ir straipsnius, susijusius su kompiuterine struktūrine biologija. Šis kursas siūlomas kaip CHE 535 ir AMS 535.

Ruduo, 0-3 kreditai, Laiško įvertinimas

AMS 536: Biologinių molekulių molekulinis modeliavimas

Šis kursas skirtas studentams, norintiems įgyti patirties modeliuojant biologines molekules atominiu lygmeniu. Atsižvelgiant į individualius interesus, atitinkamoms biologinėms sistemoms (-ėms) tirti gali būti naudojami Molekulinės mechanikos, Molekulinės dinamikos, Monte Karlo, Docking (virtualioji atranka) arba Kvantinės mechanikos programinės įrangos paketai. Projektai apims sąranką, vykdymą ir analizę. Kursų dalyviai skaitys su atliekamomis simuliacijomis susijusios literatūros pristatymus ir bus reikalinga galutinė projekto ataskaita. Pageidautina Unix (Linux) išmanymas.

Pavasaris, 0-3 kreditai, Laiško įvertinimas

AMS 537: dinaminiai genų reguliavimo ir biologinio modelio formavimo modeliai

Tai yra pagrindinės genetinės funkcijos ir biologinio modelio formavimo gyvūnų vystymosi teorijos absolventų kursas. Kursas apima dinaminius (kartais vadinamus „fiziologinius“) šių procesų modelius įvairiais matematiniais lygmenimis. Biologiniu požiūriu didžiausias dėmesys bus skiriamas E. coli ir vaisinei muselei Drosophila, atidžiai aptariant pagrindinius nespecialistų eksperimentų rezultatus. Mes ištirsime deterministinių ir stochastinių diferencialinių lygčių naudojimą sprendžiant esmines mokslines problemas, tokias kaip fago lambda lizės / lizogenezės sprendimas, dirbtinių genų grandinių inžinerija ir morfogenetinio lauko nustatymas ir reguliavimas gyvūnų vystymesi, ypač segmentacija. laukas Drosofiloje.

Pavasaris, 3 kreditai, raidžių įvertinimas, x sąrašas su PHY/CHE 559

AMS 539: iPQB – fizinės ir kiekybinės biologijos įvadas

Šis kursas yra Laufer fizinės ir kiekybinės biologijos centro organizuojamas seminarų ciklas, skirtas visiems būsimiems magistrantams, kurie gali būti suinteresuoti atlikti skaičiavimo, matematinės ar fizinės biologijos tyrimus. Kiekvieną seminarą ves skirtingas fakulteto narys apie savo tyrimus ir apims įvairias temas, įskaitant skaičiavimo struktūrinę biologiją, genomiką / bioinformatiką, metabolinį ir reguliavimo modeliavimą, skaičiavimo ląstelių biologiją ir evoliucinius modelius.

Ruduo, 0-1 kreditas, S/U įvertinimas

AMS XXX: Tyrimai arba ESL

Ruduo, 3 kreditai, Laiško įvertinimas

BSB 515: Biochemijos ir struktūrinės biologijos skaičiavimo metodai

Duomenų analizė ir statistika naudojant R programavimo aplinką, baltymų ir nukleorūgščių sekų ir grafinė analizė. Būtina sąlyga: Ši klasė skirta tik pirmojo kurso BSB, HBM, MCB PHD ir HBH doktorantams. Išimčiai reikalingas kurso dėstytojo patvirtinimas.

CHE 504: Struktūra ir reaktyvumas organinėje chemijoje

Elektroninės ir stereocheminės teorijos, susijusios su organine struktūra ir reakcijomis. Aptariamos tokios temos kaip surišimas, deformacija, aromatingumas, MO teorija, molekuliniai pertvarkymai, periciklinės reakcijos ir fotochemija. Šis kursas skirtas suteikti žinių pagrindą pradiniame absolventų lygyje, ruošiantis išplėstiniams dalykams CHE 502 ir CHE 503, ir papildo CHE 501.

Ruduo, 3 kreditai, Laiško įvertinimas

CHE 523: Cheminė termodinamika

Griežtas termodinamikos pagrindų tobulinimas ir jos taikymas daugeliui chemikus dominančių sistemų, tokių kaip elektrocheminiai elementai, dujos ir vienalytė bei nevienalytė pusiausvyra. Taip pat bus įtrauktas įvadas į statistinę mechaniką.

Ruduo, 1-3 kreditai, Laiško įvertinimas

CHE 528: Statistinė mechanika

Statistinė pusiausvyros sistemų ir greičio procesų teorija. Ansamblių teorija, erdvinės ir laiko koreliacijos funkcijos.Modelių sistemos ir jų savybių įvertinimo metodai. Sukurta taip, kad studentas galėtų naudotis dabartine literatūra apie statistinės mechanikos taikymą chemijos problemoms spręsti.

Pavasaris, 3 kreditai, raidės įvertinimas

CHE 541: Biomolekulinė struktūra ir analizė

Aprašomos biologinių makromolekulių struktūros ir jų sandaros santykis su biologine funkcija. Taip pat aptariama makromolekulių tyrimo metodika. Temos apima chemines ir fizines ląstelių ir audinių sudedamųjų dalių, įskaitant angliavandenius, lipidus, nukleino rūgštis, baltymus ir peptidus, savybes. Būtinos sąlygos: Stiprūs fizinės ir organinės chemijos pagrindai.

Ruduo, 3 kreditai, Laiško įvertinimas

CHE 542: Cheminė biologija

Biologinių makromolekulių ir jų kofaktorių reaktyvumas ir fiziologinė funkcija aprašoma cheminiu biocheminiu lygmeniu. Šio kurso akcentas atspindi naujausius cheminės biologijos pasiekimus. Galimos temos: katalizatoriai, reakcijos mechanizmai, koreliacija tarp trimatės struktūros ir reaktyvumo, receptorių ir ligandų sąveika tarpląsteliniame ir tarpląsteliniame signalizavime, baltymų lankstymas in vitro ir in vivo.

Pavasaris, 3 kreditai, raidės įvertinimas

CHE 543: Cheminiai biologijos metodai

Molekulinių sąvokų ir metodologijos naudojimas sprendžiant biologijos ir medicinos problemas. Kursas apima biologinių sistemų išaiškinimo ir valdymo metodus. Galimos temos yra cheminė genomika, metabolomika ir chemoterapija.

Ruduo, 3 kreditai, Laiško įvertinimas

CSE 549: Kompiuterinė biologija

Šiame kurse dėmesys sutelkiamas į dabartines kompiuterinės biologijos ir bioinformatikos problemas. Mūsų dėmesys bus skiriamas algoritminiam, tinkamų kombinacinių algoritmų problemų ir jų sprendimo būdų atradimui. Pagrindinės temos apims DNR sekos surinkimą, DNR/baltymų sekų surinkimą, DNR/baltymų sekų palyginimą, hibridizacijos masyvo analizę, RNR ir baltymų lankstymą bei filogeninius medžius.

Būtina sąlyga: CSE 373 arba CSE 548 arba instruktoriaus sutikimas

Ruduo, 3 kreditai, Laiško įvertinimas

BME 558 / CHE 558 / PHY 558: fizinė ir kiekybinė biologija

Tai fizinės biologijos kiekybinių principų kursas. Mes aprašome jėgų, energijų ir entropijų, kurios skatina molekulines ir ląstelines sistemas link jų pusiausvyros būsenų, prigimtį. Mes svarstome platų pritaikymo spektrą chemijos, biologijos, medžiagų inžinerijos ir nanomokslų srityse. Šiuo kursu siekiama suteikti studentams supratimą apie tai, kaip medžiagų ir biologinių sistemų veiksmai ir elgesys atsiranda dėl jų sudedamųjų dalių (atomų, molekulių ar ląstelių). Šio kurso temos apima, bet tuo neapsiribojant: Laikas ir erdvė ląstelėse Struktūrinis biologijos pagrindas Molekulinė solvatacija ir gardelės modeliai Cheminis potencialas Difuzija Masės veikimas ir stochastinė cheminė kinetika Elektrostatika, potencialai, dipoliai, elektrocheminiai potencialai Puasono-Boltzmanno ir Borno modeliai Tarpmolekuliniai potencialai ir jėgos laukai Faziniai perėjimai Grotelių ir Isingo modeliai Adsorbcija Surišimo polinomai Surišimo kooperatyvumas Molekulinės mašinos Molekuliniai varikliai, energijos konversija ir transdukcija Polimerų teorija Flory-Huggins'o atsitiktiniai skrydžiai Elastingumas Sraigtinės ritės teorija Žlugimo perėjimai Baltymų lankstymo pusiausvyra Baltymų lankstymo erdvės elastingumas Proteininio elastingumo kinetika baltymų biologinė mechanika Ląstelės biofizika Proteomų stabilumas, agregacija, kinetika Genų reguliavimas Populiacija ir evoliucijos dinamika.

Ruduo, 3 kreditai, Laiško įvertinimas

CHE 559/PHY 559: sistemų biologija ir tinklo dinamika

Šis kursas suteikia sistemų biologijos pagrindus. Pirma, aptariame dinamines cheminių ir biocheminių tinklų savybes, ypač ląstelėse. Antra, mes plačiai supažindiname su besiformuojančiu tinklų mokslu, įskaitant internetą, transporto sistemas, socialinius tinklus, tokius kaip Facebook, ligų plitimo tinklus ir kitus. Tose sistemose išmoktus principus taikome ląstelių biocheminių reakcijų tinklams. Mūsų tikslas – paruošti studentus geriau suprasti ląstelių savybes ir ateities vaistų atradimo principus. Šio kurso temos apima, bet tuo neapsiriboja: Fizinė kinetika difuzija / Smoluchowskii Atsitiktiniai skrydžiai Laukimo laikas Puasono Brauno reketai Cheminė kinetika Perėjimo būsenos Stabilumas, išsišakojimai, modelio vystymasis Triukšmas ląstelėse: vidinis ir išorinis grįžtamasis ryšys Biologiniai osciliatoriai, chaosas, tinklo veikimo periodas Topologijos Laipsnio pasiskirstymas, tarpas Tinklų modeliai: Erdos-Renyi, be masto, socialinis, Watts-Strogatz, agentai Tvirtumas, labai optimizuota tolerancija, lankai, epidemijos Biologiniai tinklai: baltymų ir baltymų tinklai, reguliavimo ir medžiagų apykaitos tinklai Žinomos biologinės grandinės ir jų elgesys Kaip tinklai vystosi: Pirmenybinis prisirišimas, perjungimas Galios dėsniai Srautas per tinklus Informacija ir komunikacija, entropija Metabolinių srautų analizė Dirbtinė ir natūrali atranka bruožams Darvino evoliucija Populiacijos dinamika.

Pavasaris, 3 kreditai, raidžių įvertinimas, x sąrašas su AMS 537

CHE 581: Skyriaus tyrimų seminaras

Susitikimai, kuriuose pirmo kurso magistrantai susipažįsta su katedros fakulteto moksline veikla.

CHE 603: Specialios bioorganinės chemijos temos

Dalykas skiriasi priklausomai nuo studentų ir dėstytojų interesų. Galimos temos: asimetrinė sintezė ir natūralaus produkto sintezė.

Ruduo, 1-3 kreditai, Laiško įvertinimas, gali būti kartojamas įskaitai.

CHE 607: Šiuolaikinis vaistų dizainas ir pristatymas

Seminaro kursas, apimantis šiuolaikinius narkotikų dizaino aspektus ir požiūrius. Šiame kurse derinami dėstytojų ir pramonės atstovų pristatymai, kad būtų pateiktas tarpdisciplininis farmacijos plėtros vaizdas.


Markas Kon

Markas Konas dirba kvantinės tikimybės ir informacijos, bioinformatikos, mašininio ir statistinio mokymosi, matematinės fizikos, matematikos ir skaičiavimo neuromokslų, sudėtingumo teorijos ir bangelių srityse. Jo dabartinis tyrimas sutelktas į dvi sritis.

Pirmasis yra susijęs su kvantinės tikimybės, kvantinio skaičiavimo ir kvantinės informacijos klausimais. Kvantinis skaičiavimas žada išspręsti kai kurias ilgalaikes optimizavimo problemas, kylančias statistikoje ir skaičiavimo biologijoje, įskaitant baltymų lankstymą, RNR struktūrą ir DNR transkripcijos aktyvumą. Kvantinė tikimybė taip pat yra susijusi su klausimais, kurie taikomi statistinėje mechanikoje. Tai apima klausimus, susijusius su kvantinių atsitiktinių dydžių priklausomybe / nepriklausomumu (susipainiojimu) ir, galiausiai, su bendresniais metodais į pačius kvantinio skaičiavimo metodus.

Antroji Kon ir jo bendradarbių studijų sritis yra mašininio mokymosi taikymas bioinformatikai ir skaičiavimo biologijai, pradedant genų reguliavimo tinklų išvedžiojimu ir baigiant vėžio identifikavimu ir klasifikavimu remiantis genų variacija, vieno nukleotido polimorfizmais, mikroRNR, ir kiti biomarkeriai. Bioinformatinės ir transkripcijos informatikos statistikos ir mašininio mokymosi taikymas iš tikrųjų paskatino metodologinius ir teorinius pačių statistinių metodų patobulinimus, kurie tapo svarbūs keliuose šių tyrimų projektų aspektuose. Šios sritys taip pat yra susijusios su statistinio sudėtingumo teorija, neuroniniais tinklais ir Bajeso išvada, kur panašios problemos yra svarbios. Šiame darbe Konas ir jo bendradarbiai daugiausia dėmesio skiria ryšiams tarp minėtų statistinių metodų ir apskritai vieningesnių metodikų formulavimui. Vienas vienijančių tikslų yra pateikti bendrą mašininio mokymosi metodą ir algoritmų rinkinį genų reguliavimo sąveikos ir transkripcijos valdymo analizei.


Atsakymai ir atsakymai

Jums trūksta kai kurių pagrindinių sąvokų. Gal galiu padėti:

1. Dauguma mutacijų (pokyčių) yra žalingos. Kaip paprastai "mirtina" organizmui su pasikeitimu.
2. Daugelis baltymų, turinčių bendrą kilmę, buvo gyvų būtybių dalis milijardus metų.
3. Kai kurios labai kelios mutacijos iš tikrųjų yra organizmo laimėjimas. Taigi šiandien matome, kas laimėjo, o ne kas pralaimėjo natūralios atrankos loterijas.
Tai vadinama išgyvenimo šališkumu, todėl ne visada žinome, kokie baltymai buvo anksčiau, nei matome dabar.
https://en.wikipedia.org/wiki/Survivorship_bias

4. Svarbiausia yra atsiradimo ir saviorganizacijos samprata:
Paimkite keletą paprastų taisyklių. Paleiskite juos prieš pagrindinius junginius, esančius kitose Saulės sistemos vietose, ir galiausiai gausite sudėtingą gyvybę – baltymus nuo nulio, jei norite.

TJO, geriausias būdas tai pamatyti yra paprastas kompiuterinis „žaidimas“, kurį sukūrė Johnas Conway'us, pavadinimu „Gyvenimo žaidimas“.
-- Tai puikus būdas suprasti atsiradimo sampratą, kaip ji taikoma abiogenezei, pirmiausia pažiūrėkite į grafiką.

https://en.wikipedia.org/wiki/Conway's_Game_of_Life

Jei iš tikrųjų perskaitysite nuorodą ir jaudinsitės su grafika, tai bus akivaizdu gana greitai. Taip pat galite gauti internetines žaidimo versijas, kurias galite žaisti patys, jei norite.

Atrodo, kad pirmieji trys taškai susiję tik su visiškai susiformavusių baltymų pokyčiais. Ne apie tai aš klausiu.

Tai šiek tiek skamba kaip "puof!" Kaip? Koks mechanizmas? Kaip daliniai baltymai išlaikė egzistavimą, kol nebuvo baigti?

O Johno Conway gyvenimo žaidimas atrodo matematinis dalykas. Net žiūrėdamas į grafiką nematau aktualumo. Jei pažiūrėtume tik į matematiką, tai siaubinga. Apsvarstykite palyginti mažą 100 likučių baltymą. Yra apie 20^100/2 arba 6E129 galimi atsitiktiniai deriniai. Visata nė iš tolo neprilygsta tiek Plancko kartų senumo. Akivaizdu, kad baltymai atsirado ne dėl kažkokio brutalios jėgos matematinio dalyko, kuris, atrodo, naudojamas žaidime.

Kyla pagunda sakyti, kad dauguma atsitiktinių susitarimų buvo atmesti, tik kiekvieną kartą priėmus teisingą atsakymą. Bet kiek žinau, ilgesnis teisingas, bet nepilnas baltymas neveikia geriau nei trumpesnis teisingas, bet nepilnas baltymas. Taigi, kaip vystymosi kelyje buvo atmesti neteisingi papildymai?

Pirmieji trys @jim mcnamara taškai yra gana svarbūs norint tiksliai sureguliuoti esamą baltymų seką.

Yra papildomų evoliucinių veiksnių, kurie sumažins baltymų išsivystymo tikimybę.

Spartesnis variacijų padidėjimas (tai gali sutrumpinti aminorūgščių pridėjimą ir tam tikrų funkcijų bei struktūrų sekos parinkimą):
1) Dauguma dabartinių baltymų yra ne tik sukurti nuo nulio. Jie yra kitų baltymų, dažnai daugiau nei vieno, palikuonys.
Genų dubliavimasis ir viso genomo dubliavimasis evoliucijoje nėra neįprastas dalykas ir yra laikomas svarbiu darbo medžiagos šaltiniu tolesnei evoliucijai. Viso genomo dubliavimas lemia papildomas kiekvieno baltymą koduojančio geno kopijas organizmo genome. Tai išlaisvina pusę baltymą koduojančio geno nuo suvaržymo atlikti tam tikrą funkciją ir suteikia jiems daugiau laisvės keisti esamą seką arba įgyti naujas. Taigi šios sekos gali keistis nežudant organizmo, kuris jas nešioja. Jie gali suirti į pseudogenus arba virsti naujais funkciniais genais.

2) Daugelis genų yra kitų genų dalių sujungimo produktas. Yra funkcinių baltymų komponentų (tokių kaip fermentinė vieta, membraną apimanti vieta, baltymo žyma, skirta eksportuoti iš ląstelės, arba tam tikra surišimo vieta), kurios gali būti kopijos iš vienos vietos ir įdėtos į kitą, kuri gali arba gali būti nebūti geno dalimi. Dėl to baltymas, turintis naujų funkcijų derinių, pavyzdžiui, fermentas, paprastai citoplazmoje, gali patekti į pūslelę. Kartais tai gali generuoti baltymus su naujomis funkcijomis.

3) Virusai gali patraukti ir perkelti dalį baltymo iš vienos vietos (ar rūšies) ir įdėti į kitą baltymą koduojantį geną.

Dideli skaičiai sumažina mažai tikėtino įvykio tikimybę (mėtant daugiau kauliukų / daugiau kauliukų metimo):
4) Vienaląsčių organizmų (kuriuose pirmą kartą išsivystė dauguma baltymų struktūrų) skaičius gali būti nepaprastai didelis. Užauginau 108 žinduolių ląsteles mažiau nei litre audinių auginimo terpės (optimaliomis sąlygomis). Vandenyno vandens yra maždaug 1 335 000 000 (1,3 x 10 9) kubinių km, o tai yra 1,3 x 10 21 litras. Bakterijų ląstelės yra mažesnės, bet optimaliomis sąlygomis gali būti dar tankesnės. Gamtos pasaulis paprastai nesuteikia optimalių sąlygų, tačiau vis tiek yra gera galimybė išties dideliam kiekiui.

5) Bakterijų kartos gali trukti net 20 minučių, o tai gali (optimaliai) duoti daugiau nei 26 000 kartų per metus.

Ne visos baltymo aminorūgštys yra vienodai svarbios (ne kiekviena baltymo vieta apsiriboja tik viena aminorūgštimi):
6) Kai kurios gali būti pakeistos biochemiškai panašioms aminorūgštims, kurių funkcija mažai akivaizdžiai keičiasi. Kai kurios baltymo dalys yra tarsi pastoliai, laikantys svarbesnes dalis savo vietose.


Biologija (BIO)

Įvadas į ekosistemų ekologiją ir sausumos biogeochemiją. Šiame kurse daugiausia dėmesio bus skiriama anglies ir kitų biologiškai esminių Žemės sistemos elementų dinamikai, erdviniu mastu nuo vietos iki pasaulinio.

BIO 103. ŽMOGAUS IR PLANETŲ SVEIKATA. 2 vienetai.

Du didžiausi iššūkiai, su kuriais susiduria žmonija – žmonių sveikatos stiprinimas ir aplinkos blogėjimo stabdymas – yra glaudžiai susiję. Besiformuojanti planetinės sveikatos sritis pripažįsta šiuos tarpusavio ryšius ir skatina kūrybiškus, tarpdisciplininius sprendimus, apsaugančius žmonių sveikatą ir ekosistemų, nuo kurių mes priklausome, sveikatą. Per keletą paskaitų ir atvejo tyrimo diskusijų studentai giliai supras planetinės sveikatos koncepciją, jos pagrindą, tikslus, prioritetines veiklos sritis, tyrimo metodus ir svarbiausius neatidėliotinus iššūkius.
Tas pats kaip: BIO 203

BIO 104. Pažangioji molekulinė biologija: epigenetika ir proteostazė. 5 vienetai.

Molekuliniai mechanizmai, valdantys eukariotų genomų replikaciją, rekombinaciją ir ekspresiją. Temos: DNR replikacija, DNR rekombinacija, genų transkripcija, RNR sujungimas, genų ekspresijos reguliavimas, baltymų sintezė ir baltymų lankstymas. Būtina sąlyga: Biology core arba BIO 83 (BIO 82 ir 86 yra labai rekomenduojami).
Tas pats kaip: BIO 200

BIO 105A. Jasper Ridge biologinio draustinio ekologija ir gamtos istorija. 4 vienetai.

Jasper Ridge biologinio draustinio ekologija ir gamtos istorija aukštesniojo skyriaus kursas, skirtas padėti studentams išmokti ekologijos ir gamtos istorijos naudojant gyvą Jasper Ridge draustinio laboratoriją. Pagrindinis kursų tikslas yra tai, kad, kaip mokymosi bendruomenė, per įžangines diskusijas, o po to praktinę patirtį šioje srityje išnagrinėtume mokslinį pagrindą: ekologiniai tyrimai, archeologija, edafologija, geologija, hidrologija, rūšių sąveika, žemėtvarka, ir daugiadalykis aplinkosauginis švietimas. 10 sesijų, kurios sudaro akademinę programą, veda instruktoriai, dėstytojai (kiekvienos sesijos temų pasaulio ekspertai) ir JRBP darbuotojai. Be to, ši klasė moko studentus tapti JRBP docentais, kurie prisijungia prie Jasper Ridge švietimo filialų bendruomenės. nnBaigę šį kursą ir kaip nauji Jasper Ridge filialai, dalyviai galės vesti į mokslinius tyrimus orientuotas edukacines keliones, padėti pamokose ir tyrimuose bei dalyvauti JRBP bendruomenės nariams prieinamoje tęstinio mokymosi veikloje.
Tas pats kaip: EARTHSYS 105A

BIO 105B. Jasper Ridge biologinio draustinio ekologija ir gamtos istorija. 4 vienetai.

Jasper Ridge biologinio draustinio ekologija ir gamtos istorija aukštesniojo skyriaus kursas, skirtas padėti studentams išmokti ekologijos ir gamtos istorijos naudojant gyvą Jasper Ridge Preserve laboratoriją. Pagrindinis kurso tikslas yra tai, kad mes, kaip besimokanti bendruomenė, per įvadines diskusijas, o po to praktinę patirtį šioje srityje, išnagrinėtume mokslinį pagrindą: ekologiniai tyrimai, archeologija, edafologija, geologija, hidrologija, rūšių sąveika, žemėtvarka. ir daugiadalykis aplinkosauginis švietimas. 10 sesijų, kurios sudaro akademinę programą, veda instruktoriai, dėstytojai (kiekvienos sesijos temų pasaulio ekspertai) ir JRBP darbuotojai. Be to, ši klasė moko studentus tapti JRBP docentais, kurie prisijungia prie Jasper Ridge švietimo filialų bendruomenės. Baigę šį kursą ir kaip nauji Jasper Ridge filialai, dalyviai galės vesti į mokslinius tyrimus orientuotas edukacines keliones, padėti pamokose ir tyrimuose bei dalyvauti tęstinio mokymosi veikloje, prieinamoje JRBP bendruomenės nariams.
Tas pats kaip: EARTHSYS 105B

BIO 109A. Lėtinių ligų statybiniai blokai. 3 vienetai.

Mokslininkai nuėjo ilgą kelią kurdami lėtinių ligų gydymo būdus, tačiau vis dar yra atotrūkis tarp dabartinių sprendimų ir galimybės visiškai išspręsti šią ligą. Šiame kurse apžvelgiama daugelio šių ligų pagrindinė biologija ir kaip jos gali susieti viena su kita. Norint užpildyti tokią spragą sprendimuose, reikalingas požiūris į vaistų atradimą „galvok ne iš lauko“, o šis kursas moko šio požiūrio pagrindų. Ar Legolandas galėtų pateikti atsakymą? Tai svečių paskaitų ciklas, kuriame originalūs indėliai iš žinomų akademinės bendruomenės ir pramonės lyderių. Tikimasi studentų ir kviestinių dėstytojų bendravimo. Studentai, turintys pagrindinį, šalutinį arba bendrąjį biologijos kursą: 109A/209A arba 109B/209B, gali būti įtraukti į studijų programą, bet ne abu.
Tas pats kaip: BIOC 109A, BIOC 209A, HUMBIO 158

BIO 109B. Terapinio vystymosi pažanga: neuronų signalizacija ir imunologija. 3 vienetai.

Tai seminaro kursas, skirtas mokyti studentus apie naujus tyrimus ir pritaikymą neurologijos ir imunologijos srityse. Kursas apims temas nuo neuronų priklausomybės nuo opioidų ir skausmo mechanikos iki imunoterapijos pažangos. Studentai susipažins su įvairia medžiaga iš pirmaujančių neurologijos ir vėžio imunoterapijos ekspertų Bay Area. Lankys kviestiniai lektoriai tiek iš akademinės bendruomenės, tiek iš kaimyninių farmacijos/biotechnologijų įmonių. Būtinas aktyvus dalyvavimas. Būtina sąlyga: biologija arba žmogaus biologija. Studentai, turintys pagrindinį, šalutinį arba bendrąjį biologijos kursą: 109A/209A arba 109B/209B, gali būti įtraukti į studijų programą, bet ne abu.
Tas pats kaip: BIOC 109B

BIO 10N. Fizikos naudojimas biologijai paaiškinti: mechanistiniai planktono ekologijos metodai. 3 vienetai.

Žmonės dažnai mano, kad fizika ir biologija yra visiškai atskiri moksliniai užsiėmimai, tačiau iš tikrųjų juos galima produktyviai sujungti. Visi augalai ir gyvūnai gyvena fizinėje aplinkoje, o tą aplinką valdantys fizikos dėsniai dažnai lemia, kaip organizmai funkcionuoja ir sąveikauja. Šiame seminare mes išnagrinėsime fizikos ir biologijos santaką, nuodugniai pažvelgdami į tai, kaip fitoplanktoną ir zooplanktoną – mažus dumblius ir gyvūnus, kurie sudaro vandenynų maisto tinklo pagrindą – veikia fizinės jų vandeningas pasaulis. Jus nustebins mūsų gebėjimas paaiškinti šių organizmų ekologiją ir tai, kokia svarbi ta ekologija yra gyvybei žemėje.

BIO 110.Chromatino reguliuojamas genomas. 3 vienetai.

Genomo palaikymas yra būtina gyvybės sąlyga. Eukariotuose visi DNR šabloniniai procesai yra glaudžiai susiję su chromatino struktūra ir funkcija. Šiame kurse bus nagrinėjamas epigenetinis ir chromatininis ląstelių procesų, susijusių su senėjimu, vėžiu, kamieninių ląstelių pluripotencija, metaboline homeostaze ir vystymusi, reguliavimas. Kurso medžiaga integruoja dabartinę literatūrą su pagrindine histonų modifikacijų ir nukleozomų sudėties apžvalga epigenetinio paveldėjimo, transkripcijos, replikacijos, ląstelių dalijimosi ir DNR pažeidimo atsakuose. Būtina sąlyga: BIO 41 arba BIO 83 arba instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: BIO 210

BIO 112. Žmogaus fiziologija. 4 vienetai.

Žmogaus fiziologiją tirs organų sistemos: širdies ir kraujagyslių, kvėpavimo, inkstų, virškinimo trakto ir endokrininės sistemos. Aptariama molekulinė ir ląstelių biologija bei signalizacijos principai, kuriais grindžiamas organų vystymasis, patofiziologija ir regeneracinės medicinos galimybės, taip pat integruotos kontrolės mechanizmai ir vaisiaus vystymasis. Būtina sąlyga: žmogaus biologijos pagrindai arba biologijos pagrindai arba lygiavertis arba instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: HUMBIO 133

BIO 113. Molekulinės evoliucijos pagrindai. 4 vienetai.

Pagrindinių molekulinių evoliucijos procesų išvados iš DNR ir baltymų sekų. Temos apima atsitiktinį genetinį dreifą, susiliejančius modelius, natūralios atrankos efektus ir testus, kombinuotus ryšio ir natūralios atrankos efektus, kodono šališkumą ir genomo evoliuciją. Būtinos sąlygos: Biologijos branduolys arba BIO 82, 85 arba absolventas, stovintis bet kuriame skyriuje, ir instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: BIO 244

BIO 114. bioBUDS (Building Up Developing Scientists): Science In & Beyond the Lab. 2 vienetai.

Jūsų unikalios žinios, patirtis ir tikslai, siekiant pagerinti mūsų kolektyvinį supratimą apie mus supantį gyvenimą. BUDS siekia išplėsti mintį apie tai, ką reiškia būti mokslininku, ir padėti tapti bendruomenės skatinamais mokslininkais laboratorijoje ir už jos ribų. Mes atkreipsime dėmesį į magistrantus ir asociacijas iš istoriškai nepakankamai atstovaujamų grupių dėl jų mokslinių tyrimų ir platesnės STEM karjeros perspektyvų. Visi žurnalų klubai ir seminarai yra atviri visiems studentams, nepriklausomai nuo katedros priklausomybės, patirties lygio ar srities.

BIO 115. Paslėpta karalystė – grybų evoliucija, ekologija ir įvairovė. 4 vienetai.

Grybai yra svarbūs, tačiau dažnai paslėpti biosferos komponentai. Jie reguliuoja skilimą, yra pagrindiniai augalų simbiozės partneriai ir daro didelę įtaką žemės ūkiui ir ekonomikai. Studentai tyrinės žavų grybų biologijos, ekologijos ir evoliucijos pasaulį per paskaitas, laboratorijas, lauko pratybas ir šeštadienio išvykas, kurios suteiks tradicinės ir molekulinės patirties renkant, analizuojant ir pramoniniu būdu naudojant įvairius grybus. Mokiniai pasirinks aplinkos nišą, rinks ir atpažins gyvenančius grybus ir iškels hipotezes apie savo bendruomenės santykius. Būtina sąlyga: BIO 81, 85 rekomenduojama.
Tas pats kaip: BIO 239

BIO 116. Havajų salų ekologija. 4 vienetai.

Havajų archipelago sausumos ir jūrų ekologija ir išsaugojimo biologija. Dėstė šioje srityje Havajuose, kaip dalis ketvirčio trukmės kursų, įskaitant Žemės mokslus ir antropologiją. Temos apima ekologinį paveldėjimą, augalų ir dirvožemio sąveiką, išsaugojimo biologiją, biologines invazijas ir ekosistemų pasekmes bei koralų rifų ekologiją. Tik studentams, priimtiems į Havajų Žemės sistemų programą.
Tas pats kaip: EARTHSYS 116

BIO 117. Biologija ir globalūs pokyčiai. 4 vienetai.

Antropogeninių ir natūralių atmosferos, vandenynų, sausumos ir gėlo vandens ekosistemų pokyčių biologinės priežastys ir pasekmės. Temos: ledynų ciklai ir jūrinė cirkuliacija, šiltnamio efektą sukeliančios dujos ir klimato kaita, atogrąžų miškų naikinimas ir rūšių išnykimas, žmonių populiacijos augimas ir išteklių naudojimas. Būtina sąlyga: biologija arba žmogaus biologija, arba BIO 81 arba absolventas.
Tas pats kaip: EARTHSYS 111, EARTHSYS 217, ESS 111

BIO 119. Jūrų ekosistemų evoliucija. 3-4 vienetai.

Gyvybė iš pradžių išsivystė vandenyne. Kada, kodėl ir kaip įvyko pagrindiniai jūros gyvenimo istorijos pokyčiai? Kas paskatino sparčią Kambro gyvūnų evoliuciją ir įvairovę po daugiau nei 3,5 milijardo metų Žemės istorijos? Kas sukėlė pagrindinius masinio Žemės išnykimo įvykius? Kaip senovės išnykimo įvykiai lyginami su dabartinėmis grėsmėmis jūrų ekosistemoms? Kaip pirminių gamintojų evoliucija paveikė gyvūnus ir kaip gyvūnų evoliucija paveikė pirminius gamintojus? Šiame kurse apžvelgsime naujausius įrodymus, susijusius su šiais pagrindiniais jūrų ekosistemų istorijos klausimais. Lavinsime pažintį su dažniausiai pasitaikančiomis jūrų gyvūnų fosilijų grupėmis. Taip pat atliksime originalias paleontologinių duomenų analizes, lavinsime tiek mokslinių hipotezių formulavimo ir tikrinimo, tiek duomenų analizės ir pateikimo įgūdžius.
Tas pats kaip: EARTHSYS 122, GEOLSCI 123, GEOLSCI 223B

BIO 120. Prokariotų biologija – kiekybinis požiūris. 3 vienetai.

Kad galėtų gyventi, mikrobai turi sėkmingai koordinuoti įvairius ląstelių procesus, atsižvelgdami į turimus išteklius ir aplinkos sąlygas. Šiame kurse pristatoma kiekybinė pažanga siekiant suprasti šį koordinavimą ir jo pasekmes įvairiose skalėse: nuo molekulinės biologijos iki augimo iki populiacijos dinamikos ir ekologijos. Sausos laboratorijos sesijos papildo paskaitas, kuriose pristatomi skaičiavimo metodai. Bus pristatyti Python pagrindu sukurti analizės įrankiai. Būtina sąlyga: MATH 51 arba MATH 19, 20,21. Rekomenduojami: mikrobiologijos (pvz., BIO 62 arba 162) ir molekulinės biologijos/biochemijos/genetikos kursai (pvz., BIO 82 arba 83) ir pagrindinės žinios apie kodavimą.
Tas pats kaip: BIO 220

BIO 121. ORNITOLOGIJA. 3 vienetai.

Išplėstinė ornitologijos bakalauro apklausa, supažindinanti studentus su paukščių biologija ir suteikiant jiems įrankius paukščiams naudoti kaip pavyzdines tyrimų sistemas. Temos apims paukščių evoliuciją, fiziologiją, prisitaikymą, elgesį ir ekologiją. Visą dėmesį skirkite Kalifornijos paukščių identifikavimui ir pritaikymui dabartinėms paukščių apsaugos problemoms spręsti. Kursas apims paskaitas ir lauko komponentą, kuris supažindins studentus su standartiniais paukščių tyrimo metodais, tokiais kaip miglos tinklelis, juostelės ir taškų skaičiavimas. Būtina sąlyga: BIO 81 arba BIO 105 arba instruktoriaus patvirtinimas.
Tas pats kaip: BIO 221

BIO 124. Vėžio biologijos temos. 3 vienetai.

Šiame diskusijų kurse bus nagrinėjamos mokslinės priemonės, naudojamos tiriant molekulinį ir genetinį vėžio pagrindą ir kuriant šios ligos gydymo būdus. Aptariamos temos gali apimti vėžio modelius, tradicinius ir tikslinius vėžio gydymo būdus bei atsparumo gydymui vystymąsi. Studentai įgis kritinio pirminių mokslinių straipsnių skaitymo įgūdžius ir užbaigs baigiamąjį projektą. Būtinos sąlygos: Human Biology core arba BIO 82, 83, 86, arba gavus instruktoriaus leidimą.

BIO 126. Biofizikos įvadas. 3-4 vienetai.

Pagrindinis kursas, tinkamas pažengusiems bakalauro studijų studentams ir magistrantams, turintiems išankstinių skaičiavimo žinių ir koledžo fizikos kurso. Įvadas į tai, kaip fiziniai principai suteikia įžvalgų apie šiuolaikinę biologiją, atsižvelgiant į struktūrinę, dinaminę ir funkcinę biologinių sistemų organizaciją. Temos apima laisvosios energijos, difuzijos, elektrovaros jėgų, nepusiausvyros dinamikos ir informacijos vaidmenis pagrindiniuose biologiniuose procesuose.
Tas pats kaip: APPPHYS 205, BIO 226

BIO 129. Augalų biologijos pagrindai ir ribos. 3 vienetai.

Šis kursas bus skirtas visų lygių absolventams, bendrakursiams ir aukštesnio lygio bakalaurams, norintiems sužinoti apie pagrindinius augalų biologijos aspektus, naujausius įrankių, metodų ir teorijų pasiekimus, siejančius pagrindinį mokslą su vertimo mokslu. ir taikomosios programos sprendžiant pagrindinius šiandienos ir rytojaus visuomenės iššūkius. Be to, šis kursas padės supažindinti su augalų tyrimais universiteto miestelyje ir padėti sutvirtinti augalų biologija besidominčių studentų grupę.
Tas pats kaip: BIO 229

BIO 12N. Juslinė jūrų gyvūnų ekologija. 3 vienetai.

Gyvūnai, gyvenantys vandenynuose, patiria labai įvairius aplinkos dirgiklius. Vandeninis gyvenimo būdas reikalauja tiek pat gausaus jutimo prisitaikymo, įskaitant kai kuriuos, kurie mums visiškai svetimi. Šiame kurse mes nagrinėsime jūrų gyvūnų jutimo sistemas tiek aplinkos, tiek elgsenos požiūriu, tiek neurologijos ir informacinių sistemų inžinerijos požiūriu.

BIO 130. Kalifornijos ekosistemos. 4 vienetai.

Kalifornijoje gyvena didžiulė ekosistemų tipų ir procesų įvairovė. Šiame kurse pateikiamas įvadas į Kalifornijos ekosistemų gamtos istoriją, sistematiką ir ekosistemų ekologiją, remiantis paskaitų, studentų vadovaujamų projektų ir savaitgalio išvykų deriniu. Tyrinėtinos ekosistemos – nuo ​​pakrančių iki kalnų ir nuo dykumos iki šlapžemių. Reikalavimai apima tris esė ir dalyvavimą trijose išvykose (iš šešių variantų).
Tas pats kaip: EARTHSYS 130A

BIO 132. Išplėstinė biofizikos vaizdų laboratorija. 4 vienetai.

Laboratorija ir paskaitos. Pažangi mikroskopija ir vaizdavimas, pabrėžiantis praktinę patirtį naudojant naujausius metodus. Studentai konstruoja ir valdo darbo aparatus. Temos apima mikroskopo optiką, Koehlerio apšvietimą, kontrastą generuojančius mechanizmus (ryškus/tamsus laukas, fluorescencija, fazių kontrastas, diferencinių trukdžių kontrastas) ir skiriamosios gebos ribas. Laboratorijos temos skiriasi kiekvienais metais, tačiau apima vienos molekulės fluorescenciją, fluorescencijos rezonanso energijos perdavimą, konfokalinę mikroskopiją, dviejų fotonų mikroskopiją, mikroendoskopiją ir optinį gaudymą. Registracija ribota. Rekomenduojama: fizikos pagrindai, pagrindinė ląstelių biologija ir instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: APPPHYS 232, BIO 232, BIOPHYS 232, GENE 232

BIO 134. Žmogaus vėžio ląstelių linijų molekulinė ir ląstelinė analizė. 4 vienetai.

Šiame laboratoriniame kurse bus naudojamos išaugintos žinduolių ląstelės, siekiant ištirti, ar gydymas vaistais gali atkurti naviko slopintuvo p53 mutantinių versijų funkciją. Studentai atliks įvairius ląstelinius ir molekulinius metodus, įskaitant RT-PGR ir imunofluorescenciją, kad patikrintų tam tikrus savo mutanto gebėjimus tiek esant vaistui, tiek be jo. Projektas baigsis studentų sukurtais eksperimentais, kuriuose bus išbandytas funkcinis p53 aspektas, ir rezultatų pristatymas tiek ekspertams, tiek profesionalams. Primygtinai rekomenduojama būtina sąlyga: BIO 45, BIO 82, 83, 86.

BIO 135. Neuroetologija. 3 vienetai.

Neuroetologija yra gyvūnų elgesio nervinių pagrindų tyrimas. Ištirsime įvairių organizmų natūralaus elgesio neuroninius mechanizmus. Temos apima molekulinius nervų sistemos veikimo mechanizmus, plėšrūnų ir grobio sąveiką, socialinį elgesį ir kitus sudėtingus elgesio būdus, tokius kaip mokymasis ir atmintis, navigacija ir bendravimas. Vertinimas apima grupinius žodinius mokslinių straipsnių pristatymus, kassavaitinius namų darbus, kurie veda į mini dotacijos pasiūlymą, mokslinį rašymą ir bendravimą su platesne visuomene neuroetologine tema. Būtinos sąlygos: BIO 84.
Tas pats kaip: BIO 235

BIO 136. Makroevoliucija. 3 vienetai.

Kursas bus skirtas gyvūnų makroevoliucijai. Ištirsime, kaip paleobiologija ir vystymosi biologija / genomika prisidėjo prie mūsų supratimo apie gyvūnų kilmę ir kaip evoliucijos ir išnykimo modeliai suformavo gyvūnų formų įvairovę, kurią stebime šiandien.
Tas pats kaip: BIO 236, GEOLSCI 136, GEOLSCI 236

BIO 137. Augalų genetika. 3-4 vienetai.

Genų analizė, mutagenezė, perkeliami elementai žydėjimo ir embrionų vystymosi genetika augalų metabolizmo biocheminė genetika, mokslinės ir visuomenės pamokos iš transgeninių augalų. Būtina sąlyga: Biologijos branduolys arba instruktoriaus sutikimas. Tenkina WIM biologijoje.

BIO 138. Ekosistemų paslaugos: gamtos vertinimo mokslo ribos. 3 vienetai.

Šiame kurse nagrinėjamas gamtos vertinimo mokslas, pradedant jos istorine kilme, o vėliau daugiausia dėmesio skiriant jos naujausiam vystymuisi ir sienoms. Pagrindinis kurso tikslas yra sudaryti sąlygas naujiems tyrimams ir realaus pasaulio InVEST (integruoto ekosistemų paslaugų vertinimo ir kompromisų) įrankių ir metodų taikymui. Aptarsime žmonių ir gamtos sąsajas bei pagrindines mokslinių tyrimų sritis, pavyzdžiui, biologinės įvairovės, atsparumo, žmonių sveikatos, skurdo mažinimo ir tvaraus vystymosi srityse. Mokslas, kurį tyrinėsime, tarnauja sprendimams, ir mes naudosime pavyzdžius iš realaus gyvenimo, kad parodytume, kodėl šis mokslas yra toks svarbus informuojant, kodėl, kur, kaip ir kiek žmonėms reikia gamtos. Būtina sąlyga. Reikalingi pagrindiniai ir vidutiniai GIS įgūdžiai (įskaitant darbą su rastriniais, vektoriniais ir lentelės duomenimis įkeliant ir redaguojant rastrus, formų failus ir lenteles į GIS, suprasti koordinačių sistemas ir atlikti pagrindinę rastrinę matematiką).
Tas pats kaip: BIO 238, EARTHSYS 139, EARTHSYS 239

BIO 140. Mokslas apie ekstremalią jūros gyvybę. 3 vienetai.

Apima jūros gyvūnų ir augalų gyvenimo ekstremalioje aplinkoje būdus, tiriant morfologinius, ekologinius ir genetinius prisitaikymus prie žemos temperatūros, didelio karščio, gilaus vandens ir kt. Taip pat aptariame ekstremalų gyvenimo būdą, pvz., greitą plaukimą, mažą ir didelį kūno dydį ir naujus reprodukcinės sistemos. Paskaitų medžiaga papildyta mokomųjų dalykų apie pasakojimo rašymo įgūdžius gamtos mokslų srityje, ypač kūrybinės negrožinės literatūros, atsiminimų, pynimo esė ir trumposios grožinės literatūros. Tikslas yra integruoti kiekybinį mąstymą apie gyvybės mokslus su kūrybiniu rašymu, kuris atgaivina faktus. Būtinos sąlygos: pagrindiniai biologijos, kūrybinio rašymo, aplinkos mokslų ar inžinerijos kursai. Antradieniais skaitomos dvi paskaitos, tarp kurių – rašymo intermezzo.

BIO 141. Biostatistika. 5 vienetai.

Biologinių duomenų įvadiniai statistiniai metodai: duomenų aprašymas (skaitinės ir grafinės santraukos), įvadas į tikimybę ir statistines išvadas (hipotezių testai ir pasikliautinieji intervalai). Tarpiniai statistiniai metodai: grupių palyginimas (dispersinė analizė), asociacijų analizė (tiesinė ir logistinė regresija) ir kategoriškų duomenų metodai (neapibrėžtumo lentelės ir šansų santykis). Kurso turinys integruotas su statistiniu skaičiavimu R.
Tas pats kaip: STATS 141

BIO 142. Molekulinės geomikrobiologijos laboratorija. 3-4 vienetai.

Šio kurso metu studentai tyrinės ciklinių lipidų biomarkerių – molekulių, kurias gamina šiuolaikiniai mikrobai, kurios gali būti išsaugotos daugiau nei milijardo metų uolienose ir kurias geologas naudoja kaip molekulines fosilijas, biosintezę. Studentams bus pavesta nustatyti galimus biomarkerių lipidų sintezės genus aplinkos genominėse duomenų bazėse, ekspresuoti tuos genus modelinėje bakterijų ekspresijos sistemoje laboratorijoje ir analizuoti gaminamus lipidų produktus. Bendras tikslas yra, kad studentai patirtų mokslinio tyrimo procesą, įskaitant hipotezių generavimą, šių hipotezių tikrinimą laboratoriniais eksperimentais ir rezultatų perdavimą publikavimo stiliaus straipsniu. Būtinos sąlygos: BIO83 ir CHEM 121 arba instruktoriaus leidimas.
Tas pats kaip: EARTHSYS 143, ESS 143, ESS 243

BIO 144. Apsaugos biologija: Lotynų Amerikos perspektyva. 3 vienetai.

Biologinės įvairovės išsaugojimo mokslo principai ir taikymas. Konceptualiai šis kursas skirtas ištirti pagrindinius komponentus, susijusius su biologinės įvairovės išsaugojimu, kaip pavyzdys yra Lotynų Amerikos regionas. Tačiau konceptualios sistemos ir principai turėtų būti visuotinai taikomi ir suteikti įžvalgų visiems pasaulio regionams. Tikimasi, kad visi studentai atliks literatūros tyrinėjimo užduotį, po kurios bus parengtas rašytinis pranešimas, kuriame bus nagrinėjama jų pasirinkta tema, kilusi iš bet kurios klasėje aptartų temų. Būtina sąlyga: BIO 101 arba BIO 43 arba HUMBIO 2A arba BIO 81 ir 84 arba instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: BIO 234, HUMBIO 112

BIO 145. Gyvūnų elgesio ekologija ir evoliucija. 3 vienetai.

Ekologinės ir evoliucinės gyvūnų elgesio perspektyvos, pabrėžiant socialinį ir kolektyvinį elgesį. Tai projektinis kursas paskaitos/seminaro formatu. Seminarai bus paremti žurnalų straipsnių aptarimu. Nepriklausomi tyrimų projektai apie gyvūnų elgesį miestelyje. Būtinos sąlygos: Biologija arba Žmogaus biologija branduolys arba BIO 81 ir 85 arba instruktoriaus sutikimas Biologija/ES 30. Rekomenduojama: statistika.
Tas pats kaip: BIO 245

BIO 146. Genai ir ligos. 3 vienetai.

Šio kurso studentai atskleis pagrindinius genetikos ir molekulinės biologijos principus, tirdami žmonių ligų atvejų tyrimus ir naujus gydymo metodus. Šiame kurse reikės atidžiai perskaityti ir aptarti pirminę literatūrą, taip pat bus akcentuojamas ir remiamas kritinių mokslinės komunikacijos įgūdžių ugdymas. Studentai naudos įvairias priemones, kad per ketvirtį užbaigtų projektų seriją perduotų mokslinę informaciją įvairioms auditorijoms. Būtinos sąlygos: BIO 82, 83 ir 86 arba lygiavertis.

BIO 147. Ekosistemų ekologija ir biogeochemija. 3 vienetai.

Įvadas į ekosistemų ekologiją ir sausumos biogeochemiją. Šiame kurse daugiausia dėmesio bus skiriama anglies ir kitų biologiškai esminių Žemės sistemos elementų dinamikai, erdviniu mastu nuo vietos iki pasaulinio. Būtinos sąlygos: Biologija 117, Žemės sistemos 111 arba absolventas stovint.
Tas pats kaip: BIO 240, EARTHSYS 147, EARTHSYS 247

BIO 148. Sausumos ekosistemų evoliucija. 4 vienetai.

Kas, kada, kur ir kaip mes tai žinome apie gyvenimą sausumoje laikui bėgant. Aprašyti iškastiniai augalai, grybai, bestuburiai ir stuburiniai gyvūnai (taip, dinozaurai), įskaitant tai, kaip visi šie komponentai sąveikauja tarpusavyje ir su besikeičiančiu klimatu, žemynų dreifu, atmosferos sudėtimi ir aplinkos sutrikimais, tokiais kaip apledėjimas ir masinis išnykimas. Kursas apima tiek paskaitų, tiek laboratorijos komponentus. Tikimasi, kad 200 lygiu užsiregistravę absolventai parašys kursinį darbą, tačiau prireikus gali atsisakyti kai kurių laboratorijų.
Tas pats kaip: BIO 228, EARTHSYS 128, GEOLSCI 128, GEOLSCI 228

BIO 149. Miego neurobiologija. 4 vienetai.

Smegenų veiklos ir sąmoningo suvokimo pokyčių, susijusių su miego / pabudimo būsenos pokyčiais, neurochemija ir neurofiziologija. Elgesio ir neurobiologiniai reiškiniai, įskaitant miego reguliavimą, miego homeostazę, cirkadinius ritmus, miego sutrikimus, miego funkciją ir miego molekulinę biologiją. nnPirmenybė senjorams ir magistrantams. nn Registracija ribota iki 16.
Tas pats kaip: BIO 249, HUMBIO 161, PSYC 149, PSYC 261

BIO 150. Žmogaus elgesio biologija. 5 vienetai.

Daugiadisciplininis. Kaip priartėti prie sudėtingo normalaus ir nenormalaus elgesio per biologiją. Kaip integruoti disciplinas, įskaitant sociobiologiją, etologiją, neuromokslą ir endokrinologiją, siekiant ištirti elgesį, pvz., agresiją, seksualinį elgesį, kalbos vartojimą ir psichines ligas.
Tas pats kaip: HUMBIO 160

BIO 151. Neuronų mirties mechanizmai. 3 vienetai.

Bakalaurams, turintiems neurologijos išsilavinimą. Ląstelių ir molekulinė neuronų mirties biologija neurologinės ligos metu.Temos: amiloidinės ligos (Alzheimerio liga), prionų ligos (kuru ir Creutzfeldt-Jakob), deguonies radikalų ligos (Parkinsono liga ir ALS), tripleto ligos (Huntingtono liga) ir su AIDS susijusi demencija. Vertinimas pagrįstas dalyvavimu klasėje ir trumpais savaitiniais darbais. Reikalinga registracija iki 15 paraiškų. Pateikite paraišką https://forms.gle/UE8EcQi3jS6do31a7 iki 2020 m. rugsėjo 9 d., trečiadienio, 16.30 val.

BIO 152. Vaizdavimas: biologinė šviesos mikroskopija. 3 vienetai.

Šis intensyvus laboratorijos ir diskusijų kursas suteiks dalyviams teorinių ir praktinių žinių, kaip panaudoti naujas vaizdavimo technologijas, pagrįstas šviesos mikroskopija. Temos apima mikroskopo optiką, skiriamosios gebos ribas, Köhler apšvietimą, konfokalinę fluorescenciją, dviejų fotonų, TIRF, FRET, fotobalinimą, itin didelę skiriamąją gebą (SIM, STED, STORM / PALM), audinių valymą / CLARITY / šviesos lakštų mikroskopiją ir tiesioginę ląstelių vaizdavimas. Taikymas apima fluorescencinių zondų naudojimą, kad būtų galima analizuoti tarpląstelinę lokalizaciją ir gyvų ląstelių translokacijos dinamiką. Kurso metu naudosime apverstą klasę, nes studentai prieš pamoką žiūrės iBiologijos paskaitas, o pamokos laikas bus skirtas plačioms diskusijoms. Laboratorinė dalis apima platų mikroskopų naudojimą klasėje CSIF ir NMS pagrindinėse mikroskopijos patalpose.
Tas pats kaip: MCP 222

BIO 153. Ląstelių neuromokslas: ląstelių signalizacija ir elgsena. 4 vienetai.

Neuroninės sąveikos, kuriomis grindžiamas elgesys. Būtinos sąlygos: PSYCH 1 arba pagrindinės biologijos žinios.
Tas pats kaip: PSYCH 120

BIO 154. Molekulinė ir ląstelių neurobiologija. 4 vienetai.

Pažengusiems bakalauro studijų studentams. Ląsteliniai ir molekuliniai mechanizmai nervų sistemos organizacijoje ir funkcijose. Temos: neuronų grandinės laidai, sinapsių struktūra ir sinapsinis perdavimas, signalų perdavimas nervų sistemoje, jutimo sistemos, molekulinis elgesio pagrindas, įskaitant mokymąsi ir atmintį, neurologinių ligų molekulinė patogenezė. Labai rekomenduojama: BioCore arba BIO 82, 83, 86 arba instruktoriaus sutikimas.

BIO 155. Augalų ląstelių ir vystymosi biologija. 3 vienetai.

Šiame kurse sužinosime, kaip augalai statomi įvairiais organizaciniais masteliais nuo ląstelių, audinių, organų ir organų sistemų lygmens. Taip pat sužinosime apie eksperimentinius metodus, naudojamus tiriant augalus šiais skirtingais organizacijos lygmenimis ir kaip interpretuoti bei vertinti eksperimentus, kuriuose naudojami tokie metodai. Iš esmės svarbūs įgūdžiai, kurie bus ugdomi kurso metu, apima: pirmiausia literatūros vertinimą, žinių spragų nustatymą, tyrimo klausimų formulavimą ir naujų eksperimentinių strategijų kūrimą. Būtinos sąlygos: BIO 80 serija.
Tas pats kaip: BIO 255

BIO 156. Kalifornijos miškų gaisrai: miškų gaisrų ekologija, valdymas ir politika. 3 vienetai.

Plačiai paplitę laukiniai gaisrai tapo kasmetiniu reiškiniu visoje Kalifornijoje, turinčiu didžiulį poveikį tiek gamtos pasauliui, tiek žmonių visuomenei. Tikėtina, kad šių gaisrų poveikis didės toliau keičiantis klimatui ir intensyvėjant žemės naudojimui. Šioje klasėje bus nagrinėjama tarpdisciplininė miškų gaisrų perspektyva, įskaitant pačių gaisrų fiziologines, aplinkos ir socialines pasekmes, taip pat laukinių gaisrų politikos pasekmes gamtai ir žmonėms, ypatingą dėmesį skiriant vienodo poveikio klasėms ir rasėms. linijos.

BIO 158. Raidos neurobiologija. 4 vienetai.

Pažengusiems bakalauro ir bendrojo kurso studentams. Nervų sistemos vystymosi principai nuo molekulinės modeliavimo kontrolės, ląstelių-ląstelių sąveikos ir trofinių veiksnių iki nervų sistemų lygio ir patirties vaidmens įtakojant smegenų struktūrą ir funkciją. Temos: nervų indukcija ir ląstelių linijos modeliavimas, neurogenezė, neuronų migracija, aksonų takų nustatymas, sinapsių pašalinimas, veiklos vaidmuo, kritiniai laikotarpiai ir elgesio raida. Būtinos sąlygos: BIO 82, 83, 84, 86.
Tas pats kaip: BIO 258

BIO 16. Apsaugos istorijos pasakojimas: išankstinis BOSP Pietų Afrikos kursas. 1 vienetas.

Tik studentams, priimtiems į BOSP Pietų Afrikos seminarą užsienyje. Per 5 seminarų susitikimus studentai kurs ir pristatys istorijos idėjas, sudarys komandas, kuriose rašytojas ir fotografas susitars bendradarbiauti kuriant istoriją ir atliks fono tyrimą prieš išvykdami į Pietų Afriką.

BIO 160. Raidos biologija. 4 vienetai.

Šis kursas apims molekulinius mechanizmus, kuriais grindžiamas įvairių ląstelių tipų ir audinių generavimas embrioninio ir poembrioninio gyvūnų vystymosi metu. Temos apima ląstelių ir ląstelių komunikacijos vaidmenį kontroliuojant vystymosi sprendimus, didelių ląstelių grupių organizavimą ir modeliavimą per morfogenų signalus, atskirų ląstelių tipų specifikaciją ir kamieninių ląstelių vaidmenį vystymuisi. Kurse akcentuojama eksperimentinė vystymosi biologijos tyrimų logika ir metodai, taip pat aptariami moksliniai darbai.

BIO 161. Organizmo biologijos laboratorija. 4 vienetai.

Ši laboratorija yra tikras mokslinių tyrimų patirties kursas, kuriame studentai prisideda prie originalių tyrimų organizmo biologijos srityje. Šiais metais kursas bus sutelktas į nuodingų varliagyvių cheminės apsaugos fiziologiją per tris modulius. Pirmajame modulyje, kuriame daugiausia dėmesio skiriama chemijai, studentai dirbs su metabolomikos duomenimis, kad interpretuotų ir vizualizuotų cheminius nuodingų varlių gynybos parašus. Antrajame fiziologijos modulyje studentai mokysis analizuoti genų ekspresijos skirtumus įvairiuose audiniuose iš RNR sekos nustatymo duomenų. Trečiajame modulyje, kuriame pagrindinis dėmesys skiriamas ekologijai, studentai išmoks analizuoti gyvūnų mitybą ir pašarų ieškojimo strategijas naudodami metabarkodavimą. Galiausiai, studentai integruos šiuos duomenų rinkinius, kad pažvelgtų į organizmo cheminę apsaugą. Studentai bendradarbiaus analizuodami duomenis ir išmoks aiškiai perteikti savo išvadas žodžiu ir raštu.

BIO 162. Audinių regeneracijos mechanizmai. 3 vienetai.

Daugelis organizmų turi nepaprastą gebėjimą atstatyti ir atkurti pažeistus organus ir audinius. Šio kurso metu bus tiriami ląstelių ir vystymosi mechanizmai, naudojami regeneracijai pasiekti. Studentai sužinos apie pagrindinius vystymosi ir ląstelių mechanizmus, kuriais grindžiamas pirminis organų susidarymas normalaus vystymosi metu, ir kaip šie mechanizmai keičiasi regeneracinio proceso metu. Kurse taip pat bus svarstoma, kaip mūsų besiplečiančios žinios apie regeneracijos mechanizmus galėtų būti panaudotos skatinant mediciniškai naudingą žmonių regeneraciją. Kursas apima išsamų pirminės literatūros skaitymą ir analizę. Būtinos sąlygos: BIO 86 ir BIO160 arba instruktoriaus sutikimu.

BIO 168. Kamieninių ląstelių biologijos tyrinėjimai. 3 vienetai.

Diskusijomis pagrįstas kursas pažengusiems bakalaurams. Šio kurso tikslas – supažindinti studentus su pagrindinėmis kamieninių ląstelių biologijos temomis ir ugdyti tvirtus mokslinio rašymo įgūdžius. Apžvelgsime ir aptarsime kai kurias orientyras ir dabartinę pirminę literatūrą kamieninių ląstelių srityje. Temos apims embrionines ir suaugusiųjų kamienines ląsteles, ląstelių perprogramavimą ir kamienines ląsteles ligų ir regeneracinės medicinos srityse. Studentai pateiks dabartinį tiriamąjį darbą pasirinktos kamieninių ląstelių temos srityje ir pateiks naują tyrimo pasiūlymą. Būtinos sąlygos: Biologija arba Žmogaus biologija branduolys arba BIO 82, 83, 86. Tenkina biologijos WIM.

BIO 16N. Salos ekologija. 3 vienetai.

Pirmenybė pirmakursiams. Kaip ekologai galvoja apie pasaulį. Daugiausia dėmesio skiriama Havajų saloms: kilmei, geologijai, klimatui, floros ir faunos raidai ir ekologijai bei ekosistemoms. Nykstančių ir nykstančių rūšių koncentracijos Havajuose priežastys, jų apsaugos ir atkūrimo moksliniai pagrindai. Kaip žinios apie salų ekosistemas gali prisidėti prie ekologijos ir išsaugojimo biologijos žemynuose.

BIO 171. Ląstelių ciklo valdymo principai. 3 vienetai.

Pagrindinių reguliavimo grandinių, reguliuojančių ląstelių dalijimosi kontrolę, genetinė analizė. Pagrindinių principų, kuriuos galima apibendrinti su kitomis sintetinėmis ir natūraliomis biologinėmis grandinėmis, iliustracija. Dėmesys stebimiems modeliams organizmams augimo kontrolė negrįžtami biocheminiai jungikliai chromosomų dubliavimas mitozė DNR pažeidimo kontroliniai taškai MAPK kelio ir ląstelių ciklo sąsajos onkogenezė. Klasikinės ir dabartinės pirminės literatūros analizė.
Tas pats kaip: BIO 271, CSB 271

BIO 172. Ekologinė dinamika: teorija ir taikymas. 4 vienetai.

Struktūriniai populiacijos modeliai su amžiumi ir fenotipiniais pokyčiais. Integraliniai populiacijos modeliai, modelių pritaikymas ir dinamika. Fitnesas ir dinaminis nevienalytiškumas. Pavyzdžiai iš natūralių populiacijų (avių, stirnų, augalų, paukščių). Absolventai bus atsakingi už papildomus problemų rinkinius. Būtinos sąlygos: skaičiavimas ir tiesinė algebra.
Tas pats kaip: BIO 272

BIO 173. Cheminė biologija. 3 vienetai.

Cheminė biologija yra integruota disciplina, kuria siekiama pritaikyti chemines priemones ir metodus biologijai suprasti. Šis kursas supažindins studentus su įvairiais metodais ir metodais, naudojamais šioje srityje, daugiausia dėmesio skiriant natūralių produktų ir sintetinių mažų molekulių, kaip biologinės funkcijos zondų, naudojimui. Konkretūs pavyzdžiai bus naudojami iliustruojant cheminės biologijos sąsajas su molekuline, ląstelių ir vystymosi biologija. Bus išsamiai nagrinėjama ligos ir vaistų atradimo sąveika. Būtinos sąlygos: BIO 83 ir BIO 82 ir/arba BIO 84.

BIO 174. Žmogaus skeleto anatomija. 5 vienetai.

Žmogaus skeleto (dar žinomo kaip žmogaus osteologijos) tyrimas, kaip jis susijęs su kitomis disciplinomis, įskaitant mediciną, teismo ekspertizę, archeologiją ir paleoantropologiją (žmogaus evoliuciją). Pagrindinė kaulų biologija, anatomija ir vystymasis, pabrėžiantis praktinį žmogaus skeleto dalių tyrimą ir identifikavimą, jų reikšmę nustatant individo amžių, lytį, geografinę kilmę ir sveikatos būklę bei mūsų rūšies evoliucijos istoriją. Trys valandos paskaitų ir ne mažiau kaip trys valandos prižiūrimų ir nepriklausomų studijų laboratorijoje kiekvieną savaitę.
Tas pats kaip: ANTHRO 175, ANTHRO 275, BIO 274, HUMBIO 180

BIO 175. Kolektyvinis elgesys ir paskirstytas intelektas. 3 vienetai.

Šiame kurse bus nagrinėjamos studentų mokslinių tyrimų projektų galimybės, pagrįstos fakulteto tyrimų pristatymais. Apimsime platų temų spektrą bendroje kolektyvinio elgesio srityje – tiek natūralaus, tiek dirbtinio. Studentai, remdamiesi fakulteto pristatymais, rengs pasiūlymus dėl būsimų projektų.
Tas pats kaip: SYMSYS 275

BIO 176. Gyvūnų kūno plano evoliucijos raidos pagrindai. 4 vienetai.

Gyvūnai yra sugrupuoti į grupes su apibrėžtomis organizacinėmis savybėmis, tokiomis kaip daugialąsteliškumas, ašių organizacija ir nervų sistemos organizacija, taip pat morfologinės naujovės, tokios kaip akys, galūnės ir segmentai. Šiame kurse nagrinėjama gyvūnų naujovių raida ir molekulinė kilmė. Siūlomi pakaitiniai metai. Būtinos sąlygos: nėra.
Tas pats kaip: BIO 276

BIO 177. Augalų mikrobų sąveika. 3 vienetai.

Augalų simbiozės ir patogenezės molekulinis pagrindas. Temos apima atpažinimo ir signalizacijos tarp mikrobų ir augalų šeimininkų mechanizmus su tokiais pavyzdžiais kaip mažų molekulių, išskiriamų peptidų ir signalo perdavimo takų vaidmuo simbiotinėse ar patogeninėse sąveikose. Skaitiniai apima svarbius straipsnius kartu su šiuolaikinės literatūros skaitymais. Būtinos sąlygos: Biologijos pagrindų ir dviejų ar daugiau aukštesniųjų genetikos, molekulinės biologijos ar biochemijos kursų. Rekomenduojama: augalų genetika arba augalų biochemija.
Tas pats kaip: BIO 277

BIO 178. Mikrobiologijos literatūra. 3 vienetai.

Pažengusiems bakalauro ir pirmo kurso magistrantams. Kritinis mokslinės literatūros skaitymas prokariotų genetikos ir molekulinės biologijos srityse, ypač taikant pagrindinius žmogaus patogenus. Klasikiniai ir pagrindiniai patogenezės, genetikos ir molekulinės biologijos dokumentai, naujausia literatūra apie bakterinius patogenus, tokius kaip Salmonella, Vibrio ir (arba) Yersinia. Įvairūs eksperimentiniai metodai: biochemija, genomika, patogenezė ir ląstelių biologija. Būtinos sąlygos: deklaruoti biologijos specialybės studentai turi būti išklausę BIO 82 (Genetika) ir BIO 83 (Biochemija). Studentai priimami tik į biologijos specialybes jaunesniame ar vyresniame kurse. Bendralaikis arba daktaro laipsnis. Pagrindinių gyvybės mokslų katedrų, tokių kaip biologija, bioinžinerija ir genetika, studentai taip pat gali stoti į BIO 278. Pateikite paraišką adresu https://forms.gle/4NTtcBdWYMqRFvGc9.
Tas pats kaip: BIO 278

BIO 179. Integruotas ekosistemų paslaugų vertinimas ir kompromisai. 1-3 vnt.

Šis kursas nagrinėja gamtos vertinimo mokslą per du susipynusius kelius. Vienas iš jų yra biofizinis, orientuotas į žmogaus priklausomybę ir poveikį Žemės gyvybės palaikymo sistemoms. Gerai tvarkomos žemės, vandenys ir biologinė įvairovė suteikia gyvybiškai svarbios naudos, kuri palaiko ir išpildo žmogaus gyvenimą. Laukinė bitė dūzgia per ūkį, apdulkindama daržoves. Netoliese esančios šlapynės pašalina chemikalus iš ūkių nuotėkio, apsaugodamos geriamojo vandens šaltinį. Miesto pakraščio parkuose vaikai žaidžia, o suaugusieji vaikšto ir kalbasi, o jų buvimas gamtoje skatina fizinį aktyvumą ir gerina psichinę sveikatą. Medžiai padeda palaikyti palankų klimatą vietiniu ir pasauliniu mastu. Sukursime sistemą ir praktines priemones, kaip kiekybiškai įvertinti šį gamtos teikiamos naudos žmonėms srautą. Antrasis kelias yra socialinis, ekonominis ir filosofinis, apimantis gerovės, žmogaus vystymosi ir išsaugojimo sampratas bei jų etiką ir poveikį. siekimas. Žvelgsime atgal, į ateitį ir į vidų, žiūrėsime globaliai ir atsižvelgdami į įvairias kultūrines perspektyvas. Mūsų diskusijos vyks atsižvelgiant į COVID-19 pandemiją, judėjimus už rasinį teisingumą ir socialinį bei ekonominį lygybę ir pastangas sudaryti sąlygas žmonėms ir gamtai klestėti miestuose ir šalyse visame pasaulyje. nVisas mokslas, kurį tyrinėsime, yra skirtas sprendimams . Pasinersime į realaus pasaulio pavyzdžius, kad pamatytume, kaip mokslas gali informuoti, kodėl, kur, kaip ir kiek žmonėms reikia gamtos. Išmoksime INVEST įrankių (skirto integruotam ekosistemų paslaugų vertinimui ir kompromisams) pagrindus, kad galėtume kiekybiškai įvertinti gamtos teikiamą naudą, teisingą prieigą prie šių privalumų ir politikos, finansų, valdymo ir praktikos transformaciją, kad ją išlaikytume ir sustiprintume. . nKursas skirtas įvairiems, pažengusiems studentams, domisi moksliniais tyrimais ir perėjimu nuo mokslo prie veiksmų teisingesnio ir tvaresnio pasaulio labui. Instruktoriai siekia suteikti malonią ir produktyvią galimybę bendrauti nuotoliniu būdu ir kartu su didele širdimi, taip pat intelektualiniu polėkiu ir atsidavimu, suteikdami empatijos, lankstumo ir, tikiuosi, šiek tiek humoro į kasdienius iššūkius, su kuriais susiduriame skirtingai. sunkūs būdai. Būtina sąlyga: būtini pagrindiniai ir vidutiniai GIS (geografinių informacinių sistemų) įgūdžiai. Mes padėsime tai padaryti, bet ne mokysime GIS konkrečiai pamokose. Pagrindiniai įgūdžiai apima, pavyzdžiui: darbą su rastriniais, vektoriniais ir lentelių duomenimis įkelti rastrus, shapefailus ir lenteles į GIS pakeisti rastrų ir shape failų simboliką pasirinktoje GIS redaguoti rastro ir shapefile atributų lenteles suprasti koordinačių sistemas ir kaip iš naujo projektų sluoksniai žiūri į atskiras rastrinių langelių reikšmes ir atlieka pagrindinę rastrinę matematiką.
Tas pats kaip: BIO 279

BIO 180. Mikrobų fiziologija. 3 vienetai.

Įvadas į mikrobų fiziologiją, įskaitant ląstelių struktūrą, transkripciją ir transliaciją, augimą ir metabolizmą, atsparumo stresui mechanizmus ir mikrobų bendruomenių formavimąsi. Šios temos bus nagrinėjamos, susijusios su ankstyvosios gyvybės Žemėje raida, senovės ekosistemomis ir uolienų įrašų interpretacija. Rekomenduojama: įvadinė biologija ir chemija.
Tas pats kaip: EARTHSYS 255, ESS 255, GEOLSCI 233A

BIO 182. Kultūros evoliucijos modeliavimas. 3 vienetai.

Seminaras. Socialiai perduodamų savybių evoliucijos kiekybiniai modeliai. Išmoktų populiacijų bruožų ir kultūrinės įvairovės modelių kitimo tempai, kaip naujovių ir kultūros perdavimo funkcija. Mokymasis nuolatinėje ir kintančioje aplinkoje. Galimi genų kultūros koevoliucijos būdai.
Tas pats kaip: BIO 282

BIO 183. Teorinė populiacijos genetika. 3 vienetai.

Populiacijos genetikos ir evoliucijos modeliai. Atranka, atsitiktinis dreifas, genų ryšys, migracija ir giminingumas bei jų įtaka genų dažnių ir chromosomų struktūros raidai. Modeliai yra susiję su DNR sekos evoliucija. Būtinos sąlygos: skaičiavimas ir tiesinė algebra arba instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: BIO 283

BIO 187. Matematinė populiacijos biologija. 3 vienetai.

Matematiniai modeliai populiacijos biologijoje, biologinėse srityse, įskaitant demografiją, ekologiją, epidemiologiją, evoliuciją ir genetiką. Matematiniai metodai apima metodus tokiose srityse kaip kombinatorika, diferencialinės lygtys, dinaminės sistemos, tiesinė algebra, tikimybės ir stochastiniai procesai. Reikalinga Math 50 arba 60 serija, iš kurių primygtinai rekomenduojamos bent dvi (BIO 81, BIO 82, BIO 85).
Tas pats kaip: CME 187

BIO 193. Tarpdisciplininiai žmogaus sveikatos tyrimų požiūriai. 1 vienetas.

Bakalauro studijų studentams, dalyvaujantiems Stanfordo ChEM-H bakalauro mokslininkų programoje. Šis kursas supažindins studentus su tarpdisciplininiais tyrimų klausimais ir metodais, apimančiais chemiją, inžineriją, biologiją ir mediciną. Pagrindinis dėmesys skiriamas mokslinio skaitymo, rašymo ir pristatymo įgūdžių, skirtų papildyti praktinius laboratorinius tyrimus, kūrimui ir praktikai. Studentai skaitys mokslinius straipsnius, rašys tyrimų pasiūlymus, kurs plakatus, skaitys pranešimus.
Tas pats kaip: BIOE 193, CHEM 193, CHEMENG 193

BIO 196A. Biologija Vyresnysis atspindys. 3 vienetai.

Capstone kursų serija senjorams. Kūrybiški, savirefleksiniai ir moksliškai svarbūs projektai, sukurti, sukurti ir eksponuoti per tris ketvirčius. Tyrinėkite asmeniškai dominantį mokslinį turinį pasitelkdami kūrybines formas, įskaitant, bet neapsiribojant, rašymą, muziką, vaizduojamąjį meną, scenos meną, fotografiją, filmus ar naująsias medijas. Kūrybinį darbą lydės raštas apie kūrybos procesą ir pasirinktos temos mokslinę reikšmę. Užbaigti projektai gali būti įtraukti į kūrybinį portfelį. Būtina užsiregistruoti 196A,B,C. Tenkina WIM biologijoje. Gali būti kartojamas dėl kredito.

BIO 196B. Biologija Vyresnysis atspindys. 3 vienetai.

Capstone kursų serija senjorams. Kūrybiški, savirefleksiniai ir moksliškai svarbūs projektai, sukurti, sukurti ir eksponuoti per tris ketvirčius. Tyrinėkite asmeniškai dominantį mokslinį turinį pasitelkdami kūrybines formas, įskaitant, bet neapsiribojant, rašymą, muziką, vaizduojamąjį meną, scenos meną, fotografiją, filmus ar naująsias medijas. Kūrybinį darbą lydės raštas apie kūrybos procesą ir pasirinktos temos mokslinę reikšmę. Užbaigti projektai gali būti įtraukti į kūrybinį portfelį. Būtina užsiregistruoti 196A,B,C. Gali būti kartojamas dėl kredito.

BIO 196C. Biologija Vyresnysis atspindys. 3 vienetai.

Capstone kursų serija senjorams. Kūrybiški, savirefleksiniai ir moksliškai svarbūs projektai, sukurti, sukurti ir eksponuoti per tris ketvirčius.Tyrinėkite asmeniškai dominantį mokslinį turinį pasitelkdami kūrybines formas, įskaitant, bet neapsiribojant, rašymą, muziką, vaizduojamąjį meną, scenos meną, fotografiją, filmus ar naująsias medijas. Kūrybinį darbą lydės raštas apie kūrybos procesą ir pasirinktos temos mokslinę reikšmę. Užbaigti projektai gali būti įtraukti į kūrybinį portfelį. Būtina užsiregistruoti 196A,B,C. Gali būti kartojamas dėl kredito.

BIO 198. Režisuotas skaitymas biologijoje. 1-15 vnt.

Individualiai organizuojamas prižiūrint fakulteto nariams.

BIO 198X. Režisuotas skaitymas už skyriaus ribų. 1-15 vnt.

Individualiai organizuojamas, prižiūrint fakulteto nariams. Kreditas už darbą, suderintą su ne katedros fakultetu, yra tik biologijos specialybės ir reikalauja katedros patvirtinimo. Informaciją ir peticijas rasite adresu https://biology.stanford.edu/academics/undergraduate-research/directed-reading. Gali būti kartojamas dėl kredito.

BIO 199. Pažangioji eksperimentinės biologijos tyrimų laboratorija. 1-15 vnt.

Individualūs tyrimai atliekami susitarus su katedros instruktoriais. Žr. http://biohonors.stanford.edu, jei norite gauti informacijos apie tyrimų rėmėjus, padalinius ir kreditus vasaros tyrimams. Gali būti kartojamas dėl kredito.

BIO 199W. Senjorų diplominis darbas: kaip efektyviai rašyti apie mokslinius tyrimus. 3 vienetai.

Šios pamokos tikslas – mokyti studentus efektyvios mokslinės komunikacijos. Jis skirtas aptarnauti studentams, dirbantiems su vyresniųjų pagyrimų tyrimais, kad būtų lengviau užbaigti diplominį darbą. Bus aptariamos liftų aikštelės, baigiamojo darbo skyrių kūrimas ir tobulinimas, žodiniai pristatymai ir plakatai studentų individualių mokslinių tyrimų projektų kontekste. Dėmesys bus skiriamas įgūdžių kūrimui ir praktikavimui, norint 1) baigti disertaciją, plakatą ir pristatymus ir 2) įgyti konceptualų supratimą apie veiksmingą mokslinį rašymą ir komunikaciją, kuris bus taikomas plačiau. Atitinka WIM biologijos reikalavimą.

BIO 199X. Eksperimentinės biologijos pažangių tyrimų laboratorija už katedros ribų. 1-15 vnt.

Individualus tyrimas pagal susitarimą su ne katedros instruktoriais. 199X kreditas taikomas tik deklaruotoms biologijos specialybėms ir reikalingas skyriaus patvirtinimas. Žr. https://biology.stanford.edu/academics/undergraduate-research/research informacijos apie mokslinių tyrimų rėmėjus, padalinius, peticijas, terminus, vasaros tyrimų kreditus ir ne Stanfordo tyrimus. Gali būti kartojamas dėl kredito.

BIO 19S. Mokslas apie Covid-19. 4 vienetai.

Šis kursas skirtas padėti studentams pritaikyti žinias iš įvadinio vidurinės mokyklos biologijos kurso sprendžiant su Covid-19 susijusias problemas. Išnagrinėsime, kaip virusas SARS-CoV-2 atakuoja žmogaus organizmą, kaip reaguoja imuninė sistema, kaip veikia bandymai ir kaip ši informacija gali būti panaudota kuriant vaistus ir vakcinas, siekiant sustabdyti viruso plitimą. Žiniasklaidoje apie virusą buvo paskelbtas didžiulis mokslinių tyrimų straipsnių skaičius ir daugybė pretenzijų. Teiginius įvertinsime kritiškai ir išnagrinėsime pagrindinį mokslą skaitydami keletą pasirinktų straipsnių.

BIO 200. Pažangioji molekulinė biologija: epigenetika ir proteostazė. 5 vienetai.

Molekuliniai mechanizmai, valdantys eukariotų genomų replikaciją, rekombinaciją ir ekspresiją. Temos: DNR replikacija, DNR rekombinacija, genų transkripcija, RNR sujungimas, genų ekspresijos reguliavimas, baltymų sintezė ir baltymų lankstymas. Būtina sąlyga: Biology core arba BIO 83 (BIO 82 ir 86 yra labai rekomenduojami).
Tas pats kaip: BIO 104

BIO 202. Ekologinė statistika. 3 vienetai.

Šis kursas skirtas biologijos ir susijusių aplinkos mokslų magistrantams (ir pažengusiems bakalaurams ypatingomis aplinkybėmis, gavus dėstytojų sutikimą), tai įvadas į statistinius ekologinių duomenų analizės metodus, naudojant programavimo kalbą R. Kurso metu bus paskaitos, diskusijos, ir nepriklausomi mokslinių tyrimų projektai, naudojant pačių studentų duomenis arba imituotus ar viešai prieinamus duomenis.

BIO 203. ŽMOGAUS IR PLANETŲ SVEIKATA. 2 vienetai.

Du didžiausi iššūkiai, su kuriais susiduria žmonija – žmonių sveikatos stiprinimas ir aplinkos blogėjimo stabdymas – yra glaudžiai susiję. Besiformuojanti planetinės sveikatos sritis pripažįsta šiuos tarpusavio ryšius ir skatina kūrybiškus, tarpdisciplininius sprendimus, apsaugančius žmonių sveikatą ir ekosistemų, nuo kurių mes priklausome, sveikatą. Per keletą paskaitų ir atvejo tyrimo diskusijų studentai giliai supras planetinės sveikatos koncepciją, jos pagrindą, tikslus, prioritetines veiklos sritis, tyrimo metodus ir svarbiausius neatidėliotinus iššūkius.
Tas pats kaip: BIO 103

BIO 204. Neuroplastiškumas: nuo sinapsių iki elgesio. 3 vienetai.

Šiame kurse daugiausia dėmesio bus skiriama neuroplastiškumui iš plačios perspektyvos, nuo molekulinio ląstelių mechanizmo iki jo dalyvavimo elgesyje ir ligose. Dėmesys bus skiriamas: a) molekuliniams ir ląsteliniams mechanizmams, kuriais grindžiamos įvairios neuroplastiškumo formos; b) neuroplastiškumas smegenų vystymosi metu; c) suaugusiųjų smegenų neuroplastiškumas, susijęs su mokymusi ir atmintimi, ir d) netinkamai prisitaikantis neuroplastiškumas sergant neurodegeneracinėmis ligomis ir priklausomybe nuo narkotikų. Šis kursas skirtas doktorantūros studijoms. studentai tiek iš biologijos, tiek iš neuromokslų programų. Instruktoriaus sutikimu gali dalyvauti pažengusiems bakalauro laipsniams.

BIO 208. Ispanų kalba moksle/Science ispanų kalba. 2 vienetai.

Magistrantūros ir bakalauro studijų studentams, besidomintiems gamtos mokslais ir ispanų kalba. Studentai įgis gebėjimą bendrauti ispanų kalba vartodami mokslinę kalbą ir pagerins gebėjimą skaityti mokslinę literatūrą, parašytą ispanų kalba. Akcentas mokslo plėtrai ispaniškai kalbančiose šalyse ar regionuose. Kursas vyksta ispanų kalba ir yra skirtas studentams, siekiantiems mokslo laipsnių, ypač tokių disciplinų kaip ekologija, aplinkos mokslas, tvarumas, išteklių valdymas, antropologija ir archeologija.
Tas pats kaip: EARTHSYS 207, LATINAM 207

BIO 210. Chromatino reguliuojamas genomas. 3 vienetai.

Genomo palaikymas yra būtina gyvybės sąlyga. Eukariotuose visi DNR šabloniniai procesai yra glaudžiai susiję su chromatino struktūra ir funkcija. Šiame kurse bus nagrinėjamas epigenetinis ir chromatininis ląstelių procesų, susijusių su senėjimu, vėžiu, kamieninių ląstelių pluripotencija, metaboline homeostaze ir vystymusi, reguliavimas. Kurso medžiaga integruoja dabartinę literatūrą su pagrindine histonų modifikacijų ir nukleozomų sudėties apžvalga epigenetinio paveldėjimo, transkripcijos, replikacijos, ląstelių dalijimosi ir DNR pažeidimo atsakuose. Būtina sąlyga: BIO 41 arba BIO 83 arba instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: BIO 110

BIO 211. Proteostazė: nuo pagrindinių principų iki senėjimo ir neurodegeneracijos. 3 vienetai.

Ląstelių baltymų homeostazės, dar vadinamos proteostaze, kontrolė tampa centriniu ląstelių procesu, kontroliuojančiu proteomo stabilumą, funkciją ir kokybės kontrolę, ir yra svarbiausias dalykas mūsų supratimui apie daugybę ligų. Proteostazės mechanizmas palaiko destabilizuotų ir mutantinių baltymų funkciją, padeda skaidyti pažeistus ir agreguotus baltymus ir stebi proteomo sveikatą, koreguodamas jį reaguodamas į aplinkos ar metabolinius įtempius. Proteostazės disfunkcija yra susijusi su ligomis, pradedant neurodegeneracija ir baigiant senėjimu.nŠis užsiėmimas supažindins studentus su įdomiais pažangiausiais atradimais šioje srityje per šios srities lyderių pristatymus ir aptariant pirminę literatūrą, iliustruojančią, kaip proteostazės supratimas gali būti panaudotas norint suprasti pagrindinius biologinius procesus. , pavyzdžiui, evoliucija ir senėjimas, ir palengvinti daugybę ligų.

BIO 214. Išplėstinė ląstelių biologija. 4 vienetai.

Už Ph.D. studentai. Mokoma iš dabartinės literatūros apie ląstelių struktūrą, funkciją ir dinamiką. Temos apima sudėtingus ląstelių reiškinius, tokius kaip ląstelių dalijimasis, apoptozė, signalizacija, skyrimas, transportavimas ir prekyba, judrumas ir adhezija bei diferenciacija. Kas savaitę einamųjų straipsnių iš pirminės literatūros skaitymas. Pažengusieji bakalauro studijų studentai gali dalyvauti kurso direktoriaus leidimu.
Tas pats kaip: BIOC 224, MCP 221

BIO 220. Prokariotų biologija – kiekybinis požiūris. 3 vienetai.

Kad galėtų gyventi, mikrobai turi sėkmingai koordinuoti įvairius ląstelių procesus, atsižvelgdami į turimus išteklius ir aplinkos sąlygas. Šiame kurse pristatoma kiekybinė pažanga siekiant suprasti šį koordinavimą ir jo pasekmes įvairiose skalėse: nuo molekulinės biologijos iki augimo iki populiacijos dinamikos ir ekologijos. Sausos laboratorijos sesijos papildo paskaitas, kuriose pristatomi skaičiavimo metodai. Bus pristatyti Python pagrindu sukurti analizės įrankiai. Būtina sąlyga: MATH 51 arba MATH 19, 20,21. Rekomenduojami: mikrobiologijos (pvz., BIO 62 arba 162) ir molekulinės biologijos/biochemijos/genetikos kursai (pvz., BIO 82 arba 83) ir pagrindinės žinios apie kodavimą.
Tas pats kaip: BIO 120

BIO 221. ORNITOLOGIJA. 3 vienetai.

Išplėstinė ornitologijos bakalauro apklausa, supažindinanti studentus su paukščių biologija ir suteikiant jiems įrankius paukščiams naudoti kaip pavyzdines tyrimų sistemas. Temos apims paukščių evoliuciją, fiziologiją, prisitaikymą, elgesį ir ekologiją. Visą dėmesį skirkite Kalifornijos paukščių identifikavimui ir pritaikymui dabartinėms paukščių apsaugos problemoms spręsti. Kursas apims paskaitas ir lauko komponentą, kuris supažindins studentus su standartiniais paukščių tyrimo metodais, tokiais kaip miglos tinklelis, juostelės ir taškų skaičiavimas. Būtina sąlyga: BIO 81 arba BIO 105 arba instruktoriaus patvirtinimas.
Tas pats kaip: BIO 121

BIO 222. Neuroninių grandinių tyrinėjimas. 3 vienetai.

Seminaras. Šiame kurse daugiausia dėmesio skiriama logikai, kaip neuroninės grandinės apdoroja informaciją ir valdo elgesį, taip pat kaip neuroninės grandinės surenkamos kūrimo metu ir modifikuojamos atsižvelgiant į patirtį. Daugiausia dėmesio skiriama pirminei literatūrai. Temos apima: neuronus, kaip informacijos apdorojimo įrenginius, paprastas ir sudėtingas grandines, kuriomis grindžiamas jutiminės informacijos apdorojimas, variklio valdymas ir pažinimo funkcija bei neuronų grandinių vystymasis ir plastiškumas. Pažengę bakalauro ir magistrantūros studentai, turintys fizinių mokslų, inžinerijos ir biologijos išsilavinimą, gali pateikti paraiškas. Registracija vyksta tik pateikus prašymą. Rekomenduojama: Neurologijos išsilavinimas.

BIO 223. Stochastinė ir netiesinė dinamika. 3 vienetai.

Teorinė dinaminių procesų analizė: dinaminės sistemos, stochastiniai procesai ir erdvėlaikinė dinamika. Biologijos ir fizikos motyvai ir pritaikymai. Pagrindinis dėmesys skiriamas metodams, įskaitant kokybinius metodus, asimptotiką ir kelių masto analizę. Būtinos sąlygos: paprastosios ir dalinės diferencialinės lygtys, kompleksinė analizė ir tikimybių arba statistinė fizika.
Tas pats kaip: APPPHYS 223, BIOE 213, PHYSICS 223

BIO 226. Biofizikos įvadas. 3-4 vienetai.

Pagrindinis kursas, tinkamas pažengusiems bakalauro studijų studentams ir magistrantams, turintiems išankstinių skaičiavimo žinių ir koledžo fizikos kurso. Įvadas į tai, kaip fiziniai principai suteikia įžvalgų apie šiuolaikinę biologiją, atsižvelgiant į struktūrinę, dinaminę ir funkcinę biologinių sistemų organizaciją. Temos apima laisvosios energijos, difuzijos, elektrovaros jėgų, nepusiausvyros dinamikos ir informacijos vaidmenis pagrindiniuose biologiniuose procesuose.
Tas pats kaip: APPPHYS 205, BIO 126

BIO 227. Bendruomenės ekologijos pagrindai. 3 vienetai.

Klasikinių straipsnių bendruomenės ekologijos srityje (Forbes, Clements, Gleason, Grinnell, Lindeman, Preston, Elton, Hutchinson, May, MacArthur, Odum, Connell, Paine, Tilman ir kt.) ir šiuolaikinių straipsnių susijusiomis temomis, siekiant plėtoti istorines perspektyvas, aptarimas. suprasti dabartines problemas ir nustatyti ateities kryptis. Būtina sąlyga bakalauro studijoms: instruktoriaus sutikimas.

BIO 228. Sausumos ekosistemų evoliucija. 4 vienetai.

Kas, kada, kur ir kaip mes tai žinome apie gyvenimą sausumoje laikui bėgant. Aprašyti iškastiniai augalai, grybai, bestuburiai ir stuburiniai gyvūnai (taip, dinozaurai), įskaitant tai, kaip visi šie komponentai sąveikauja tarpusavyje ir su besikeičiančiu klimatu, žemynų dreifu, atmosferos sudėtimi ir aplinkos sutrikimais, tokiais kaip apledėjimas ir masinis išnykimas. Kursas apima tiek paskaitų, tiek laboratorijos komponentus. Tikimasi, kad 200 lygiu užsiregistravę absolventai parašys kursinį darbą, tačiau prireikus gali atsisakyti kai kurių laboratorijų.
Tas pats kaip: BIO 148, EARTHSYS 128, GEOLSCI 128, GEOLSCI 228

BIO 229. Augalų biologijos pagrindai ir ribos. 3 vienetai.

Šis kursas bus skirtas visų lygių absolventams, bendrakursiams ir aukštesnio lygio bakalaurams, norintiems sužinoti apie pagrindinius augalų biologijos aspektus, naujausius įrankių, metodų ir teorijų pasiekimus, siejančius pagrindinį mokslą su vertimo mokslu. ir taikomosios programos sprendžiant pagrindinius šiandienos ir rytojaus visuomenės iššūkius. Be to, šis kursas padės supažindinti su augalų tyrimais universiteto miestelyje ir padėti sutvirtinti augalų biologija besidominčių studentų grupę.
Tas pats kaip: BIO 129

BIO 231. Struktūrinių lygčių modeliavimas ekologams. 1 vienetas.

Daugiausia dėmesio skirsime mokymuisi naudoti struktūrinių lygčių modeliavimą (SEM) kaip ekologinių išvadų metodą. Klasėje bus trumpos paskaitos, popierinės diskusijos ir SEM kodavimo seminarai R. Susitikimai paprastai truks tik 60 minučių.

BIO 232. Išplėstinė biofizikos vaizdų laboratorija. 4 vienetai.

Laboratorija ir paskaitos. Pažangi mikroskopija ir vaizdavimas, pabrėžiantis praktinę patirtį naudojant naujausius metodus. Studentai konstruoja ir valdo darbo aparatus. Temos apima mikroskopo optiką, Koehlerio apšvietimą, kontrastą generuojančius mechanizmus (ryškus/tamsus laukas, fluorescencija, fazių kontrastas, diferencinių trukdžių kontrastas) ir skiriamosios gebos ribas. Laboratorijos temos skiriasi kiekvienais metais, tačiau apima vienos molekulės fluorescenciją, fluorescencijos rezonanso energijos perdavimą, konfokalinę mikroskopiją, dviejų fotonų mikroskopiją, mikroendoskopiją ir optinį gaudymą. Registracija ribota. Rekomenduojama: fizikos pagrindai, pagrindinė ląstelių biologija ir instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: APPPHYS 232, BIO 132, BIOPHYS 232, GENE 232

BIO 234. Apsaugos biologija: Lotynų Amerikos perspektyva. 3 vienetai.

Biologinės įvairovės išsaugojimo mokslo principai ir taikymas. Konceptualiai šis kursas skirtas ištirti pagrindinius komponentus, susijusius su biologinės įvairovės išsaugojimu, kaip pavyzdys yra Lotynų Amerikos regionas. Tačiau konceptualios sistemos ir principai turėtų būti visuotinai taikomi ir suteikti įžvalgų visiems pasaulio regionams. Tikimasi, kad visi studentai atliks literatūros tyrinėjimo užduotį, po kurios bus parengtas rašytinis pranešimas, kuriame bus nagrinėjama jų pasirinkta tema, kilusi iš bet kurios klasėje aptartų temų. Būtina sąlyga: BIO 101 arba BIO 43 arba HUMBIO 2A arba BIO 81 ir 84 arba instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: BIO 144, HUMBIO 112

BIO 235. Neuroetologija. 3 vienetai.

Neuroetologija yra gyvūnų elgesio nervinių pagrindų tyrimas. Ištirsime įvairių organizmų natūralaus elgesio neuroninius mechanizmus. Temos apima molekulinius nervų sistemos veikimo mechanizmus, plėšrūnų ir grobio sąveiką, socialinį elgesį ir kitus sudėtingus elgesio būdus, tokius kaip mokymasis ir atmintis, navigacija ir bendravimas. Vertinimas apima grupinius žodinius mokslinių straipsnių pristatymus, kassavaitinius namų darbus, kurie veda į mini dotacijos pasiūlymą, mokslinį rašymą ir bendravimą su platesne visuomene neuroetologine tema. Būtinos sąlygos: BIO 84.
Tas pats kaip: BIO 135

BIO 236. Makroevoliucija. 3 vienetai.

Kursas bus skirtas gyvūnų makroevoliucijai. Ištirsime, kaip paleobiologija ir vystymosi biologija / genomika prisidėjo prie mūsų supratimo apie gyvūnų kilmę ir kaip evoliucijos ir išnykimo modeliai suformavo gyvūnų formų įvairovę, kurią stebime šiandien.
Tas pats kaip: BIO 136, GEOLSCI 136, GEOLSCI 236

BIO 238. Ekosistemų paslaugos: gamtos vertinimo mokslo ribos. 3 vienetai.

Šiame kurse nagrinėjamas gamtos vertinimo mokslas, pradedant jos istorine kilme, o vėliau daugiausia dėmesio skiriant jos naujausiam vystymuisi ir sienoms. Pagrindinis kurso tikslas yra sudaryti sąlygas naujiems tyrimams ir realaus pasaulio InVEST (integruoto ekosistemų paslaugų vertinimo ir kompromisų) įrankių ir metodų taikymui. Aptarsime žmonių ir gamtos sąsajas bei pagrindines mokslinių tyrimų sritis, pavyzdžiui, biologinės įvairovės, atsparumo, žmonių sveikatos, skurdo mažinimo ir tvaraus vystymosi srityse. Mokslas, kurį tyrinėsime, tarnauja sprendimams, ir mes naudosime pavyzdžius iš realaus gyvenimo, kad parodytume, kodėl šis mokslas yra toks svarbus informuojant, kodėl, kur, kaip ir kiek žmonėms reikia gamtos. Būtina sąlyga. Reikalingi pagrindiniai ir vidutiniai GIS įgūdžiai (įskaitant darbą su rastriniais, vektoriniais ir lentelės duomenimis įkeliant ir redaguojant rastrus, formų failus ir lenteles į GIS, suprasti koordinačių sistemas ir atlikti pagrindinę rastrinę matematiką).
Tas pats kaip: BIO 138, EARTHSYS 139, EARTHSYS 239

BIO 239. Paslėpta karalystė – grybų evoliucija, ekologija ir įvairovė. 4 vienetai.

Grybai yra svarbūs, tačiau dažnai paslėpti biosferos komponentai. Jie reguliuoja skilimą, yra pagrindiniai augalų simbiozės partneriai ir daro didelę įtaką žemės ūkiui ir ekonomikai. Studentai tyrinės žavų grybų biologijos, ekologijos ir evoliucijos pasaulį per paskaitas, laboratorijas, lauko pratybas ir šeštadienio išvykas, kurios suteiks tradicinės ir molekulinės patirties renkant, analizuojant ir pramoniniu būdu naudojant įvairius grybus. Mokiniai pasirinks aplinkos nišą, rinks ir atpažins gyvenančius grybus ir iškels hipotezes apie savo bendruomenės santykius. Būtina sąlyga: BIO 81, 85 rekomenduojama.
Tas pats kaip: BIO 115

BIO 240. Ekosistemų ekologija ir biogeochemija. 3 vienetai.

Įvadas į ekosistemų ekologiją ir sausumos biogeochemiją. Šiame kurse daugiausia dėmesio bus skiriama anglies ir kitų biologiškai esminių Žemės sistemos elementų dinamikai, erdviniu mastu nuo vietos iki pasaulinio. Būtinos sąlygos: Biologija 117, Žemės sistemos 111 arba absolventas stovint.
Tas pats kaip: BIO 147, EARTHSYS 147, EARTHSYS 247

BIO 244. Molekulinės evoliucijos pagrindai. 4 vienetai.

Pagrindinių molekulinių evoliucijos procesų išvados iš DNR ir baltymų sekų. Temos apima atsitiktinį genetinį dreifą, susiliejančius modelius, natūralios atrankos efektus ir testus, kombinuotus ryšio ir natūralios atrankos efektus, kodono šališkumą ir genomo evoliuciją. Būtinos sąlygos: Biologijos branduolys arba BIO 82, 85 arba absolventas, stovintis bet kuriame skyriuje, ir instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: BIO 113

BIO 245. Gyvūnų elgesio ekologija ir evoliucija. 3 vienetai.

Ekologinės ir evoliucinės gyvūnų elgesio perspektyvos, pabrėžiant socialinį ir kolektyvinį elgesį. Tai projektinis kursas paskaitos/seminaro formatu. Seminarai bus paremti žurnalų straipsnių aptarimu. Nepriklausomi tyrimų projektai apie gyvūnų elgesį miestelyje. Būtinos sąlygos: Biologija arba Žmogaus biologija branduolys arba BIO 81 ir 85 arba instruktoriaus sutikimas Biologija/ES 30. Rekomenduojama: statistika.
Tas pats kaip: BIO 145

BIO 247. Genominiai žmogaus ligų tyrimo metodai. 3 vienetai.

Šis kursas apims įvairius genetinius ir genominius metodus tiriant žmogaus fenotipinius pokyčius ir ligas. Aptarsime Mendelio ir sudėtingų ligų genetinį pagrindą, taip pat klinikinius pritaikymus, įskaitant prenatalinius tyrimus, vaikų ir vėžio diagnostiką. Kursas apims paskaitas, taip pat kritinį pirminės literatūros skaitymą ir aptarimą. Būtina sąlyga: BIO 82 arba lygiavertis. Atvira pažengusiems bakalauro studijų studentams.
Tas pats kaip: GENE 247

BIO 249. Miego neurobiologija. 4 vienetai.

Smegenų veiklos ir sąmoningo suvokimo pokyčių, susijusių su miego / pabudimo būsenos pokyčiais, neurochemija ir neurofiziologija. Elgesio ir neurobiologiniai reiškiniai, įskaitant miego reguliavimą, miego homeostazę, cirkadinius ritmus, miego sutrikimus, miego funkciją ir miego molekulinę biologiją. nnPirmenybė senjorams ir magistrantams. nn Registracija ribota iki 16.
Tas pats kaip: BIO 149, HUMBIO 161, PSYC 149, PSYC 261

BIO 24N. Rojaus vizijos: sodo dizainas. 3 vienetai.

Skaitydami literatūrą ir išvykdami į vietinius sodus išmokite klasikinio sodo dizaino principų ir estetikos: italų renesanso, botanikos mokymo, japonų, anglų kotedžo ir kitų. Sukurkite asmeninę rojaus viziją su išsamia informacija apie rūšis, vizualinį ir kvapų poveikį, vandens savybes ir kraštovaizdį. Atverkite akis naujam augalų pasaulio vertinimui ir išmokite fiziologijos bei genetikos, paaiškinančios specifines atskirų rūšių savybes.

BIO 251. Kiekybinė evoliucinė dinamika ir genomika. 3 vienetai.

Genomikos revoliucija paskatino atnaujintą postūmį modeliuoti evoliucijos procesus kiekybiniu požiūriu. Šis kursas suteiks įvadą į kiekybinį evoliucinį modeliavimą per statistinės fizikos objektyvą. Temos bus įvairios – nuo ​​teorinės populiacijos genetikos pagrindų iki eksperimentinės laboratorinių mikrobų evoliucijos. Kursinis darbas apims pieštuko ir popieriaus matematikos mišinį, pagrindinių kompiuterinių modelių rašymą ir DNR sekos duomenų atsisiuntimą bei manipuliavimą iš paskelbtų duomenų rinkinių. Šis kursas skirtas aukštesnio lygio fizikos ir matematikos studentams, neturintiems biologijos išsilavinimo, taip pat biologijos studentams, kuriems patinka diferencialinės lygtys ir tikimybė.
Tas pats kaip: APPPHYS 237

BIO 254. Molekulinė ir ląstelių neurobiologija. 3-5 vienetai.

Absolventams. Apima paskaitas BIO 154. Ląsteliniai ir molekuliniai mechanizmai nervų sistemos organizacijoje ir funkcijose. Temos: neuronų grandinės laidai, sinapsių struktūra ir sinapsinis perdavimas, signalų perdavimas nervų sistemoje, jutimo sistemos, molekulinis elgesio pagrindas, įskaitant mokymąsi ir atmintį, neurologinių ligų molekulinė patogenezė.
Tas pats kaip: NBIO 254

BIO 255. Augalų ląstelių ir vystymosi biologija. 3 vienetai.

Šiame kurse sužinosime, kaip augalai statomi įvairiais organizaciniais masteliais nuo ląstelių, audinių, organų ir organų sistemų lygmens. Taip pat sužinosime apie eksperimentinius metodus, naudojamus tiriant augalus šiais skirtingais organizacijos lygmenimis ir kaip interpretuoti bei vertinti eksperimentus, kuriuose naudojami tokie metodai. Iš esmės svarbūs įgūdžiai, kurie bus ugdomi kurso metu, apima: pirmiausia literatūros vertinimą, žinių spragų nustatymą, tyrimo klausimų formulavimą ir naujų eksperimentinių strategijų kūrimą. Būtinos sąlygos: BIO 80 serija.
Tas pats kaip: BIO 155

BIO 258. Raidos neurobiologija. 4 vienetai.

Pažengusiems bakalauro ir bendrojo kurso studentams. Nervų sistemos vystymosi principai nuo molekulinės modeliavimo kontrolės, ląstelių-ląstelių sąveikos ir trofinių veiksnių iki nervų sistemų lygio ir patirties vaidmens įtakojant smegenų struktūrą ir funkciją. Temos: nervų indukcija ir ląstelių linijos modeliavimas, neurogenezė, neuronų migracija, aksonų takų nustatymas, sinapsių pašalinimas, veiklos vaidmuo, kritiniai laikotarpiai ir elgesio raida. Būtinos sąlygos: BIO 82, 83, 84, 86.
Tas pats kaip: BIO 158

BIO 25Q. Cistinė fibrozė: nuo medicininės galvosūkio iki tikslios medicinos sėkmės istorijos. 3 vienetai.

Kurso metu bus tiriama cistinė fibrozė (CF), labiausiai paplitusi mirtina genetinė liga JAV, kaip mokslinė ir medicinos priemonė. Skaitydami ir aptardami medicininę ir mokslinę literatūrą, spręsime tokius klausimus: kaip gyvenimo trukmė sergant CF pailgėjo nuo savaičių iki dešimtmečių, nesuvokiant ligos mechanizmo? Kodėl liga taip paplitusi? Ar yra vežėjo pranašumas? Ar CF yra viena liga ar fiziologinių pokyčių tęstinumas, ar kas yra liga? Kaip CF tyrimai padėjo atrasti pagrindinę daugelio kitų genetinių ligų priežastį? Kritiškai skaitydami mokslinę ir medicininę literatūrą, diskutuodami klasėje, išvykdami į gamtą ir susitikdami su genetikos konsultantais, slaugytojais, pacientais, gydytojais ir tyrėjais, sieksime gilaus šios ligos supratimo – nuo ​​biocheminio pagrindo iki dabartinių ginčų. patogeniniai mechanizmai, gydymo strategijos ir genetinių tyrimų etika bei ekonomika ir astronominių vaistų sąnaudos.

BIO 267. Neurodegeneracinės ligos molekuliniai mechanizmai. 4 vienetai.

Neurodegeneracinių sutrikimų, tokių kaip Alzheimerio ir Parkinsono liga, epidemija, kurią sukėlė senėjanti žmonių populiacija. Genetiniai, molekuliniai ir ląsteliniai mechanizmai. Klinikiniai aspektai per atvejo pristatymus.nnnŠi klasė yra atvira tiek magistrantūros, tiek bakalauro studijų studentams, tačiau tam reikia pakankamai žinių kolegijos lygio genetikos, ląstelių biologijos ir biochemijos srityse. Susidomėję studentai pirmiausia turi susisiekti su kurso vadovu.
Tas pats kaip: GENE 267, NENS 267

BIO 268. Statistiniai ir mašininio mokymosi metodai genomikai. 3 vienetai.

Įvadas į statistinius ir skaičiavimo metodus genomikai. Pavyzdinės temos apima: lūkesčių maksimizavimą, paslėptą Markovo modelį, Markovo grandinę Monte Karlą, ansamblinį mokymąsi, tikimybinius grafinius modelius, branduolio metodus ir kitas šiuolaikines mašininio mokymosi paradigmas. Loginiai pagrindai ir metodai, iliustruoti naudojant esamus įgyvendinimus, naudojamus populiacijos genetikos, ligų asociacijos ir funkcinės reguliavimo genomikos tyrimuose. Instrukcija apima paskaitas ir pirminės literatūros skaitymų aptarimą. Namų darbams ir projektams reikia įdiegti kai kuriuos algoritmus ir naudoti esamus įrankių rinkinius genominių duomenų rinkinių analizei.
Tas pats kaip: BIOMEDIN 245, CS 373, STATS 345

BIO 271. Ląstelių ciklo valdymo principai. 3 vienetai.

Pagrindinių reguliavimo grandinių, reguliuojančių ląstelių dalijimosi kontrolę, genetinė analizė. Pagrindinių principų, kuriuos galima apibendrinti su kitomis sintetinėmis ir natūraliomis biologinėmis grandinėmis, iliustracija. Dėmesys stebimiems modeliams organizmams augimo kontrolė negrįžtami biocheminiai jungikliai chromosomų dubliavimas mitozė DNR pažeidimo kontroliniai taškai MAPK kelio ir ląstelių ciklo sąsajos onkogenezė. Klasikinės ir dabartinės pirminės literatūros analizė.
Tas pats kaip: BIO 171, CSB 271

BIO 272. Ekologinė dinamika: teorija ir taikymai. 4 vienetai.

Struktūriniai populiacijos modeliai su amžiumi ir fenotipiniais pokyčiais. Integraliniai populiacijos modeliai, modelių pritaikymas ir dinamika. Fitnesas ir dinaminis nevienalytiškumas. Pavyzdžiai iš natūralių populiacijų (avių, stirnų, augalų, paukščių). Absolventai bus atsakingi už papildomus problemų rinkinius. Būtinos sąlygos: skaičiavimas ir tiesinė algebra.
Tas pats kaip: BIO 172

BIO 273A. Aplinkos mikrobiologija I. 3 vnt.

Mikrobiologijos ir biochemijos pagrindai. Biocheminiai ir biofiziniai biocheminių reakcijų principai, energetika ir energijos taupymo mechanizmai. Mikrobų katabolizmo įvairovė, organinių medžiagų srautas gamtoje: anglies ciklas ir biogeocheminiai ciklai. Bakterijų fiziologija, filogenezija ir mikrobų ekologija dirvožemyje ir jūros nuosėdose, bakterijų adhezija ir bioplėvelių susidarymas. Mikrobai skaidant teršalus. Būtinos sąlygos: CHEM 33, CHEM 121 (anksčiau CHEM 35) ir BIOSCI 83, CHEMENG 181 arba lygiaverčiai.
Tas pats kaip: CEE 274A, CHEMENG 174, CHEMENG 274

BIO 273B. Mikrobinės bioenergijos sistemos. 3 vienetai.

Įvadas į mikrobų metabolizmo kelius ir kelio logiką, ypatingą dėmesį skiriant mikrobų bioenergijos sistemoms. Pirmoje kurso dalyje pabrėžiami medžiagų apykaitos ir biocheminiai takų principai, o antroji dalis yra konkrečiau nukreipta į šių žinių panaudojimą esamoms sistemoms suprasti ir kurti naujoviškas mikrobų bioenergijos sistemas, skirtas biokurui, biorafinavimui ir aplinkosaugos reikmėms. Taip pat pabrėžiamas energijos nukreipimo ir ekvivalentų mažinimo poveikis organizmo tinkamumui ir ekologijai. Būtinos sąlygos: CHEMENG 174 arba 181 ir organinė chemija, arba lygiaverčiai.
Tas pats kaip: CEE 274B, CHEMENG 456

BIO 274. Žmogaus skeleto anatomija. 5 vienetai.

Žmogaus skeleto (dar žinomo kaip žmogaus osteologijos) tyrimas, kaip jis susijęs su kitomis disciplinomis, įskaitant mediciną, teismo ekspertizę, archeologiją ir paleoantropologiją (žmogaus evoliuciją). Pagrindinė kaulų biologija, anatomija ir vystymasis, pabrėžiantis praktinį žmogaus skeleto dalių tyrimą ir identifikavimą, jų reikšmę nustatant individo amžių, lytį, geografinę kilmę ir sveikatos būklę bei mūsų rūšies evoliucijos istoriją. Trys valandos paskaitų ir ne mažiau kaip trys valandos prižiūrimų ir nepriklausomų studijų laboratorijoje kiekvieną savaitę.
Tas pats kaip: ANTHRO 175, ANTHRO 275, BIO 174, HUMBIO 180

BIO 274S. Hopkinso mikrobiologijos kursas. 3-12 vnt.

(Anksčiau GES 274S.) Keturių savaičių, intensyvus. Molekulinių, fiziologinių, ekologinių, evoliucinių ir geocheminių procesų, kurie sudaro, sukelia ir palaiko mikrobų įvairovę, sąveika. Kaip išskirti pagrindinius mikroorganizmus, skatinančius jūrų biologinę ir geocheminę įvairovę, interpretuoti nuo kultūros nepriklausomą mikrobų rūšių molekulinį apibūdinimą ir numatyti priežastis bei pasekmes. Laboratorinis komponentas: kas sudaro fiziologinę ir metabolinę mikrobų įvairovę, kaip evoliuciniai ir ekologiniai procesai paįvairina atskiras ląsteles į fiziologiškai nevienalytes populiacijas ir individų, jų populiacijos ir kitų biologinių subjektų sąveikos principai dinamiškai kintančioje mikrobų ekosistemoje. Būtinos sąlygos: CEE 274A ir CEE 274B arba lygiaverčiai.
Tas pats kaip: BIOHOPK 274, CEE 274S, ESS 253S

BIO 276. Gyvūnų kūno plano evoliucijos raidos pagrindai. 4 vienetai.

Gyvūnai yra sugrupuoti į grupes su apibrėžtomis organizacinėmis savybėmis, tokiomis kaip daugialąsteliškumas, ašių organizacija ir nervų sistemos organizacija, taip pat morfologinės naujovės, tokios kaip akys, galūnės ir segmentai. Šiame kurse nagrinėjama gyvūnų naujovių raida ir molekulinė kilmė. Siūlomi pakaitiniai metai. Būtinos sąlygos: nėra.
Tas pats kaip: BIO 176

BIO 277. Augalų mikrobų sąveika. 3 vienetai.

Augalų simbiozės ir patogenezės molekulinis pagrindas. Temos apima atpažinimo ir signalizacijos tarp mikrobų ir augalų šeimininkų mechanizmus su tokiais pavyzdžiais kaip mažų molekulių, išskiriamų peptidų ir signalo perdavimo takų vaidmuo simbiotinėse ar patogeninėse sąveikose. Skaitiniai apima svarbius straipsnius kartu su šiuolaikinės literatūros skaitymais. Būtinos sąlygos: Biologijos pagrindų ir dviejų ar daugiau aukštesniųjų genetikos, molekulinės biologijos ar biochemijos kursų. Rekomenduojama: augalų genetika arba augalų biochemija.
Tas pats kaip: BIO 177

BIO 278. Mikrobiologijos literatūra. 3 vienetai.

Pažengusiems bakalauro ir pirmo kurso magistrantams. Kritinis mokslinės literatūros skaitymas prokariotų genetikos ir molekulinės biologijos srityse, ypač taikant pagrindinius žmogaus patogenus. Klasikiniai ir pagrindiniai patogenezės, genetikos ir molekulinės biologijos dokumentai, naujausia literatūra apie bakterinius patogenus, tokius kaip Salmonella, Vibrio ir (arba) Yersinia. Įvairūs eksperimentiniai metodai: biochemija, genomika, patogenezė ir ląstelių biologija. Būtinos sąlygos: deklaruoti biologijos specialybės studentai turi būti išklausę BIO 82 (Genetika) ir BIO 83 (Biochemija). Studentai priimami tik į biologijos specialybes jaunesniame ar vyresniame kurse. Bendralaikis arba daktaro laipsnis. Pagrindinių gyvybės mokslų katedrų, tokių kaip biologija, bioinžinerija ir genetika, studentai taip pat gali stoti į BIO 278. Pateikite paraišką adresu https://forms.gle/4NTtcBdWYMqRFvGc9.
Tas pats kaip: BIO 178

BIO 279. Integruotas ekosistemų paslaugų vertinimas ir kompromisai. 1-3 vnt.

Šis kursas nagrinėja gamtos vertinimo mokslą per du susipynusius kelius. Vienas iš jų yra biofizinis, orientuotas į žmogaus priklausomybę ir poveikį Žemės gyvybės palaikymo sistemoms. Gerai tvarkomos žemės, vandenys ir biologinė įvairovė suteikia gyvybiškai svarbios naudos, kuri palaiko ir išpildo žmogaus gyvenimą. Laukinė bitė dūzgia per ūkį, apdulkindama daržoves. Netoliese esančios šlapynės pašalina chemikalus iš ūkių nuotėkio, apsaugodamos geriamojo vandens šaltinį. Miesto pakraščio parkuose vaikai žaidžia, o suaugusieji vaikšto ir kalbasi, o jų buvimas gamtoje skatina fizinį aktyvumą ir gerina psichinę sveikatą. Medžiai padeda palaikyti palankų klimatą vietiniu ir pasauliniu mastu. Sukursime sistemą ir praktines priemones, kaip kiekybiškai įvertinti šį gamtos teikiamos naudos žmonėms srautą. Antrasis kelias yra socialinis, ekonominis ir filosofinis, apimantis gerovės, žmogaus vystymosi ir išsaugojimo sampratas bei jų etiką ir poveikį. siekimas. Žvelgsime atgal, į ateitį ir į vidų, žiūrėsime globaliai ir atsižvelgdami į įvairias kultūrines perspektyvas. Mūsų diskusijos vyks atsižvelgiant į COVID-19 pandemiją, judėjimus už rasinį teisingumą ir socialinį bei ekonominį lygybę ir pastangas sudaryti sąlygas žmonėms ir gamtai klestėti miestuose ir šalyse visame pasaulyje. nVisas mokslas, kurį tyrinėsime, yra skirtas sprendimams . Pasinersime į realaus pasaulio pavyzdžius, kad pamatytume, kaip mokslas gali informuoti, kodėl, kur, kaip ir kiek žmonėms reikia gamtos. Išmoksime INVEST įrankių (skirto integruotam ekosistemų paslaugų vertinimui ir kompromisams) pagrindus, kad galėtume kiekybiškai įvertinti gamtos teikiamą naudą, teisingą prieigą prie šių privalumų ir politikos, finansų, valdymo ir praktikos transformaciją, kad ją išlaikytume ir sustiprintume. . nKursas skirtas įvairiems, pažengusiems studentams, domisi moksliniais tyrimais ir perėjimu nuo mokslo prie veiksmų teisingesnio ir tvaresnio pasaulio labui. Instruktoriai siekia suteikti malonią ir produktyvią galimybę bendrauti nuotoliniu būdu ir kartu su didele širdimi, taip pat intelektualiniu polėkiu ir atsidavimu, suteikdami empatijos, lankstumo ir, tikiuosi, šiek tiek humoro į kasdienius iššūkius, su kuriais susiduriame skirtingai. sunkūs būdai. Būtina sąlyga: būtini pagrindiniai ir vidutiniai GIS (geografinių informacinių sistemų) įgūdžiai. Mes padėsime tai padaryti, bet ne mokysime GIS konkrečiai pamokose. Pagrindiniai įgūdžiai apima, pavyzdžiui: darbą su rastriniais, vektoriniais ir lentelių duomenimis įkelti rastrus, shapefailus ir lenteles į GIS pakeisti rastrų ir shape failų simboliką pasirinktoje GIS redaguoti rastro ir shapefile atributų lenteles suprasti koordinačių sistemas ir kaip iš naujo projektų sluoksniai žiūri į atskiras rastrinių langelių reikšmes ir atlieka pagrindinę rastrinę matematiką.
Tas pats kaip: BIO 179

BIO 27S. Evoliucija: nuo DNR iki dinozaurų. 3 vienetai.

Šis kursas sutelktas į pagrindinę evoliucijos idėją, kuri paveikia tokias skirtingas sritis kaip genetika ir paleontologija. Sužinosite apie evoliucinės minties istoriją, įskaitant Darvino idėją apie evoliuciją natūralios atrankos būdu, ir tyrinėsite mažus ir didelius evoliucijos laikotarpius. Temos apima populiacijos genetiką, genomiką, molekulinę evoliuciją, evoliucines jėgas, naujų rūšių formavimąsi, evoliucinius gyvenimo istorijos skirtumus ir evoliucijos įrodymus, įskaitant DNR ir iškastinių įrašų modelius.

BIO 282. Kultūros evoliucijos modeliavimas. 3 vienetai.

Seminaras. Socialiai perduodamų savybių evoliucijos kiekybiniai modeliai. Išmoktų populiacijų bruožų ir kultūrinės įvairovės modelių kitimo tempai, kaip naujovių ir kultūros perdavimo funkcija. Mokymasis nuolatinėje ir kintančioje aplinkoje. Galimi genų kultūros koevoliucijos būdai.
Tas pats kaip: BIO 182

BIO 283. Teorinė populiacijos genetika. 3 vienetai.

Populiacijos genetikos ir evoliucijos modeliai. Atranka, atsitiktinis dreifas, genų ryšys, migracija ir giminingumas bei jų įtaka genų dažnių ir chromosomų struktūros raidai. Modeliai yra susiję su DNR sekos evoliucija. Būtinos sąlygos: skaičiavimas ir tiesinė algebra arba instruktoriaus sutikimas.
Tas pats kaip: BIO 183

BIO 287A. Išplėstinės matematinės evoliucinės biologijos temos. 3 vienetai.

Tikslingas konkrečių matematinės evoliucinės biologijos temų nagrinėjimas. Kurso temos gali apimti: matematinės statistikos savybės, naudojamos žmonių populiacijos genetikoje, evoliucinių medžių matematika ir populiacijos genetikos bei filogenetikos sankirta.

BIO 28S. Molekulinė genetika ir biotechnologija. 3 vienetai.

Šis kursas apima molekulinės genetikos pagrindus, įskaitant genų veikimo principus, kaip reguliuojama genų ekspresija tiek prokariotuose, tiek eukariotuose ir kaip signalai perduodami iš ląstelių į toli esančias ląsteles. Taip pat išnagrinėsime pagrindinius biotechnologijų pasiekimus, įskaitant klonavimą, sekos nustatymą ir naujos kartos sekos nustatymą, ir aptarsime atvejų tyrimus, susijusius su vėžiu, Hantingtono liga ir kt.

BIO 290. Biologijos dėstymo praktika. 1-5 vnt.

Atvira aukštesniųjų skyrių bakalauro ir magistrantūros studentams. Praktinė, vadovaujama mokymo patirtis biologijos laboratorijoje ar paskaitų kursuose. Mokymai dažnai apima paskaitų lankymą, diskusijų skyrių inicijavimą ir planavimą bei pagalbą rengiant kurso medžiagą. Gali būti kartojamas įskaitai.nBūtina sąlyga: instruktoriaus sutikimas.

BIO 291. Pagrindinių eksperimentinių laboratorijų kūrimas ir mokymas. 1-2 vienetai.

Pagrindinių eksperimentinių laboratorijų kūrimas ir mokymas.Pasiruošimas dėstyti pagrindinius eksperimentinės laboratorijos kursus (45 ir 47). Daugiausia dėmesio skiriama laboratorijos, kalbėjimo ir rašymo įgūdžių lavinimui. Imta vienu metu mokant (dėl BIO 45) arba per praėjusį ketvirtį (dėstant BIO 47). Gali būti kartojamas dėl kredito. Susitikimų laikas TBD.

BIO 292. Mokymo programos praktinis mokymas. 1 vienetas.

Šis kursas reikalingas tarptautiniams studentams, kurie dalyvauja profesinėse stažuotėse organizacijose (pvz., mokslinių tyrimų institutuose, švietime, medicinoje, versle, politikoje), daugiausia dėmesio skiriantiems biologijos mokslams. Studentai bus mokomi darbo vietoje, vadovaujami patyrusių, vietoje dirbančių vadovų. Šis kursas atitinka mokymo programos praktinio mokymo (CPT) reikalavimus studentams, turintiems F-1D/S statusą. Prieš praktiką studentai turi pateikti glaustą ataskaitą, kurioje būtų detaliai aprašytas siūlomas projektas ir darbo veikla. Po praktikos studentai privalo pateikti atliktų darbų, įgytų įgūdžių suvestinę ir praktikos metu įgyto profesinio augimo atspindį. Šis kursas gali būti kartojamas už įskaitą. Būtina sąlyga: Kvalifikuotas darbo pasiūlymas ir patarėjo sutikimas.

BIO 294. Ląstelių biofizika. 3 vienetai.

Ląstelių dinaminių ir mechaninių procesų fizinė biologija. Pagrindinis dėmesys skiriamas kokybiniam biologinių funkcijų supratimui naudojant kiekybinę analizę ir paprastus matematinius modelius. Jutimo transdukcija, signalizacija, adaptacija, jungikliai, molekuliniai varikliai, aktinas ir mikrovamzdeliai, judrumas ir cirkadiniai laikrodžiai. Būtinos sąlygos: diferencialinės lygtys ir įvadinė statistinė mechanika.
Tas pats kaip: APPPHYS 294, BIOPHYS 294

BIO 296. Biologijos mokymas ir mokymasis. 1 vienetas.

Šis kursas suteikia Biologijos katedroje dėstontiems studentams pagrindinį mokymą, paramą ir profesinį tobulėjimą atliekant mokytojo pareigas. Temos apima studentų įtraukimą, vertinimą, atsiliepimus ir kt. Turėtų būti užimtas kartu su pirmąja mokytojo pozicija.

BIO 299. Biologijos doktorantūros laboratorijos rotacija. 1-10 vnt.

Tik pirmųjų kursų biologijos doktorantai. Laboratorijų rotacija su Biomokslų fakultetu.

BIO 2N. Infekcinių ligų ekologija ir evoliucija besikeičiančiame pasaulyje. 3 vienetai.

Šiame seminare bus nagrinėjami būdai, kuriais antropogeniniai pokyčiai, klimato kaita, buveinių naikinimas, žemės naudojimo pasikeitimas ir rūšių invazijos veikia infekcinių ligų ekologiją ir evoliuciją. Temos apims žmonių, laukinės gamtos, gyvulių ir pasėlių infekcines ligas, ligų poveikį nykstančioms rūšims, ligų plitimą, naujas ligas ir ligų vaidmenį natūraliose sistemose. Kursas bus dėstomas per populiarių ir mokslinių skaitymų, diskusijų ir paskaitų derinį. .

BIO 3. Jūrų biologijos ribos. 1 vienetas.

Įvadas į šiuolaikinius jūrų biologijos tyrimus, įskaitant ekologiją, išsaugojimo biologiją, aplinkos toksikologiją, elgesį, biomechaniką, evoliuciją, neurobiologiją ir molekulinę biologiją. Pagrindinis dėmesys skiriamas naujiems atradimams ir jų kūrimo technologijoms. Kas savaitę Hopkinso jūrų stoties dėstytojų paskaitos.

BIO 30. Ekologija kiekvienam. 4 vienetai.

Ekologija yra mokslas apie sąveiką ir jos sukeliamus pokyčius. Šis projektas pagrįstas kursas susieja individualų elgesį, populiacijos augimą, rūšių sąveiką ir ekosistemų funkciją. Įvadas į matavimus, stebėjimą, eksperimentinį planavimą ir hipotezių tikrinimą lauko projektuose. Tikslas – išmokti analitiškai mąstyti apie kasdienius ekologinius procesus, įskaitant tuos, kuriuose dalyvaujate, kuriuose dalyvauja bakterijos, grybai, augalai, gyvūnai ir žmonės. Kursas naudoja pagrindinę statistiką duomenims analizuoti, nėra jokių matematikos prielaidų, išskyrus aritmetiką. Atvira visiems, įskaitant tuos, kurie gali dalyvauti pažangesniuose ekologijos ir aplinkos mokslų kursuose. Internetinė versija veiks sinchroniškai ir apima pasirengimą interaktyvioms diskusijoms už pamokos ribų. Organizuosime lauko projektus, kuriuos galėsite atlikti bet kur. Projektai prasideda pirmąją ketvirčio savaitę. Jei turite klausimų, susisiekite su prof. Gordon adresu [email protected].

BIO 300. Magistrantūros studijos. 1-10 vnt.

Tik magistrantams. Individualūs tyrimai, susitarus su katedros instruktoriais.

BIO 300X. Nekatedros absolventų tyrimai. 1-10 vnt.

Individualus tyrimas pagal susitarimą su ne katedros instruktoriais. Magistrantūros studentai: kreditas už darbą, suderintą su ne katedros dėstytojais, galioja tik biologijos studentams ir reikalauja patvirtintos katedros peticijos. Daugiau informacijos rasite adresu http://biohonors.stanford.edu. Gali būti kartojamas dėl kredito.

BIO 301. Biologijos ribos. 1-3 vnt.

Apribota ir reikalaujama pirmojo kurso daktaro laipsnio. molekulinės, ląstelių ir raidos biologijos studentai. Šiuolaikiniai molekulinės, ląstelių ir vystymosi biologijos tyrimai, pabrėžiantys pirminę mokslinių tyrimų literatūrą. Vyko kartu su katedros pirmadienio seminarų ciklu. Studentai ir dėstytojai kas savaitę prieš seminarą susitinka studentų pristatymui ir būsimų pranešimų aptarimui.

BIO 302. Dabartinės populiacijos biologijos, ekologijos ir evoliucijos temos ir sampratos. 1 vienetas.

Reikalingas pirmakursiams populiacijos biologijos, ekologijos ir evoliucijos doktorantams. Pagrindiniai konceptualūs klausimai ir plėtojamos temos. Šis kursas nėra skirtas tik biologijos doktorantams ir nėra atviras auditoriams.".

BIO 303. Dabartinės populiacijos biologijos, ekologijos ir evoliucijos temos ir sampratos. 1 vienetas.

Reikalingas pirmakursiams populiacijos biologijos, ekologijos ir evoliucijos doktorantams. Pagrindiniai konceptualūs klausimai ir plėtojamos temos. Šis kursas nėra skirtas tik biologijos doktorantams ir nėra atviras auditoriams.".

BIO 304. Dabartinės populiacijos biologijos, ekologijos ir evoliucijos temos ir sampratos. 1 vienetas.

Reikalingas pirmakursiams populiacijos biologijos, ekologijos ir evoliucijos doktorantams. Pagrindiniai konceptualūs klausimai ir plėtojamos temos. Šis kursas yra atviras tik biologijos doktorantams ir nėra atviras auditoriams.

BIO 305. Doktorantūros valdymas. 1 vienetas.

Kursas bus skirtas 5 temoms, kaip efektyviai valdyti doktorantūros studijas: profesionalumą, stipendiją, gerovę, bendruomenės įtraukimą ir karjeros plėtrą. Susitiksime kas antrą savaitę ir turėsime aktyvų diskusijomis paremtą klasės susitikimą 2 valandas. Ketvirčio pabaigoje studentai ir dėstytojai kartu suorganizuos katedros pusės dienos seminarą tam tikra tema, susijusia su klasėje nagrinėjamomis temomis.

BIO 313. Etika antropocene. 1 vienetas.

Šiandien, antropocene, žmonija daro didžiulį poveikį aplinkai, o tai turi rimtų padarinių rūšims, ekosistemoms ir kraštovaizdžiui. Šio poveikio pasekmės kelia daug etinių klausimų, atsiranda naujų dilemų, verčiančių susimąstyti apie naujas moralines vertybes ir persvarstyti senąsias. Šiame kurse susipažinsime su aplinkosaugos ir gamtosaugos etika bei filosofija, įgysime sąvokų ir idėjų rinkinį, kuris leis mums spręsti dabartines aplinkos etikos diskusijas. Išnagrinėsime etikos vaidmenį aplinkos ir gamtosaugos moksluose, aptardami filosofinius antropoceno moralinių vertybių pagrindus, taip pat nagrinėdami praktines šių dienų problemas, tokias kaip reintrodukcijos, invazinės rūšys ir išsaugojimo propagavimas.

BIO 315. Tapimas atspariu mokslininku. 1 vienetas.

Tai virtualus šešių dalių NIH remiamas seminaras, kurio tikslas – ugdyti atsparumą, kai susiduriama su kliūtimis, su kuriomis dažniausiai susiduriama atliekant tyrimus. Studentai ir pagalbininkai dalyvaus internetinių seminarų ir mažų grupių diskusijose tokiomis temomis kaip emocinis intelektas, savęs gynimas, grįžtamojo ryšio atsparumas ir mentorystės santykiai.

BIO 329. Dinaminių modelių ir duomenų analizės matriciniai metodai. 1 vienetas.

Dinaminių ir stochastinių modelių matricų tipai, kovariacijos, stačiakampiai duomenys, tinklai. Spektro teorema, asimptotika, stabilumo teorija, neneigiamos matricos, ergodiškumas, Markovo grandinės. Ermitas, kovariacija, SVD. Perturbacijos teorija. Atsitiktinės matricos produktai, Lyapunov eksponentai. Atvira daktaro laipsniui. biologijos studentai. Būtinos sąlygos: Reikalingas skaičiavimas (AP lygis). Pageidautina šiek tiek žinių apie tiesinę algebrą, R.

BIO 32S. Biotechnologijų įvadas: ligų nustatymas ir gydymas. 3 vienetai.

Šiame kurse bus nagrinėjamos pagrindinės biotechnologijos sąvokos ir instrumentai bei metodai, naudojami manipuliuojant nukleino rūgštimis (DNR ir RNR). Mokiniai sužinos, kaip biotechnologijų įrankiai ir metodai naudojami siekiant padėti atpažinti ligas ir su jomis kovoti, ypatingą dėmesį skirdami įrankiams, padedantiems aptikti virusines infekcijas, tokias kaip COVID-19. Šiame kurse taip pat bus nagrinėjamos etikos ir privatumo problemos, susijusios su genetiniais tyrimais.

BIO 330. Stochastiniai modeliavimo, dinamikos ir duomenų analizės metodai. 1 vienetas.

Markovo grandinės: ergodiškumas, CLT, praėjimo laikas, absorbcija. Modeliavimas: atsitiktiniai skaičiai, grandinės. Puasono procesai: programos ir modeliavimas. Laiko eilučių modeliai. MCMC esminiai dalykai. Atvira daktaro laipsniui. biologijos studentai. Būtinos sąlygos: Reikalingas skaičiavimas (AP lygis) ir pagrindinė tiesinė algebra. Priemonė su tiesine algebra, R, pageidautina.

BIO 332. Evoliucinė genomika. 2 vienetai.

Skaitysime klasikinius ir šiuolaikinius straipsnius, susijusius su evoliucine genomika, diskutuosime. Mes apimsime platų temų, metodų ir rūšių spektrą.

BIO 342. Augalų biologijos seminaras. 1-3 vnt.

Savaitiniame seminare pristatomos augalų biologijos temos. Temos skelbiamos kiekvieno ketvirčio pradžioje. Dabartinė literatūra. Gali būti kartojamas dėl kredito. Žr. https://dpb.carnegiescience.edu/events.

BIO 346. Mikrobų molekulinės biologijos pažangus seminaras. 1 vienetas.

Priimami tik doktorantai, susiję su genetikos ar molekulinės biologijos katedrų tyrimų grupėmis.
Tas pats kaip: CSB 346, GENE 346

BIO 35. Tvarumas ir civilizacija. 1 vienetas.

Mūsų civilizacija susiduria su didžiuliais tvarumo iššūkiais, o norint juos įveikti, reikės visų didelių augančios kartos talentų ir vizijos. Vis labiau akivaizdu, kad anglies dioksidu pagrįstos energijos režimo, kuriuo grindžiama pasaulinė ekonomika, netvarumas, o didžiajai daliai biologinio pasaulio, taip pat mūsų pačių rūšims, kyla pavojus dėl žmogaus veiklos. Tarptautinė politinė tvarka pasirodė ne tokia stabili, nei tikėjosi daugelis dvidešimtojo amžiaus stebėtojų, o tiek ekonominės, tiek kultūrinės sistemos pastaraisiais dešimtmečiais patyrė vis daugiau sukrėtimų. Mokslas ir technologijos padarė didžiulę pažangą, tačiau dėl to didėjančios mūsų galios daryti įtaką pasauliui kelia pavojų ir galimų sprendimų. Be to, kai kurios iš šių šiuolaikinių visuomenių savybių prisidėjo prie pasaulinės pandemijos, kurios plačiai paplitusios pasekmės primena mūsų nuo žinių priklausomos civilizacijos trapumą, kilimo. Šis vieno vieneto internetinis kursas suburs viso universiteto dėstytojus, kad būtų sprendžiamas plačiai suvokiamas tvarumas. Pranešėjai apžvelgs įvairias grėsmes, su kuriomis susiduriame, ieškos galimų sprendimų ir įtrauks mūsų naujos kartos būsimus lyderius į gyvas diskusijas apie šias neatidėliotinas problemas.
Tas pats kaip: HISTORY 35, POLISCI 35

BIO 355. Vakarų Ramiojo vandenyno koraliniai rifai: tarpdisciplininės perspektyvos, kylančios krizės ir sprendimai. 1 vienetas.

Šiame naujame magistrantūros kurse daugiausia dėmesio skiriama sudėtingai biologijos, fizikos, chemijos ir žmogaus veiklos sąveikai, kuri skatina ir riboja koralinių rifų vystymąsi. Išnagrinėsime šių biologinės įvairovės sistemų ekologiją ir jų teikiamas paslaugas, susijusias su greitu maistinių medžiagų perdirbimu, pakrančių apsauga ir didelių žuvų populiacijų palaikymu. Bus pabrėžtos naujos mūsų supratimo apie koralinius rifus pasiekimai, įskaitant klimato kintamumo ir mikro ir mezoskalės skysčių srauto vaidmenį kontroliuojant rifų augimą ir išlikimą, fiziologiją, genomiką ir fiziką, pagrindžiančią koralų šiluminį atsparumą, prisidedančius ir švelninančius veiksnius. Šiuo metu mažėjant koralinių rifų, vandenynų rūgštėjimo, žvejybos, rifų masto trofinių modelių, ekologinių sąveikų ir trofinių kaskadų bei rifų, kaip sudėtingų jūros peizažų ir sąsajų su kitomis jūrų ekosistemomis, dalis. Kursas baigsis mokslo ir politikos atvejų analizės bei ateities galimybių analize. Fakulteto vadovai kartu turi daugiau nei 100 metų patirtį dirbant Ramiojo vandenyno koraliniuose rifuose ir, nepaisant mūsų priverstinio mokymo ir mokymosi formato internetu, stengsis, kad koralinių rifų lauko patirtis šioje klasėje būtų gyva.
Tas pats kaip: BIOHOPK 355, CEE 363I, ESS 355

BIO 35N. Klimato kaitos ekologija: ar per vėlu? 3 vienetai.

Šiame įvadiniame seminare bus nagrinėjamos klimato kaitos pasekmės ekologinėms bendruomenėms, daugiausia dėmesio skiriant dviem naujai atsirandančioms sąvokoms: „nepusiausvyra“, kuri pabrėžia, kad bendruomenėms gali prireikti daug laiko reaguoti į klimato kaitą dėl rūšių sąveikos ir „istorinį atsitiktinumą“, kuris siūlo. kad rūšių įsiveržimo ir išnykimo tvarka, kai bendruomenės vėl susiburia reaguodamos į klimato kaitą, lems, kurios rūšys išliks. Seminaras apims paskaitą, diskusiją, rašymą ir apsilankymą Jasper Ridge biologiniame draustinyje.

BIO 380. Karjeros tyrinėjimas ir planavimas. 1 vienetas.

Mąstymas ir planavimas apie gyvenimą po studijų baigimo yra viena iš labiausiai nerimą keliančių veiklų, su kuriomis susiduria studentai. Šiame kurse studentai pasidalins savo asmeninėmis istorijomis ir dilemomis apie karjeros sprendimus, su gyvybės mokslų daktaru aptars įvairias karjeros galimybes ir mokysis kurti savo kelią. Vyks trys karjeros diskusijos su kviestiniais svečiais iš įvairių karjeros sričių, įskaitant mokslinių tyrimų, mokymo, administravimo, pramonės, startuolių, investicijų, teisės, žurnalistikos, politikos ir kt. Atvira biologijos doktorantams 3 ar vėliau. Klasė susitiks Carnegie mokslo instituto konferencijų salėje 600, esančiame 260 Panama St, Stanford, CA 94305.

BIO 383. Populiacijos genetikos seminaras. 1-3 vnt.

Literatūros apžvalga, tyrimai ir aktualios populiacijos genetikos bei molekulinės evoliucijos teorijos ir praktikos problemos. Gali būti kartojamas dėl kredito. Būtina sąlyga: instruktoriaus sutikimas.

BIO 386. Apsaugos ir populiacijos genomika. 1 vienetas.

Kartą per savaitę vykstančioje skaitymo ir diskusijų grupėje pagrindinis dėmesys bus skiriamas gebėjimui prisitaikyti: kaip greitai ir kaip gerai rūšys, populiacijos ir atskiri organizmai reaguoja į klimato kaitą. Sparti aplinkos kaita lemia stiprius pokyčius ekologinėse bendruomenėse. Fenotipinis plastiškumas gali pakeisti fiziologiją ar morfologiją, natūralios atrankos modeliai gali pakeisti genų dažnį, demografiniai pokyčiai gali pakeisti rūšių diapazonus, rūšių sąveikos pokyčiai gali pakeisti rūšių sudėtį. Šiame seminare bus nagrinėjama, ką žinome apie skirtingų bendruomenių ir skirtingų rūšių prisitaikymo gebėjimus. Kaip greitai gali įvykti prisitaikymas? Kiek prisitaikymas gali „išspręsti“ klimato kaitos sukeltas problemas? Kaip mes išmatuojame prisitaikymo galimybes? Mes ištrauksime skaitinius iš literatūros ir suskirstysime šią temą į skyrius. Studentai pristatys savo arba paskelbtus darbus apie prisitaikymą, pateikdami pavyzdžius ir suformuluodami klausimus. Pabaigoje surengsime tarptautinį mastelio keitimo simpoziumą, skirtą pabrėžti, apibrėžti ir išreikšti vaidmenį, kurį prisitaikymo gebėjimai gali atlikti valdant ir saugant sudėtingas ekosistemas klimato kaitos akivaizdoje.

BIO 3N. Kintančios jūros vaizdai: literatūra ir mokslas. 3 vienetai.

Besikeičiančio pasaulio vandenyno būklė, ypač rytinėje Ramiojo vandenyno dalyje, bus nagrinėjama per istorinę ir šiuolaikinę grožinę, negrožinę literatūrą ir mokslinius leidinius. Problemos apims derliaus nuėmimą ir žuvininkystę, sausumos ir jūros sąveiką bei vandenyno klimato kaitą tiek paviršiniuose, tiek giliuosiuose vandenyse.

BIO 45. Įvadas į ląstelių ir molekulinės biologijos laboratorinius tyrimus. 4 vienetai.

Ištirkite mielių padermes, kurios yra sukurtos taip, kad išreikštų žmogaus naviką slopinantį baltymą p53, ir naudokite šiuolaikinius molekulinius metodus, kad nustatytų iš naviko ląstelių išskirtų p53 mutacijų funkcines pasekmes. Sužinokite apie baltymo, kaip genomo sergėtojo, vaidmenį skaitydami paskaitas ir skaitydami bei aptardami žurnalų straipsnius. Norėdami ištirti normalių ir mutantinių p53 baltymų struktūrą, naudokite molekulinės vizualizacijos programas. Sužinokite apie tyrimus, naudojamus tiriant mutanto p53 gebėjimą nukreipti kelių reporterių genų ekspresiją. Vadovaudamiesi apmąstymais, tyrinėkite toliau ir nustatykite, kas gali būti negerai su jūsų tiriamais p53 mutantais. Išmokite užduoti klausimą, patikrinti hipotezę, atlikti eksperimentus ir analizuoti duomenis bei pateikti savo išvadas per komandos žodinį pristatymą, taip pat mokslinį plakatą. Nors nėra jokių išankstinių sąlygų norint užsiregistruoti šioje klasėje, tai bus naudinga, jei jau lankėte arba tuo pačiu metu esate užsiregistravę atitinkamose Biologijos fondo klasėse (arba HumBio pagrindinėse klasėse). Be to, tai taip pat bus naudinga, jei jau išgėrėte CHEM 31M arba 31A ir B.

BIO 459. Tarpdisciplininių biomokslų ribos. 1 vienetas.

Studentai registruojasi per savo filialą, kitu atveju registruojasi CHEMENG 459. Specialistams ir nespecialistams. Rėmėja Stanfordo BioX programa. Trijuose seminaruose per ketvirtį nagrinėjamos mokslinės ir techninės temos, susijusios su tarpdisciplininiais bioinžinerijos, medicinos ir chemijos, fizinių ir biologijos mokslų metodais. Žymiausi tyrėjai iš Stenfordo ir pasaulio pristato laimėjimus ir pastangas, apimančias pagrindines disciplinas. Išankstiniuose seminaruose ne ekspertams pristatomos pagrindinės sąvokos ir pagrindas. Užsiregistravę studentai dalyvauja visuose išankstiniuose seminaruose, kiti laukiami. Žr. http://biox.stanford.edu/courses/459.html. Rekomenduojama: pagrindinės matematikos, biologijos, chemijos ir fizikos žinios.
Tas pats kaip: BIOC 459, BIOE 459, CHEM 459, CHEMENG 459, PSYCH 459

BIO 46. Ekologijos ir evoliucinės biologijos tyrimų įvadas. 4 vienetai.

Šio kurso tikslas – ugdyti supratimą, kaip atlikti biologinius tyrimus, naudojant ekologijos temas kaip praktinius pavyzdžius. Tai apima visą mokslinį procesą: pagrindinės literatūros vertinimą, patikrinamų hipotezių generavimą, duomenų rinkimo metodų mokymąsi, duomenų analizę naudojant tinkamus statistinius metodus, rezultatų rašymą ir dalijimąsi jais. Norint įgyti šiuos įgūdžius, šiame kurse daugiausia dėmesio skiriama mikroorganizmams, susijusiems su kerpių epifitais, ir jų sąveikai su oro tarša ir kitais aplinkos kintamaisiais. Studentai, dirbdami komandose, kuria naujas tyrimų hipotezes ir atlieka reikalingus eksperimentus bei matavimus šioms hipotezėms patikrinti. Kadangi kursai šiais metais bus internete, mes analizuosime ankstesniais metais surinktus duomenis, o ne atliksime lauko ir laboratorinius eksperimentus asmeniškai. Be to, studentai išmoks manipuliuoti, vizualizuoti ir analizuoti duomenis R. Kurso kertinis akmuo yra recenzuojamo žurnalo straipsnio stiliaus mokslinis darbas, taip pat mokomasis vaizdo įrašas, skirtas plačiajai auditorijai. perduoda tyrimų rezultatus. SVARBI PASTABA: Studentai, kuriems reikalingas BIO 46, kad atitiktų biologijos specialybės WIM reikalavimą, PRIVALO laikyti šį kursą, kad gautų pažymį raidėmis (išskyrus 2020–2021 m.).

BIO 47. Ekologijos ir evoliucinės biologijos tyrimų įvadas. 4 vienetai.

Šio kurso tikslas – ugdyti supratimą, kaip atlikti biologinius tyrimus, naudojant ekologijos, evoliucinės biologijos ir augalų biologijos temą kaip praktinį pavyzdį. Tai apima visą mokslinį procesą: pagrindinės literatūros vertinimą, patikrinamų hipotezių generavimą, lauko ir laboratorijos duomenų rinkimo mokymosi metodus, duomenų analizę naudojant tinkamus statistinius metodus ir galiausiai rezultatų rašymą bei dalijimąsi jais. Norint įgyti šiuos įgūdžius, šiame kurse pagrindinis dėmesys skiriamas nektaro mikrobams, esančiuose netoliese esančiame Stenfordo Jasper Ridge biologiniame draustinyje. Studentai, dirbdami komandose, kurs naujas tyrimų hipotezes ir atliks reikiamą duomenų analizę, kad patikrintų šias hipotezes. Kurso kertinis akmuo yra mokslinis darbas, parašytas recenzuojamo žurnalo straipsnio stiliumi, taip pat žodinis studentų tyrimo išvadų gynimas. Kadangi kursai šiais metais bus siūlomi internetu, mes analizuosime ankstesniais metais surinktus duomenis, o ne atliksime lauko ir laboratorinius eksperimentus asmeniškai.Nors nėra jokių išankstinių sąlygų norint užsiregistruoti į klasę, tai bus naudinga, jei jau išklausėte BIO 81 arba tuo pačiu metu esate užsiregistravę arba jau išklausėte atitinkamą pagrindinę HumBio klasę. Pastaba: atitinka WIM biologijoje.

BIO 51S. Genas: mūsų genetinio kodo istorija ir mokslas. 3 vienetai.

Šiame diskusijų kurse bus naudojamas Siddharthos Mukherjee romanas „Genas“ ir kiti atrinkti skaitiniai, siekiant ištirti mūsų genetinio kodo mokslą. Apžvelgsime tokias temas kaip genų ekspresijos reguliavimas, paveldėjimas, genetiniai tyrimai, manipuliavimas genomu ir genetikos bei tapatybės ryšys. Būtinos sąlygos: instruktoriaus sutikimas, rekomenduojama AP biologija.

BIO 52. Aš, mokslininkas: įvairovė gerina mokslinę praktiką. 1 vienetas.

Drausminius prioritetus, mokslinių tyrimų darbotvarkes ir inovacijas lemia dalyvių įvairovė, o problemų sprendimas yra sėkmingesnis taikant platų požiūrių spektrą. Naudodami atvejo tyrimus moksliniuose tyrimuose, siūlome panaudoti šias įžvalgas, kad padėtume savo studentams sužinoti, kodėl įvairi mokslo bendruomenė padeda geriau atrasti ir pagerinti mokslo svarbą visuomenei. Mūsų prielaida yra ta, kad įvairios perspektyvos turės įtakos ne tik tam, kaip mes mokomės mokslo, bet ir kaip mes darome mokslą.
Tas pats kaip: CSRE 52H

BIO 53. Apsaugos fotografija. 3 vienetai.

Supažindinimas su gamtosauginės fotografijos sritimi ir strateginiu vizualinės komunikacijos panaudojimu sprendžiant aplinkos ir gamtosaugos problemas. Studentai bus supažindinti su skaitmeninės fotografijos pagrindais, skaitmeniniu vaizdo apdorojimu, fotografijos technikų teorija ir taikymu. Apsaugos problemų atvejų tyrimai bus nagrinėjami naudojant nuotraukas ir daugialypės terpės platformas, įskaitant vaizdus, ​​vaizdo įrašus ir garsą. Paskaitos, pamokos, demonstracijos ir pasirenkamos išvykos ​​baigsis individualių ir grupinių projektų kūrimu. Šis kursas yra identiškas BIO 7N, todėl studentai, užsiregistravę pirmajame, neturėtų lankyti šio kurso. Atvira bakalauro ir magistrantūros studentams. Studentai turi turėti prieigą prie DSLR fotoaparato ir objektyvų – pagal paraišką galime priimti iki 20 studentų, kurie gali dalintis 10 kurso teikiamų fotoaparatų ir objektyvų. Paraiška naudoti fotoaparatą: https://forms.gle/1yAD3my8GoDseXw59.

BIO 57. ŽMONIŲ IR PLANETOS BŪKLĖ. 4 vienetai.

Kaip žmonių gerovė veikia jų aplinką ir atvirkščiai? Šio kurso tikslas – išnagrinėti žmonių ir aplinkos gerovės matavimo būdus, pagrindines jų sąveikas dabar ir per ateinančius kelis dešimtmečius bei nustatyti iššūkius ir žinių spragas.

BIO 60. Problemų sprendimas sergant infekcinėmis ligomis. 4 vienetai.

Kodėl Laimo liga plinta? Kaip ŽIV tampa atsparus vaistams? Kaip kiti gyvūnai veikia mūsų ligų riziką? BIO 60 studentų išnagrinės faktinius atvejų tyrimus, kad sužinotų, kaip įvairūs moksliniai metodai naudojami kovojant su infekcinėmis ligomis. Vertins žiniasklaidoje ir mokslinėje literatūroje pateikiamą informaciją, tiesiogiai dalyvaus mokslo procese, renkant, dokumentuojant ir analizuojant autentiškus mokslinius duomenis. Studentai ugdys savo mokslinį smalsumą atrasdami gamtos pasaulį su Foldscope, „origami popieriniu mikroskopu“ (https://microcosmos.foldscope.com). Studentai lavins kritinio mąstymo įgūdžius kurdami hipotezes ir kurdami eksperimentus, susijusius su infekcinių ligų problemomis. Studentai dirbs komandose, siekdami išplėsti savo mąstymą, ir praktikuos perteikti mokslą įvairioms auditorijoms.

BIO 61. Mokslas kaip kūrybos procesas. 4 vienetai.

Kas yra mokslo procesas ir kodėl kūrybiškumas svarbus? Mes giliai įsigilinsime į mokslo pritaikomumą sprendžiant daugybę realaus pasaulio problemų. Šis kursas skirtas mokyti mokslinio metodo, kurį iš tikrųjų taiko dirbantys mokslininkai. Ji apims, kaip užduoti gerai pateiktą klausimą, kaip sukurti gerą eksperimentą, kaip rinkti ir interpretuoti kiekybinius duomenis, kaip atsigauti po klaidų ir kaip perduoti išvadas. Faktai svarbūs! Kursų temos apims eksperimentinį dizainą, statistiką ir statistinį reikšmingumą, tinkamų valdiklių formulavimą, modeliavimą, tarpusavio peržiūrą ir kt. Kursas apims reikšmingą praktinį komponentą, apimantį prietaisų gamybą, testavimą ir matavimą. Be kitų „Dorm Science“ veiklų, platinsime „Arduino“ mikrovaldiklių rinkinius ir elektroninius jutiklius, tada naudosime šiuos elementus kartu su kitomis medžiagomis, kad užbaigtume įvairius grupinius ir individualius projektus už klasės ribų. Galutinė kurso užduotis bus parengti ir parašyti mokslinės dotacijos pasiūlymą, kad būtų galima patikrinti studentų pasirinktą mitą ar mokslinį ginčą. Nors ir naudinga, bet jokios išankstinės elektronikos ar kompiuterių programavimo patirties nebūtina. Rekomenduojama pirmakursiams.
Tas pats kaip: APPPHYS 61

BIO 62. Mikrobiologijos eksperimentai. 4 vienetai.

„Micro-X“ yra kursas, kurio metu tyrinėjame klasikinius ir modernius bakteriologijos eksperimentus, daugiausia dėmesio skirdami dizainui ir logikai. Paskaitoje nagrinėjama bakterijų biochemija, struktūra, metabolizmas ir genetika. Laboratorija apima mikrobų kultūrą, mikroskopinį tyrimą ir bakteriofagų atradimą bei apibūdinimą. Būtina ribota registracija. Pateikite paraišką adresu https://forms.gle/x37kwXvJxvQmN1sA6 iki gruodžio 3 d., kad gautumėte pirmenybę registracijai.

BIO 6N. Vandenyno išsaugojimas: sprendimų keliai. 3 vienetai.

Išmoksime kurti sprendimus, integruodami socialinius mokslus ir valdymą į savo atvejų tyrimus. Spręsime tiek tradicinius (žuvininkystės valdymas, pasaulinės laivybos poveikio mažinimas, saugomos jūrų teritorijos), tiek naujus mokslinių tyrimų ir valdymo metodus (jūrų erdvinio planavimo, dinamiško vandenynų valdymo, aplinkos DNR). Vandenynai susiduria su ilgalaikiais iššūkiais, pavyzdžiui, pernelyg intensyvia žvejyba ir tarša, kuriuos žinome, kaip išspręsti, ir naujais iššūkiais, pvz., klimato kaita ir vandenynų plastiku, kurių sprendimai yra sudėtingesni. Galiausiai, norint pasiekti ilgalaikį tvarumą, sprendimai turi būti naudingi ir žmonėms, ir planetai. Šie galvosūkiai siūlo sudėtingas sudėtingas sistemų problemas, kurioms išspręsti reikės geriausio tarpdisciplininio mąstymo.

BIO 7N. Apsaugos fotografija. 3 vienetai.

Supažindinimas su gamtosauginės fotografijos sritimi ir strateginiu vizualinės komunikacijos panaudojimu sprendžiant aplinkos ir gamtosaugos problemas. Studentai bus supažindinti su skaitmeninės fotografijos pagrindais, skaitmeniniu vaizdo apdorojimu, fotografijos technikų teorija ir taikymu. Apsaugos problemų atvejų tyrimai bus nagrinėjami naudojant nuotraukas ir daugialypės terpės platformas, įskaitant vaizdus, ​​vaizdo įrašus ir garsą. Paskaitos, pamokos, demonstracijos ir pasirenkamos išvykos ​​baigsis individualių ir grupinių projektų kūrimu.

BIO 802. TGR disertacija. 0 vienetų.

BIO 81. Ekologijos įvadas. 4 vienetai.

Šis kursas supažindins su pirmaisiais ekologijos mokslo principais – organizmų ir jų aplinkos sąveikos tyrimais. Būtinos sąlygos: nėra.

BIO 82. Genetika. 4 vienetai.

Pagrindinis kurso dėmesys skiriamas pagrindiniams genetinės informacijos perdavimo mechanizmams ir genetinės analizės naudojimui tiriant biologinius ir medicininius klausimus. Pagrindinės temos apims: (1) esamų žmonių ir kitų rūšių genetinių variacijų panaudojimą genams, kurie atlieka svarbų vaidmenį nustatant požymius ir jautrumą ligoms nustatyti, 2) modelio organizmų mutacijų analizę ir jų naudojimą biologinių procesų ir klausimų tyrimas ir (3) genetinės informacijos naudojimas diagnozei ir genetinių manipuliacijų galimybė ligoms gydyti. Būtinos sąlygos: nėra, bet rekomenduojamas BIO 83. 2021 m. „Live Zoom“ paskaitos bus įrašytos ir paskelbtos „Canvas“ studentams, turintiems konfliktų. Dalyvavimas diskusijų sekcijoje, vykstančioje kartą per savaitę, yra privalomas. Dėl logistikos klausimų apie kursą susisiekite su Waheeda Khalfan ([email protected]).

BIO 83. Biochemija ir molekulinė biologija. 4 vienetai.

Įvadas į molekulinį ir biocheminį gyvybės pagrindą. Paskaitų temos apima baltymų, nukleino rūgščių, lipidų ir angliavandenių struktūrą ir funkcijas, energijos apykaitą, signalų perdavimą, epigenetiką ir DNR taisymą. Kurso metu taip pat bus svarstoma, kaip šių procesų defektai sukelia ligas. Būtinos sąlygos: nėra.

BIO 84. Fiziologija. 4 vienetai.

Fiziologijos pagrindinis dėmesys skiriamas supratimui, kaip organizmai sprendžia fizinius gyvenimo Žemėje iššūkius. Šis kursas suteiks gyvūnų ir augalų fiziologijos apžvalgą ir išmokys suprasti, kaip organizmai palaiko homeostazę, reaguoja į aplinkos signalus ir koordinuoja elgesį keliuose audiniuose ir organų sistemose. Išnagrinėsime organų ir organų sistemų struktūrą ir funkcijas bei kaip šios sistemos yra kontroliuojamos ir reguliuojamos, kad būtų palaikoma homeostazė. Kontrolei ir reguliavimui reikalinga informacija, kaip ir gebėjimas reaguoti į aplinkos dirgiklius, todėl ypatingą dėmesį skirsime hormoninėms ir nervų informacinėms sistemoms. Taip pat rūpinsimės skirtingų mūsų tiriamų organų sistemų veiklos sąveika ir integracija. Būtinos sąlygos: nėra. 2021 m. „Live Zoom“ paskaitos bus įrašytos ir paskelbtos „Canvas“, skirtos konfliktuojantiems studentams. Dalyvavimas diskusijų sekcijoje, vykstančioje kartą per savaitę, yra privalomas. Kurse egzaminų nebus. Dėl logistikos klausimų apie kursą susisiekite su Waheeda Khalfan ([email protected]).

BIO 85. Evoliucija. 4 vienetai.

Evoliucijos supratimas yra labai svarbus norint suprasti gyvybės žemėje įvairovę. Mes sutelksime dėmesį į pagrindinius evoliucinės biologijos principus nuo natūralios ir seksualinės atrankos iki naujų rūšių formavimosi. Norėdami suprasti šias sąvokas, įsigilinsime į mechanizmus, kuriais jos grindžiamos. Kursas taip pat susies šiuos pagrindinius procesus su svarbiomis šiuolaikinėmis evoliucijos temomis, tokiomis kaip elgesio evoliucija, gyvenimo istorijos raida ir žmogaus evoliucija. Būtinos sąlygos: BIO 60 arba 61 arba 62 arba lygiavertis rekomenduojamas: BIO 82, arba instruktoriaus leidimas.

BIO 86. Ląstelių biologija. 4 vienetai.

Šis kursas bus skirtas pagrindinėms ląstelių struktūroms ir kaip jos atlieka ląstelių funkcijas. Temos apima organelius, membranų judėjimą, citoskeletą, ląstelių dalijimąsi ir signalų perdavimą. Klasikinė ir naujausia pirminė literatūra bus įtraukta į paskaitas, akcentuojant naujausius eksperimentinius metodus. Būtinos sąlygos: labai rekomenduojama BIO 83.

BIO 89SI. Evoliucinė medicina. 2 vienetai.

Kodėl kūno sistemos yra linkusios į ligas? Šiame kurse bus nagrinėjamos teorijos apie ligų, įskaitant vėžį, diabetą ir psichikos ligas, evoliucinį pagrindą. Studentai, turintys genetikos, fiziologijos ir evoliucijos pagrindų, sintezuos šias sritis, kad geriau suprastų žmonių sveikatą ir ligas. Kursas apims pirminės literatūros skaitymus ir diskusijas apie tai.

BIO 8N. Žmogaus kilmė. 3 vienetai.

Žmogaus evoliucijos anatominių ir elgsenos įrodymų bei vis svarbesnės informacijos iš molekulinės genetikos apžvalga. Pabrėžiama, kad prieš 6–7 milijonus metų atsiskyrė žmonių ir šimpanzių linijos, australopitai atsirado prieš 4,1 milijono metų, Homo gentis atsirado maždaug prieš 2,5 milijono metų, Homo išplitimas iš Afrikos 1,7–1,6 milijono metų metų, vėlesnis Homo išsiskyrimas į skirtingas rūšis skirtinguose žemynuose ir visiškai šiuolaikinių žmonių (Homo sapiens) išplitimas iš Afrikos maždaug prieš 50 000 metų, kad pakeistų neandertaliečius ir kitus nemodernius euraziečius.

BIO 8S. Įvadas į žmogaus fiziologiją. 4 vienetai.

Normalus pagrindinių organų sistemų funkcionavimas ir patofiziologija: nervų, kvėpavimo, širdies ir kraujagyslių, inkstų, virškinimo ir endokrininės sistemos. Papildomos temos apima integruojamąją fiziologiją, klinikinių atvejų tyrimus ir pritaikymą genomika pagrįstoje personalizuotoje medicinoje.


Markas Kon

Markas Konas dirba kvantinės tikimybės ir informacijos, bioinformatikos, mašininio ir statistinio mokymosi, matematinės fizikos, matematikos ir skaičiavimo neuromokslų, sudėtingumo teorijos ir bangelių srityse. Jo dabartinis tyrimas sutelktas į dvi sritis.

Pirmasis yra susijęs su kvantinės tikimybės, kvantinio skaičiavimo ir kvantinės informacijos klausimais. Kvantinis skaičiavimas žada išspręsti kai kurias ilgalaikes optimizavimo problemas, kylančias statistikoje ir skaičiavimo biologijoje, įskaitant baltymų lankstymą, RNR struktūrą ir DNR transkripcijos aktyvumą. Kvantinė tikimybė taip pat yra susijusi su klausimais, kurie taikomi statistinėje mechanikoje.

Antroji studijų sritis yra mašininio mokymosi taikymas bioinformatikai ir skaičiavimo biologijai, pradedant genų reguliavimo tinklų išvedžiojimu ir baigiant vėžio identifikavimu ir klasifikavimu remiantis genų variacija, vieno nukleotido polimorfizmais, mikroRNR ir kitais biomarkeriais. Bioinformatinės ir transkripcijos informatikos statistikos ir mašininio mokymosi taikymas iš tikrųjų paskatino metodologinius ir teorinius pačių statistinių metodų patobulinimus, kurie tapo svarbūs keliuose šių tyrimų projektų aspektuose. Šios sritys taip pat yra susijusios su statistinio sudėtingumo teorija, neuroniniais tinklais ir Bajeso išvada, kur panašios problemos yra svarbios.

Žiūrėti video įrašą: Sheep Explains Statistical Mechanics in a Nutshell. (Lapkritis 2024).